Undersøgelse af feber mistænkt som zoonose ved hjælp af avancerede diagnostiske teknologier

Denne undersøgelse har til formål at anvende avancerede teknologier til undersøgelse af febril sygdom i beduinbefolkningen, for at forbedre laboratoriediagnosticering med hensyn til hurtighed og følsomhed og for at forbedre vores forståelse af patofysiologien af ​​infektionssygdomme i beduinbefolkningen, herunder forskellige miljøeksponeringer, f.eks. som dyr, vand og affalds- og antibiotikaeksponering, samt vært-patogen-interaktioner forbundet med patogenvirulens, faktorer forbundet med kronicitet og tilbagefald og respons på behandling.

Undersøgelsesprotokol:

Tilmelding:

1. Efter screening vil patienterne blive kontaktet og tilbudt mulighed for at deltage i undersøgelsen.
2. Efter underskrivelse af et informeret samtykke vil patienten blive interviewet og et tilmeldingsspørgeskema vil blive udfyldt.
3. Hvis patienten er indskrevet i ED, vil blod-, spyt- og afføringsprøver blive indsamlet. I tilfælde af at patienten har udslæt eller en hudlæsion, vil en podepind blive opnået fra en åben læsion.
4. Hvis patienten blev indskrevet efter at have modtaget antibiotika, vil vi også forsøge at lokalisere resterende blodprøver, der blev udtaget i ED før modtagelse af antibiotika.

Opfølgning:

• Under indlæggelse:

  • Syv dage efter hospitalsindlæggelse eller på udskrivelsesdagen (alt efter hvad der kommer først), vil der blive gjort et forsøg på at få et andet sæt prøver (blod, spyt og afføring), og kliniske data vil blive trukket fra de medicinske journaler vedrørende løsning af symptomer , antibiotikabehandling, komplikationer mm. I tilfælde af kirurgiske indgreb udført under indlæggelsesperioden til diagnostiske eller terapeutiske formål (f. hudbiopsi, knoglebiopsi, arthrocentese, lumbalpunktur), vil enhver restmateriale, der anses for unødvendig til kliniske formål, blive brugt til analyse.
  • Under indlæggelsen vil patienterne blive interviewet og et WASH (Vand, Sanitet og Hygiejne) spørgeskema vil blive udfyldt.

• Ambulatorisk opfølgning efter udskrivelsen:

  • Ved et planlagt opfølgningsbesøg i infektionsklinikken (eller ethvert andet planlagt besøg i SUMC's ambulante tjeneste) vil der, hvis der udføres blodprøver, blive forsøgt at udtage fuldblods- og serumprøver til forskningsformål. Hvis undersøgelsesbestemt blodprøvetagning ikke er mulig, vil restmateriale blive brugt til forskningsformål. Hvis det vurderes at være klinisk relevant, vil et opfølgende spørgeskema blive udfyldt.

• Tilbagevendende indlæggelser inden for undersøgelsesperioden

  o Ved tilbagevendende indlæggelse i løbet af året efter indskrivningen vil indlæggelsen af ​​forskerholdet blive vurderet som "relateret" eller "ikke-relateret" til den oprindelige diagnose. Hvis det anses for at være relateret til den undersøgte sygdom eller dens komplikationer, vil der blive forsøgt at udføre en ny blodprøvetagning, og eventuelt resterende materiale fra klinisk prøveudtagning af andre kropssteder (biopsier, kirurgisk indgreb eller dræning) vil blive brugt til analyse. Hvis det vurderes at være klinisk relevant, vil et opfølgende spørgeskema blive udfyldt. Da tilbagevendende indlæggelser analyseres som en del af undersøgelsen, vil de ikke blive betragtet som alvorlige bivirkninger (SAE).

• Seks måneder efter tilmelding:

  o Telefonsamtale til fastlæggelse af kliniske resultater (protokol vedlagt i bilag).

• Afslutning af studieperiode:

  • Et år efter indskrivningen vil data vedrørende antibiotikabrug, tilbagevendende indlæggelser og langvarige komplikationer blive indsamlet fra patientens medicinske journaler.

Prøvesamling:

Hver patient, der er tilmeldt denne undersøgelse, vil gennemgå følgende oparbejdning:

Blodprøvetagning:

Der vil blive udtaget fuldblods- og serumprøver ved indskrivning og om muligt ved udskrivelse og hvert planlagt ambulant ambulatoriebesøg eller tilbagevendende hospitalsindlæggelse. I tilfælde af at patienten blev indskrevet under hospitalsophold på grund af et positivt testresultat, vil eventuelle resterende rester fra kliniske ikke-forskningsprøver opnået før antibiotikabehandling potentielt blive brugt til forskningsformål, så længe de ikke er nødvendige til klinisk brug , og inden for den sædvanlige tidsramme for deres opbevaring i det relevante hospitalslaboratorium. Maksimal blodvolumen opnået til analyse på hvert tidspunkt vil være 10 ml for voksne og 5 ml for børn.

Anden klinisk prøvetagning:

Ved tilmelding vil der blive indhentet spyt- og afføringsprøver til mikrobiologisk analyse, herunder mikrobiomprofilering, og eventuelle udslæts- eller sårprøver vil også blive analyseret ved molekylære og metagenomiske metoder til diagnosticering af den skyldige patogen.

Prøvebehandling og analyse:

Alle prøver vil blive opbevaret på Moran-Gilad lab, Fakultet for Sundhedsvidenskab, Ben-Gurion University of the Negev, i fem år efter tilmelding. Behandling af prøverne vil blive udført i batches, og ikke i realtid, vil derfor ikke producere nogen realtidsdata, der kan påvirke kliniske beslutninger. Resultaterne af analysen vil ikke være tilgængelige for den behandlende læge. Med henblik på bakteriel genomisk/metagenomisk sekventering vil DNA blive ekstraheret fra fuldblodsprøver, og kun mikrobielt DNA vil blive identificeret og analyseret fra det ekstraherede materiale. Der vil ikke blive udført forskning i humant DNA i denne undersøgelse. Bakterieisolater dyrket i standardkulturer vil blive analyseret for yderligere karakterisering (f. virulens). Brucella eller andre bakterieisolater identificeret gennem standardkulturer vil blive yderligere analyseret ved hjælp af in vitro-modeller, herunder vævskultur til analyse af vært-patogen-interaktioner. Immunrespons i kliniske prøver vil blive analyseret for værtsinflammatoriske signaler (f.eks. genekspression, måling af proteiner). Med henblik på at forbedre den diagnostiske evne vil specifik PCR-testning for zoonoser (såsom Brucella, Rickettsia og Q-feber eller andre efter behov) blive udført på fuldblodsprøver, hvor man forsøger at undersøge deres nytte og overensstemmelse med andre diagnosemetoder, og sammenlignet med serologisk oparbejdning, der vil blive udført ved hjælp af serumprøver. Alle prøver vil blive analyseret i henhold til det korrekte biosikkerhedsniveau og god laboratoriepraksis.

Metadataindsamling og patientinformation Alle patienter vil blive bedt om at udfylde et spørgeskema vedrørende detaljerne om deres nuværende sygdom (vedhæftet på hebraisk og arabisk) og deres levevilkår og eksponering for dyr.

Metadata, herunder demografiske data, helbredsstatus, herunder kroniske medicinske sygdomme, og tidligere indlæggelser, tidligere historie med zoonotiske sygdomme, vil blive indsamlet fra lægejournalerne. Under indlæggelsen vil følgende parametre blive indsamlet: vitale tegn, herunder tid til ophør af feber, laboratorieundersøgelser og billeddiagnostiske resultater og enhver kirurgisk procedure eller intensivafdelingsophold.

Data vil også blive indsamlet fra patientens medicinske journaler i løbet af året efter tilmelding til undersøgelsen vedrørende faktorer forbundet med kliniske resultater, herunder: gentagne hospitalsindlæggelser, antibiotikaforbrug, opfølgning på blodprøveresultater såsom inflammatoriske markører, blodtal, leverenzymer og følg op serologisk testning.

Undersøgelsesperiode og størrelse Denne undersøgelse sigter mod at omfatte i alt 500 patienter over tre år fra september 2020.

Etiske overvejelser og datasikkerhed Alle patienter, der er tilmeldt undersøgelsen, vil blive tildelt et serienummer. Alle prøver indsamlet under denne undersøgelse vil blive mærket med undersøgelsesnummeret, og der vil ikke være andre identifikationsoplysninger til stede på de indsamlede prøver. Filer indeholdende metadata og spørgeskemaer vil også blive mærket med undersøgelsesnummer. Formularer til informeret samtykke, der indeholder identificerende data, opbevares på et aflåst kontor, som kun undersøgelsesteamet har adgang til, og en kodningsfil, der matcher identifikationsmateriale med undersøgelsesnumre, vil blive gemt på en adgangskodebeskyttet server på hospitalets computere. Identifikationsdata vil blive brugt til formålet med det opfølgende telefoninterview i slutningen af ​​undersøgelsesperioden, og alle indhentede oplysninger vil derefter blive afidentificeret og gemt ved hjælp af undersøgelseskoden. Alle data vil blive gemt ved hjælp af REDCap sikret webapplikation.