Vyšetřování horečky s podezřením na zoonózu pomocí pokročilých diagnostických technologií

Tato studie si klade za cíl aplikovat pokročilé technologie pro vyšetřování horečnatých onemocnění v beduínské populaci s cílem zlepšit laboratorní diagnostiku z hlediska rychlosti a citlivosti a lépe porozumět patofyziologii infekčních onemocnění v beduínské populaci včetně různých environmentálních expozic, jako je např. jako expozice zvířat, vody a odpadu a antibiotik, stejně jako interakce hostitel-patogen související s virulencí patogenu, faktory spojené s chronicitou a relapsem a reakce na léčbu.

Protokol studie:

Zápis:

1. Po screeningu budou pacienti osloveni a nabídnuta jim možnost zúčastnit se studie.
2. Po podepsání informovaného souhlasu bude pacient vyslechnut a bude vyplněn vstupní dotazník.
3. Pokud je pacient zařazen na ED, budou mu odebrány vzorky krve, slin a stolice. V případě, že se u pacienta objeví vyrážka nebo kožní léze, bude odebrán výtěr z otevřené léze.
4. Pokud byl pacient zařazen po podání antibiotik, pokusíme se také najít zbytky krve, které byly odebrány na ED před podáním antibiotik.

Následovat:

• Během hospitalizace:

  • Sedm dní po hospitalizaci nebo v den propuštění (podle toho, co nastane dříve), bude proveden pokus o získání druhé sady vzorků (krev, slin a stolice) a z lékařské dokumentace budou odebrány klinické údaje týkající se vymizení příznaků. léčba antibiotiky, komplikace atd. V případě jakýchkoli chirurgických zákroků provedených během hospitalizace pro diagnostické nebo terapeutické účely (např. kožní biopsie, kostní biopsie, artrocentéza, lumbální punkce), jakýkoli zbylý materiál, který nebude považován za zbytečný pro klinické účely, bude použit pro analýzu.
  • Během hospitalizace bude s pacienty proveden pohovor a bude vyplněn dotazník WASH (Water, Sanitation and Hygiene).

• Ambulantní sledování po propuštění:

  • V případě plánované následné návštěvy na infekční klinice (nebo jakékoli jiné plánované návštěvy v ambulantní službě SUMC), pokud je prováděn odběr krve, bude učiněn pokus o získání vzorků plné krve a séra pro výzkumné účely. Pokud odběr krve určený pro studii není proveditelný, zbylý materiál bude použit pro výzkumné účely. Bude-li to považováno za klinicky relevantní, vyplní se kontrolní dotazník.

• Opakované hospitalizace ve sledovaném období

  o V případě opakovaného přijetí během roku po zařazení bude hospitalizace hodnocena výzkumným týmem jako „související“ nebo „nesouvisející“ s původní diagnózou. Bude-li to považováno za související se studovaným onemocněním nebo jeho komplikacemi, bude proveden pokus o provedení dalšího odběru krve a veškerý zbývající materiál z klinického odběru vzorků z jiných míst těla (biopsie, chirurgický zákrok nebo drenáž) bude použit k analýze. Bude-li to považováno za klinicky relevantní, vyplní se kontrolní dotazník. Vzhledem k tomu, že opakující se hospitalizace jsou analyzovány jako součást studie, nebudou považovány za závažné nežádoucí příhody (SAE).

• Šest měsíců po zápisu:

  o Telefonický rozhovor pro stanovení klinických výsledků (protokol v příloze).

• Konec studijního období:

  • Jeden rok po zápisu budou ze zdravotní dokumentace pacienta shromážděny údaje týkající se užívání antibiotik, opakovaných hospitalizací a dlouhodobých komplikací.

Kolekce vzorků:

Každý pacient zařazený do této studie podstoupí následující vyšetření:

Odběr krve:

Vzorky plné krve a séra budou odebrány při zařazení, a pokud je to možné, při propuštění a každé plánované ambulantní návštěvě ambulance nebo opakované hospitalizaci. V případě, že byl pacient zařazen během pobytu v nemocnici kvůli pozitivnímu výsledku testu, veškeré zbytky z klinických nevýzkumných vzorků získaných před léčbou antibiotiky budou potenciálně použity pro výzkumné účely, pokud nebudou potřebné pro klinické použití. a v obvyklém časovém rámci jejich uložení v příslušné nemocniční laboratoři. Maximální objem krve získaný pro analýzu v každém časovém bodě bude 10 ml pro dospělé a 5 ml pro děti.

Další klinické vzorky:

Při zápisu budou odebrány vzorky slin a stolice pro mikrobiologickou analýzu včetně profilování mikrobiomu a případný odběr vyrážky nebo rány bude rovněž analyzován molekulárními a metagenomickými metodami pro diagnostiku původce patogenu.

Zpracování a analýza vzorků:

Všechny vzorky budou uloženy v laboratoři Moran-Gilad na Fakultě zdravotnických věd Ben-Gurionovy univerzity v Negevu po dobu pěti let po přihlášení. Zpracování vzorků bude prováděno v dávkách, a nikoli v reálném čase, a proto nebude produkovat žádná data v reálném čase, která by mohla ovlivnit klinická rozhodnutí. Výsledky rozboru nebudou mít ošetřující lékař k dispozici. Pro účely bakteriálního genomického/metagenomického sekvenování bude DNA extrahována ze vzorků plné krve a z extrahovaného materiálu bude identifikována a analyzována pouze mikrobiální DNA. V této studii nebude proveden žádný výzkum lidské DNA. Bakteriální izoláty pěstované ve standardních kulturách budou analyzovány pro další charakterizaci (např. virulence). Brucella nebo jiné bakteriální izoláty identifikované prostřednictvím standardních kultur budou dále analyzovány pomocí in vitro modelů včetně tkáňových kultur pro analýzu interakcí hostitel-patogen. Imunitní odpověď v klinických vzorcích bude analyzována na zánětlivé signály hostitele (např. genová exprese, měření proteinů). Za účelem zlepšení diagnostických schopností bude na vzorcích plné krve prováděno specifické PCR testování na zoonózy (jako je Brucella, Rickettsia a Q horečka nebo jiné podle potřeby) ve snaze prověřit jejich užitečnost a shodu s jinými způsoby diagnostiky, a porovnány se sérologickým zpracováním, které bude provedeno za použití vzorků séra. Všechny vzorky budou analyzovány podle správné úrovně biologické bezpečnosti a správné laboratorní praxe.

Sběr metadat a informace o pacientech Všichni pacienti budou požádáni o vyplnění dotazníku týkajícího se podrobností o jejich současné nemoci (v hebrejštině a arabštině), jejich životních podmínkách a kontaktu se zvířaty.

Z lékařských záznamů budou shromažďována metadata včetně demografických údajů, zdravotního stavu, včetně chronických onemocnění a předchozích hospitalizací, historie zoonotických onemocnění. Během hospitalizace budou shromažďovány následující parametry: vitální funkce včetně doby do ústupu horečky, výsledky laboratorních testů a zobrazovacích vyšetření a případný chirurgický zákrok nebo pobyt na jednotce intenzivní péče.

Během roku po zařazení do studie budou také shromažďovány údaje ze zdravotních záznamů pacienta týkající se faktorů spojených s klinickými výsledky, včetně: opakovaných hospitalizací, spotřeby antibiotik, výsledků následných krevních testů, jako jsou zánětlivé markery, krevní obraz, jaterní enzymy a sledování. provést sérologické vyšetření.

Období a velikost studie Cílem této studie je zahrnout celkem 500 pacientů během tří let od září 2020.

Etická hlediska a bezpečnost dat Všem pacientům zařazeným do studie bude přiděleno sériové číslo studie. Všechny vzorky odebrané během této studie budou označeny číslem studie a na odebraných vzorcích nebudou přítomny žádné další identifikační údaje. Soubory obsahující metadata a dotazníky budou také označeny číslem studie. Formuláře informovaného souhlasu obsahující identifikační údaje budou uchovávány v uzamčené kanceláři, do které má přístup pouze studijní tým, a kódovací soubor odpovídající identifikačnímu materiálu s čísly studie bude uložen na heslem chráněném serveru na nemocničních počítačích. Identifikační údaje budou použity pro účely následného telefonického rozhovoru na konci studijního období a veškeré získané informace budou následně deidentifikovány a uloženy pomocí studijního kódu. Všechna data budou uložena pomocí zabezpečené webové aplikace REDCap.