使用先进的诊断技术调查疑似人畜共患病的发热

本研究旨在应用先进技术调查贝都因人群的发热性疾病，以提高实验室诊断的快速性和敏感性，并更好地了解贝都因人群传染病的病理生理学，包括各种环境暴露，如如动物、水和废物以及抗生素暴露，以及与病原体毒力相关的宿主-病原体相互作用，与慢性和复发相关的因素，以及对治疗的反应。

研究方案：

注册：

1. 筛选后，将接触患者并提供参与研究的机会。
2. 签署知情同意书后，将对患者进行访谈并填写登记问卷。
3. 如果患者在 ED 登记，将收集血液、唾液和粪便样本。 如果患者出现皮疹或皮肤损伤，将获得开放性损伤的拭子。
4. 如果患者是在接受抗生素治疗后登记的，我们还将尝试找到在接受抗生素治疗之前在急诊室抽取的剩余血样。

跟进：

• 住院期间：

  • 住院 7 天后或出院当天（以先到者为准），将尝试获取第二组样本（血液、唾液和粪便），并从病历中提取有关症状缓解的临床数据、抗生素治疗、并发症等。 如果在住院期间进行任何用于诊断或治疗目的的外科手术（例如 皮肤活检、骨活检、关节穿刺术、腰椎穿刺术），任何被认为对临床目的不必要的剩余材料都将用于分析。
  • 在住院期间，将对患者进行访谈并填写 WASH（水、环境卫生和个人卫生）调查问卷。

• 出院后门诊随访：

  • 如果计划在传染病门诊进行随访（或 SUMC 门诊服务中的任何其他计划就诊），如果进行血液采样，将尝试获取全血和血清样本用于研究目的。 如果研究指定的血液采样不可行，剩余材料将用于研究目的。 如果认为与临床相关，将填写后续调查问卷。

• 研究期间反复住院

  o 如果在入组后一年内再次入院，研究小组会将住院评估为与最初诊断“相关”或“不相关”。 如果认为与所研究的疾病或其并发症有关，将尝试进行另一次血液采样，并且来自其他身体部位（活检、手术干预或引流）的临床采样的任何剩余材料将用于分析。 如果认为与临床相关，将填写后续调查问卷。 由于将反复住院作为研究的一部分进行分析，因此它们不会被视为严重不良事件 (SAE)。

• 入学后六个月：

  o 确定临床结果的电话访谈（协议附在附录中）。

• 学习期结束：

  • 入组一年后，将从患者的医疗档案中收集有关抗生素使用、反复住院和长期并发症的数据。

样品采集：

参加本研究的每位患者都将接受以下检查：

采血：

全血和血清样本将在入组时获取，如果可能，在出院和每次计划的门诊门诊就诊或反复住院时获取。 如果患者因检测结果呈阳性而在住院期间入组，抗生素治疗前获得的临床非研究样本中剩余的任何残留物，只要不需要用于临床，都可能用于研究目的, 并在相关医院实验室的通常存储时间范围内。 每个时间点获得的用于分析的最大血容量成人为 10 毫升，儿童为 5 毫升。

其他临床取样：

在注册时，将获取唾液和粪便样本进行微生物分析，包括微生物组分析，任何皮疹或伤口样本也将通过分子和宏基因组学方法进行分析，以诊断罪魁祸首病原体。

样品处理与分析：

所有样本将在入学后储存在内盖夫本古里安大学健康科学学院的 Moran-Gilad 实验室五年。 样品的处理将分批进行，而不是实时进行，因此不会产生任何可能影响临床决策的实时数据。 治疗医师将无法获得分析结果。 为了进行细菌基因组/宏基因组测序，将从全血样本中提取 DNA，并且仅从提取的材料中鉴定和分析微生物 DNA。 本研究不会对人类 DNA 进行研究。 将分析在标准培养物中生长的细菌分离物以进一步表征（例如 毒力）。 通过标准培养鉴定的布鲁氏菌或其他细菌分离物将使用体外模型进一步分析，包括用于分析宿主-病原体相互作用的组织培养。 将分析临床样本中的免疫反应以寻找宿主炎症信号（例如 基因表达、蛋白质测量）。 为了提高诊断能力，将对全血样本进行针对人畜共患病（如布鲁氏菌、立克次氏体和 Q 热或其他需要的其他疾病）的特异性 PCR 检测，以检验它们的实用性和与其他诊断方法的一致性，并与将使用血清样本进行的血清学检查相比较。 所有样本都将根据适当的生物安全水平和良好的实验室规范进行分析。

元数据收集和患者信息 所有患者都将被要求填写一份问卷，内容涉及他们当前疾病​​的详细信息（希伯来语和阿拉伯语），以及他们的生活条件和接触动物的情况。

元数据包括人口统计数据、健康状况（包括慢性疾病）、既往住院史、人畜共患病病史等，将从医疗记录中收集。 在住院期间，将收集以下参数：生命体征，包括发烧消退的时间、实验室测试和成像结果，以及任何外科手术或重症监护室住院。

还将在入组研究后的一年内从患者的病历中收集与临床结果相关的因素的数据，包括：反复住院、抗生素消耗、后续血液检测结果，如炎症标志物、血细胞计数、肝酶和后续上血清学检测。

研究期限和规模 本研究旨在从 2020 年 9 月开始，为期三年，共纳入 500 名患者。

伦理考虑和数据安全 所有参与研究的患者都将分配一个研究序列号。 本研究期间收集的所有样本都将标有研究编号，收集的样本上不会出现其他识别信息。 包含元数据和问卷的文件也将使用研究编号进行标记。 包含识别数据的知情同意书将保存在只有研究团队可以访问的上锁办公室中，并且将识别材料与研究编号相匹配的编码文件将保存在医院计算机上受密码保护的服务器上。 识别数据将用于研究期结束时的后续电话采访，所有获得的信息将使用研究代码进行去识别化和存储。 所有数据都将使用 REDCap 安全网络应用程序存储。