Investigação de febre suspeita como zoonose usando tecnologias avançadas de diagnóstico

Este estudo visa aplicar tecnologias avançadas para a investigação de doenças febris na população beduína, a fim de melhorar o diagnóstico laboratorial em termos de rapidez e sensibilidade e para uma melhor compreensão da fisiopatologia das doenças infecciosas na população beduína, incluindo várias exposições ambientais, como como animais, água e resíduos e exposição a antibióticos, bem como interações hospedeiro-patógeno associadas à virulência do patógeno, fatores associados à cronicidade e recaída e resposta ao tratamento.

Protocolo de estudo:

Inscrição:

1. Após a triagem, os pacientes serão abordados e oferecida a oportunidade de participar do estudo.
2. Após a assinatura de um consentimento informado, o paciente será entrevistado e um questionário de inscrição será preenchido.
3. Se o paciente estiver matriculado no ED, serão coletadas amostras de sangue, saliva e fezes. Caso o paciente apresente erupção cutânea ou lesão cutânea, será obtido um swab de uma lesão aberta.
4. Se o paciente foi inscrito depois de receber antibióticos, também tentaremos localizar amostras de sangue que foram coletadas no ED antes de receber antibióticos.

Seguir:

• Durante a internação:

  • Sete dias após a internação ou no dia da alta (o que ocorrer primeiro), será feita uma tentativa de obter um segundo conjunto de amostras (sangue, saliva e fezes) e os dados clínicos serão extraídos dos prontuários médicos sobre a resolução dos sintomas , tratamento com antibióticos, complicações, etc. No caso de quaisquer procedimentos cirúrgicos realizados durante o período de internação para fins diagnósticos ou terapêuticos (ex. biópsia de pele, biópsia óssea, artrocentese, punção lombar), qualquer sobra de material considerado desnecessário para fins clínicos será utilizado para análise.
  • Durante a internação, os pacientes serão entrevistados e um questionário WASH (Água, Saneamento e Higiene) será preenchido.

• Acompanhamento ambulatorial pós-alta:

  • No caso de consulta agendada de seguimento no ambulatório de infectologia (ou qualquer outra consulta prevista no serviço ambulatório do SUMC), se for realizada colheita de sangue, tentar-se-á obter amostras de sangue total e soro para fins de investigação. Se a coleta de sangue designada para o estudo não for viável, o material restante será utilizado para fins de pesquisa. Se considerado clinicamente relevante, um questionário de acompanhamento será preenchido.

• Internações recorrentes no período do estudo

  o Em caso de internação recorrente durante o ano após a inscrição, a internação será avaliada pela equipe de pesquisa como "relacionada" ou "não relacionada" ao diagnóstico original. Caso seja considerado relacionado à doença em estudo ou suas complicações, tentar-se-á realizar nova coleta de sangue, e todo material remanescente de coleta clínica de outros locais do corpo (biópsias, intervenções cirúrgicas ou drenagens) será utilizado para análise. Se considerado clinicamente relevante, um questionário de acompanhamento será preenchido. Como as internações recorrentes são analisadas como parte do estudo, não serão consideradas eventos adversos graves (EAG).

• Seis meses após a inscrição:

  o Entrevista por telefone para estabelecer os resultados clínicos (protocolo anexado no apêndice).

• Fim do período de estudo:

  • Um ano após a inscrição, os dados relativos ao uso de antibióticos, hospitalizações recorrentes e complicações de longo prazo serão coletados dos arquivos médicos do paciente.

Coleta de amostras:

Todos os pacientes incluídos neste estudo passarão pela seguinte avaliação:

Amostra de sangue:

Amostras de sangue total e soro serão obtidas na inscrição e, se possível, na alta e em todas as visitas ambulatoriais planejadas ou hospitalizações recorrentes. Caso o paciente tenha sido inscrito durante a internação hospitalar devido a um resultado de teste positivo, quaisquer sobras de amostras clínicas não para pesquisa obtidas antes do tratamento com antibióticos serão potencialmente usadas para fins de pesquisa, desde que não sejam necessárias para uso clínico , e dentro do prazo habitual de seu armazenamento no laboratório hospitalar pertinente. O volume máximo de sangue obtido para análise em cada ponto de tempo será de 10 ml para adultos e 5 ml para crianças.

Outras amostras clínicas:

No momento da inscrição, amostras de saliva e fezes serão obtidas para análise microbiológica, incluindo perfil do microbioma, e qualquer amostra de erupção cutânea ou ferida também será analisada por métodos moleculares e metagenômicos para o diagnóstico do patógeno culpado.

Processamento e análise de amostras:

Todas as amostras serão armazenadas no laboratório Moran-Gilad, Faculdade de Ciências da Saúde, Universidade Ben-Gurion do Negev, por cinco anos após a inscrição. O processamento das amostras será feito em lotes e não em tempo real, portanto, não produzirá nenhum dado em tempo real que possa afetar as decisões clínicas. Os resultados da análise não estarão disponíveis para o médico assistente. Para fins de sequenciamento genômico/metagenômico bacteriano, o DNA será extraído de amostras de sangue total, e apenas o DNA microbiano será identificado e analisado do material extraído. Nenhuma pesquisa sobre DNA humano será realizada neste estudo. Os isolados bacterianos cultivados em culturas padrão serão analisados ​​para posterior caracterização (por exemplo, virulência). Brucella ou outros isolados bacterianos identificados por meio de culturas padrão serão posteriormente analisados ​​usando modelos in vitro, incluindo cultura de tecidos para a análise de interações patógeno-hospedeiro. A resposta imune em amostras clínicas será analisada quanto a sinais inflamatórios do hospedeiro (por exemplo, expressão gênica, medição de proteínas). Com o objetivo de melhorar a capacidade diagnóstica, testes de PCR específicos para zoonoses (como Brucella, Rickettsia e febre Q, ou outros conforme necessário) serão feitos em amostras de sangue total, tentando examinar sua utilidade e concordância com outros meios de diagnóstico, e comparada com a sorologia que será realizada com amostras de soro. Todas as amostras serão analisadas de acordo com o nível adequado de biossegurança e boas práticas de laboratório.

Coleta de metadados e informações do paciente Todos os pacientes serão solicitados a preencher um questionário sobre os detalhes de sua doença atual (anexados em hebraico e árabe) e suas condições de vida e exposição a animais.

Metadados, incluindo dados demográficos, estado de saúde, incluindo doenças crônicas e hospitalizações anteriores, histórico de doenças zoonóticas, serão coletados dos registros médicos. Durante a internação, os seguintes parâmetros serão coletados: sinais vitais, incluindo tempo até a resolução da febre, exames laboratoriais e resultados de imagem e qualquer procedimento cirúrgico ou internação em unidade de terapia intensiva.

Os dados também serão coletados dos prontuários médicos do paciente durante o ano seguinte à inscrição no estudo em relação aos fatores associados aos resultados clínicos, incluindo: hospitalizações recorrentes, consumo de antibióticos, resultados de exames de sangue de acompanhamento, como marcadores inflamatórios, hemograma, enzimas hepáticas e acompanhamento fazer testes sorológicos.

Período e tamanho do estudo Este estudo visa incluir um total de 500 pacientes, ao longo de três anos, a partir de setembro de 2020.

Considerações éticas e segurança dos dados Todos os pacientes incluídos no estudo receberão um número de estudo serial. Todas as amostras coletadas durante este estudo serão rotuladas com o número do estudo e nenhuma outra informação de identificação estará presente nas amostras coletadas. Arquivos contendo metadados e questionários também serão rotulados usando o número do estudo. Os formulários de consentimento informado contendo dados de identificação serão mantidos em um escritório trancado, acessado apenas pela equipe do estudo e um arquivo de codificação correspondente ao material de identificação com os números do estudo será salvo em um servidor protegido por senha nos computadores do hospital. Os dados de identificação serão usados ​​para fins de entrevista telefônica de acompanhamento no final do período do estudo, e todas as informações obtidas serão então desidentificadas e armazenadas usando o código do estudo. Todos os dados serão armazenados usando o aplicativo da web protegido REDCap.