Undersøkelse av feber mistenkt som zoonose ved bruk av avansert diagnostisk teknologi

Denne studien tar sikte på å anvende avanserte teknologier for etterforskning av febersykdom i beduinbefolkningen, for å forbedre laboratoriediagnoser når det gjelder hurtighet og følsomhet og for å bedre vår forståelse av patofysiologien til infeksjonssykdommer i beduinbefolkningen, inkludert ulike miljøeksponeringer som f.eks. som dyr, vann og avfalls- og antibiotikaeksponering, samt vert-patogen-interaksjoner assosiert med patogenvirulens, faktorer assosiert med kroniskhet og tilbakefall, og respons på behandling.

Studieprotokoll:

Registrering:

1. Etter screening vil pasienter bli kontaktet og tilbudt muligheten til å delta i studien.
2. Etter å ha signert et informert samtykke vil pasienten bli intervjuet og et påmeldingsskjema vil bli fylt ut.
3. Hvis pasienten er registrert på akuttmottaket, vil blod-, spytt- og avføringsprøver bli samlet inn. I tilfelle pasienten får utslett eller hudlesjon, vil en vattpinne fra en åpen lesjon fås.
4. Hvis pasienten ble registrert etter å ha mottatt antibiotika, vil vi også forsøke å finne gjenværende blodprøver som ble tatt i akuttmottaket før de fikk antibiotika.

Følge opp:

• Under sykehusinnleggelse:

  • Syv dager etter sykehusinnleggelse eller på utskrivningsdagen (avhengig av hva som inntreffer først), vil det bli gjort et forsøk på å få et nytt sett med prøver (blod, spytt og avføring), og kliniske data vil bli hentet fra medisinske journaler angående løsning av symptomer , antibiotikabehandling, komplikasjoner etc. I tilfelle kirurgiske prosedyrer utført i løpet av sykehusinnleggelsesperioden for diagnostiske eller terapeutiske formål (f. hudbiopsi, benbiopsi, arthrocentese, lumbalpunksjon), vil eventuelt restmateriale som anses unødvendig for kliniske formål, bli brukt til analyse.
  • Under innleggelsen vil pasientene bli intervjuet og et WASH (vann, sanitær og hygiene) spørreskjema vil bli fylt ut.

• Ambulatorisk oppfølging etter utskrivning:

  • Ved planlagt oppfølgingsbesøk i infeksjonsklinikken (eller annet planlagt besøk i SUMCs ambulerende tjeneste) vil det ved blodprøvetaking bli forsøkt innhentet fullblods- og serumprøver til forskningsformål. Hvis studieutpekt blodprøvetaking ikke er mulig, vil restmateriale bli brukt til forskningsformål. Hvis det anses klinisk relevant, vil et oppfølgingsskjema fylles ut.

• Gjentatte sykehusinnleggelser innenfor studieperioden

  o Ved gjentakende innleggelse i løpet av året etter innskrivning vil sykehusinnleggelsen bli vurdert av forskerteamet som "relatert" eller "ikke-relatert" til den opprinnelige diagnosen. Hvis det vurderes relatert til den studerte sykdommen eller dens komplikasjoner, vil det bli forsøkt å ta en ny blodprøve, og eventuelt gjenværende materiale fra klinisk prøvetaking av andre kroppssteder (biopsier, kirurgisk inngrep eller drenering) vil bli brukt til analyse. Hvis det anses klinisk relevant, vil et oppfølgingsskjema fylles ut. Ettersom gjentatte sykehusinnleggelser analyseres som en del av studien, vil de ikke anses som alvorlige bivirkninger (SAE).

• Seks måneder etter påmelding:

  o Telefonintervju for fastsettelse av kliniske utfall (protokoll vedlagt i vedlegg).

• Slutt på studieperiode:

  • Ett år etter påmelding vil data om antibiotikabruk, gjentatte sykehusinnleggelser og langtidskomplikasjoner samles inn fra pasientens medisinske filer.

Prøvesamling:

Hver pasient som er registrert i denne studien vil gjennomgå følgende oppfølging:

Blodprøvetaking:

Fullblods- og serumprøver vil bli tatt ved innskrivning, og hvis mulig, ved utskrivelse og hvert planlagte ambulerende poliklinikkbesøk eller gjentatte sykehusinnleggelse. I tilfelle at pasienten ble innskrevet under sykehusopphold på grunn av et positivt testresultat, vil eventuelle gjenværende rester fra kliniske ikke-forskningsprøver innhentet før antibiotikabehandling, potensielt bli brukt til forskningsformål, så lenge de ikke er nødvendige for klinisk bruk , og innenfor den vanlige tidsrammen for lagring i det aktuelle sykehuslaboratoriet. Maksimalt blodvolum oppnådd for analyse på hvert tidspunkt vil være 10 ml for voksne og 5 ml for barn.

Annen klinisk prøvetaking:

Ved påmelding vil det innhentes spytt- og avføringsprøver for mikrobiologisk analyse inkludert mikrobiomprofilering, og eventuell utslett eller sårprøvetaking vil også bli analysert med molekylære og metagenomiske metoder for diagnostisering av den skyldige patogenet.

Prøvebehandling og analyse:

Alle prøver vil bli lagret ved Moran-Gilad-laboratoriet, Fakultet for helsevitenskap, Ben-Gurion University of the Negev, i fem år etter innmelding. Behandling av prøvene vil foregå i batcher, og ikke i sanntid, vil derfor ikke produsere noen sanntidsdata som kan påvirke kliniske beslutninger. Resultatene av analysen vil ikke være tilgjengelig for behandlende lege. For bakteriell genomisk/metagenomisk sekvensering vil DNA bli ekstrahert fra fullblodsprøver, og kun mikrobiell DNA vil bli identifisert og analysert fra det ekstraherte materialet. Ingen forskning på menneskelig DNA vil bli utført i denne studien. Bakterieisolater dyrket i standardkulturer vil bli analysert for videre karakterisering (f. virulens). Brucella eller andre bakterieisolater identifisert gjennom standardkulturer vil bli videre analysert ved bruk av in vitro-modeller inkludert vevskultur for analyse av vert-patogen-interaksjoner. Immunrespons i kliniske prøver vil bli analysert for vertsinflammatoriske signaler (f.eks. genuttrykk, måling av proteiner). For å forbedre diagnostisk evne, vil spesifikk PCR-testing for zoonoser (som Brucella, Rickettsia og Q-feber, eller andre etter behov) utføres på fullblodsprøver, og forsøke å undersøke deres nytte og samsvar med andre diagnosemetoder, og sammenlignet med serologisk opparbeiding som vil bli utført ved bruk av serumprøver. Alle prøver vil bli analysert i henhold til riktig biosikkerhetsnivå og god laboratoriepraksis.

Metadatainnsamling og pasientinformasjon Alle pasienter vil bli bedt om å fylle ut et spørreskjema angående detaljene om deres nåværende sykdom (vedlagt på hebraisk og arabisk), og deres levekår og eksponering for dyr.

Metadata inkludert demografiske data, helsestatus, inkludert kroniske medisinske sykdommer, og tidligere sykehusinnleggelser, tidligere historie med zoonotiske sykdommer, vil bli samlet inn fra medisinske journaler. Under sykehusinnleggelse vil følgende parametere bli samlet inn: vitale tegn, inkludert tid til feber er opphørt, laboratorietesting og bilderesultater, og eventuelle kirurgiske inngrep eller opphold på intensivavdelingen.

Data vil også bli samlet inn fra pasientens medisinske journaler i løpet av året etter påmelding til studien angående faktorer assosiert med kliniske utfall, inkludert: gjentatte sykehusinnleggelser, antibiotikaforbruk, oppfølging av blodprøveresultater som inflammatoriske markører, blodtelling, leverenzymer og følge opp opp serologisk testing.

Studieperiode og størrelse Denne studien har som mål å inkludere totalt 500 pasienter, over tre år, fra og med september 2020.

Etiske hensyn og datasikkerhet Alle pasienter som er registrert i studien vil bli tildelt et serienummer for studien. Alle prøver som samles inn under denne studien vil bli merket med studienummeret, og ingen annen identifiserende informasjon vil være tilstede på de innsamlede prøvene. Filer som inneholder metadata og spørreskjemaer vil også bli merket med studienummer. Skjemaer for informert samtykke som inneholder identifiserende data vil bli oppbevart på et låst kontor som kun er tilgjengelig for studieteamet, og en kodefil som samsvarer med identifiserende materiale med studienummer vil bli lagret på en passordbeskyttet server på sykehusdatamaskiner. Identifikasjonsdata vil bli brukt til formålet med det oppfølgende telefonintervjuet ved slutten av studieperioden, og all informasjon innhentet vil da bli avidentifisert og lagret ved hjelp av studiekoden. Alle data vil bli lagret ved hjelp av REDCap sikret nettapplikasjon.