Badanie gorączki podejrzewanej jako choroba odzwierzęca przy użyciu zaawansowanych technologii diagnostycznych

Niniejsze badanie ma na celu zastosowanie zaawansowanych technologii do badania chorób przebiegających z gorączką w populacji Beduinów, aby poprawić diagnostykę laboratoryjną pod względem szybkości i czułości oraz lepiej zrozumieć patofizjologię chorób zakaźnych w populacji Beduinów, w tym różne narażenia środowiskowe, takie jak jak zwierzęta, woda i odpady oraz narażenie na antybiotyki, a także interakcje żywiciel-patogen związane z wirulencją patogenu, czynniki związane z przewlekłością i nawrotami oraz odpowiedź na leczenie.

Protokół badania:

Zapisy:

1. Po badaniu przesiewowym do pacjentów zostanie zwrócona i zaoferowana możliwość udziału w badaniu.
2. Po podpisaniu świadomej zgody pacjent zostanie przesłuchany i wypełniony zostanie kwestionariusz rekrutacyjny.
3. Jeśli pacjent jest zapisany na SOR, zostaną pobrane próbki krwi, śliny i kału. W przypadku wystąpienia u pacjenta wysypki lub zmiany skórnej zostanie pobrany wymaz z otwartej zmiany.
4. Jeśli pacjent został zapisany po otrzymaniu antybiotyków, spróbujemy również zlokalizować pozostałości próbek krwi, które zostały pobrane na SOR przed otrzymaniem antybiotyków.

Podejmować właściwe kroki:

• Podczas hospitalizacji:

  • Siedem dni po przyjęciu do szpitala lub w dniu wypisu (w zależności od tego, co nastąpi wcześniej) zostanie podjęta próba pobrania drugiego zestawu próbek (krew, ślina i kał) oraz pobranie danych klinicznych z dokumentacji medycznej dotyczących ustąpienia objawów , antybiotykoterapia, powikłania itp. W przypadku jakichkolwiek zabiegów chirurgicznych wykonywanych w okresie hospitalizacji w celach diagnostycznych lub terapeutycznych (np. biopsja skóry, biopsja kości, artrocenteza, nakłucie lędźwiowe), wszelkie pozostałości materiału uznane za niepotrzebne do celów klinicznych zostaną wykorzystane do analizy.
  • Podczas pobytu w szpitalu zostaną przeprowadzone wywiady z pacjentami oraz wypełniony kwestionariusz WASH (Water, Sanitation and Hygiene).

• Obserwacja ambulatoryjna po wypisaniu ze szpitala:

  • W przypadku planowanej wizyty kontrolnej w poradni chorób zakaźnych (lub innej planowanej wizyty w ambulatorium SUMC), w przypadku pobrania krwi zostanie podjęta próba pobrania krwi pełnej i surowicy do celów badawczych. Jeśli pobranie krwi do badania nie jest możliwe, pozostały materiał zostanie wykorzystany do celów badawczych. Jeśli zostanie to uznane za istotne klinicznie, zostanie wypełniony kwestionariusz kontrolny.

• Powtarzające się hospitalizacje w okresie badania

  o W przypadku powtórnego przyjęcia w ciągu roku po wpisaniu, hospitalizacja zostanie oceniona przez zespół badawczy jako „związana” lub „niezwiązana” z pierwotną diagnozą. W przypadku stwierdzenia związku z badaną chorobą lub jej powikłaniami zostanie podjęta próba ponownego pobrania krwi, a do analizy wykorzystany zostanie materiał pozostały po pobraniu klinicznym innych miejsc ciała (biopsje, interwencja chirurgiczna lub drenaż). Jeśli zostanie to uznane za istotne klinicznie, zostanie wypełniony kwestionariusz kontrolny. Ponieważ nawracające hospitalizacje są analizowane jako część badania, nie będą one uważane za poważne zdarzenia niepożądane (SAE).

• Sześć miesięcy po rejestracji:

  o Wywiad telefoniczny w celu ustalenia efektów klinicznych (protokół w załączniku).

• Koniec okresu studiów:

  • Po roku od rejestracji dane dotyczące stosowania antybiotyków, powtarzających się hospitalizacji i powikłań długoterminowych będą gromadzone z dokumentacji medycznej pacjenta.

Kolekcja próbek:

Każdy pacjent włączony do tego badania zostanie poddany następującym badaniom:

Pobieranie próbek krwi:

Próbki krwi pełnej i surowicy będą pobierane przy zapisie, a jeśli to możliwe, przy wypisie i każdej planowanej wizycie w przychodni ambulatoryjnej lub ponownej hospitalizacji. W przypadku, gdy pacjent został zakwalifikowany w trakcie pobytu w szpitalu z powodu pozytywnego wyniku testu, wszelkie pozostałe pozostałości z niebadawczych próbek klinicznych pobranych przed antybiotykoterapią zostaną potencjalnie wykorzystane do celów badawczych, o ile nie będą potrzebne do użytku klinicznego oraz w zwykłych ramach czasowych ich przechowywania w odpowiednim laboratorium szpitalnym. Maksymalna objętość krwi pobierana do analizy w każdym punkcie czasowym wyniesie 10 ml dla dorosłych i 5 ml dla dzieci.

Inne próbki kliniczne:

Podczas rejestracji zostaną pobrane próbki śliny i kału do analizy mikrobiologicznej, w tym profilowania mikrobiomu, a wszelkie próbki wysypki lub rany zostaną również przeanalizowane metodami molekularnymi i metagenomicznymi w celu zdiagnozowania patogenu sprawcy.

Przetwarzanie i analiza próbek:

Wszystkie próbki będą przechowywane w laboratorium Moran-Gilad na Wydziale Nauk o Zdrowiu Uniwersytetu Ben-Guriona w Negev przez pięć lat po rejestracji. Przetwarzanie próbek będzie odbywać się partiami, a nie w czasie rzeczywistym, dlatego nie będzie generować żadnych danych w czasie rzeczywistym, które mogłyby wpłynąć na decyzje kliniczne. Wyniki analizy nie będą dostępne dla lekarza prowadzącego. Do celów bakteryjnego sekwencjonowania genomowego/metagenomicznego, DNA będzie ekstrahowane z próbek krwi pełnej, a jedynie mikrobiologiczne DNA będzie identyfikowane i analizowane z wyekstrahowanego materiału. W tym badaniu nie zostaną przeprowadzone żadne badania ludzkiego DNA. Izolaty bakteryjne hodowane w hodowlach standardowych będą analizowane w celu dalszej charakterystyki (np. zjadliwość). Brucella lub inne izolaty bakteryjne zidentyfikowane za pomocą standardowych kultur będą dalej analizowane przy użyciu modeli in vitro, w tym hodowli tkankowej w celu analizy interakcji gospodarz-patogen. Odpowiedź immunologiczna w próbkach klinicznych zostanie przeanalizowana pod kątem sygnałów zapalnych gospodarza (np. ekspresja genów, pomiar białek). W celu poprawy możliwości diagnostycznych, na próbkach krwi pełnej zostaną przeprowadzone specyficzne testy PCR w kierunku chorób odzwierzęcych (takich jak Brucella, Rickettsia i gorączka Q lub inne w razie potrzeby), próbując zbadać ich przydatność i zgodność z innymi sposobami diagnozy, i w porównaniu z obróbką serologiczną, która zostanie przeprowadzona przy użyciu próbek surowicy. Wszystkie próbki będą analizowane zgodnie z odpowiednim poziomem bezpieczeństwa biologicznego i dobrą praktyką laboratoryjną.

Gromadzenie metadanych i informacje o pacjencie Wszyscy pacjenci zostaną poproszeni o wypełnienie kwestionariusza dotyczącego szczegółów ich aktualnej choroby (załączonej w języku hebrajskim i arabskim), warunków życia i kontaktu ze zwierzętami.

Z dokumentacji medycznej będą gromadzone metadane, w tym dane demograficzne, stan zdrowia, w tym choroby przewlekłe i wcześniejsze hospitalizacje, historia chorób odzwierzęcych. W trakcie hospitalizacji zbierane będą parametry życiowe, w tym czas do ustąpienia gorączki, wyniki badań laboratoryjnych i obrazowych, a także ewentualny zabieg chirurgiczny lub pobyt na oddziale intensywnej terapii.

Dane będą również gromadzone z dokumentacji medycznej pacjenta w ciągu roku następującego po włączeniu do badania w odniesieniu do czynników związanych z wynikami klinicznymi, w tym: nawracających hospitalizacji, stosowania antybiotyków, wyników badań kontrolnych krwi, takich jak markery stanu zapalnego, morfologia krwi, enzymy wątrobowe i w górę testy serologiczne.

Okres i wielkość badania Celem tego badania jest włączenie łącznie 500 pacjentów w ciągu trzech lat, począwszy od września 2020 r.

Względy etyczne i bezpieczeństwo danych Wszyscy pacjenci włączeni do badania otrzymają numer seryjny badania. Wszystkie próbki pobrane podczas tego badania zostaną oznaczone numerem badania, a na pobranych próbkach nie będą znajdować się żadne inne informacje identyfikujące. Pliki zawierające metadane i kwestionariusze również zostaną oznaczone numerem badania. Formularze świadomej zgody zawierające dane identyfikacyjne będą przechowywane w zamkniętym biurze, do którego dostęp ma tylko zespół badawczy, a plik kodujący pasujący do materiału identyfikującego z numerami badania zostanie zapisany na chronionym hasłem serwerze na komputerach szpitalnych. Dane identyfikacyjne zostaną wykorzystane w celu dalszej rozmowy telefonicznej pod koniec okresu badania, a wszystkie uzyskane informacje zostaną następnie pozbawione elementów umożliwiających identyfikację i przechowywane przy użyciu kodu badania. Wszystkie dane będą przechowywane przy użyciu zabezpieczonej aplikacji internetowej REDCap.