Onderzoek naar koorts die wordt vermoed als zoönose met behulp van geavanceerde diagnostische technologieën

Deze studie heeft tot doel geavanceerde technologieën toe te passen voor het onderzoek naar ziekten met koorts bij de bedoeïenenpopulatie, om de laboratoriumdiagnose te verbeteren in termen van snelheid en gevoeligheid en om ons begrip van de pathofysiologie van infectieziekten bij de bedoeïenenpopulatie te verbeteren, met inbegrip van verschillende milieublootstellingen zoals zoals dier-, water- en afval- en antibioticablootstelling, evenals gastheer-pathogeeninteracties geassocieerd met pathogene virulentie, factoren geassocieerd met chroniciteit en terugval, en respons op behandeling.

Leerprotocool:

Inschrijving:

1. Na screening worden patiënten benaderd en de mogelijkheid geboden om deel te nemen aan het onderzoek.
2. Na ondertekening van een geïnformeerde toestemming wordt de patiënt geïnterviewd en wordt een inschrijvingsvragenlijst ingevuld.
3. Als de patiënt is ingeschreven op de SEH, worden bloed-, speeksel- en ontlastingsmonsters verzameld. Als de patiënt huiduitslag of een huidlaesie vertoont, wordt een uitstrijkje van een open laesie verkregen.
4. Als de patiënt werd ingeschreven nadat hij antibiotica had gekregen, zullen we ook proberen om overgebleven bloedmonsters te lokaliseren die op de SEH zijn afgenomen voordat hij antibiotica kreeg.

Opvolgen:

• Tijdens ziekenhuisopname:

  • Zeven dagen na ziekenhuisopname of op de dag van ontslag (wat het eerst komt), zal een poging worden gedaan om een ​​tweede set monsters (bloed, speeksel en ontlasting) te verkrijgen en zullen klinische gegevens uit de medische dossiers worden gehaald met betrekking tot het verdwijnen van de symptomen , antibiotische behandeling, complicaties enz. In geval van chirurgische ingrepen tijdens de ziekenhuisopname voor diagnostische of therapeutische doeleinden (bijv. huidbiopsie, botbiopsie, arthrocentese, lumbaalpunctie), wordt al het overgebleven materiaal dat voor klinische doeleinden onnodig wordt geacht, gebruikt voor analyse.
  • Tijdens de ziekenhuisopname worden de patiënten geïnterviewd en wordt een WASH-vragenlijst (Water, Sanitatie en Hygiëne) ingevuld.

• Ambulante opvolging na ontslag:

  • Bij een gepland vervolgbezoek in de polikliniek Infectieziekten (of een ander gepland bezoek in de ambulante dienst van SUMC) wordt bij bloedafname getracht volbloed- en serummonsters te verkrijgen voor onderzoeksdoeleinden. Als op studie aangewezen bloedafname niet haalbaar is, wordt overgebleven materiaal gebruikt voor onderzoeksdoeleinden. Indien klinisch relevant geacht, zal een vervolgvragenlijst worden ingevuld.

• Terugkerende ziekenhuisopnames binnen de studieperiode

  o Bij herhaalde opname tijdens het jaar na inschrijving wordt de opname door het onderzoeksteam beoordeeld als "gerelateerd" of "niet-gerelateerd" aan de oorspronkelijke diagnose. Als het verband houdt met de bestudeerde ziekte of de complicaties ervan, zal een poging worden gedaan om nog een bloedafname uit te voeren, en al het overgebleven materiaal van klinische bemonstering van andere plaatsen op het lichaam (biopsieën, chirurgische ingrepen of drainage) zal worden gebruikt voor analyse. Indien klinisch relevant geacht, zal een vervolgvragenlijst worden ingevuld. Aangezien terugkerende ziekenhuisopnamen worden geanalyseerd als onderdeel van het onderzoek, worden ze niet als ernstige bijwerkingen (SAE) beschouwd.

• Zes maanden na inschrijving:

  o Telefonisch interview voor het vaststellen van klinische uitkomsten (protocol bijgevoegd in bijlage).

• Einde studieperiode:

  • Een jaar na inschrijving worden gegevens over antibioticagebruik, terugkerende ziekenhuisopnames en langdurige complicaties verzameld uit de medische dossiers van de patiënt.

Voorbeeldverzameling:

Elke patiënt die deelneemt aan deze studie zal de volgende opwerking ondergaan:

Bloedafname:

Volbloed- en serummonsters worden afgenomen bij inschrijving en indien mogelijk bij ontslag en bij elk gepland ambulant polikliniekbezoek of terugkerende ziekenhuisopname. In het geval dat de patiënt tijdens het verblijf in het ziekenhuis werd opgenomen vanwege een positief testresultaat, zullen alle resterende overblijfselen van klinische niet-onderzoeksmonsters die zijn verkregen voorafgaand aan de antibioticabehandeling mogelijk worden gebruikt voor onderzoeksdoeleinden, zolang ze niet nodig zijn voor klinisch gebruik en binnen het gebruikelijke tijdsbestek van hun opslag in het relevante ziekenhuislaboratorium. Het maximale bloedvolume dat op elk tijdstip voor analyse wordt verkregen, is 10 ml voor volwassenen en 5 ml voor kinderen.

Andere klinische bemonstering:

Bij inschrijving zullen speeksel- en ontlastingsmonsters worden verkregen voor microbiologische analyse, inclusief microbioomprofilering, en eventuele huiduitslag of wondmonsters zullen ook worden geanalyseerd met behulp van moleculaire en metagenomische methoden voor de diagnose van de boosdoener.

Monsterverwerking en analyse:

Alle monsters worden gedurende vijf jaar na inschrijving bewaard in het Moran-Gilad-laboratorium, Faculteit der Gezondheidswetenschappen, Ben-Gurion Universiteit van de Negev. De verwerking van de monsters zal in batches gebeuren, en niet in realtime, en zal daarom geen realtime gegevens opleveren die van invloed kunnen zijn op klinische beslissingen. De resultaten van de analyse zijn niet beschikbaar voor de behandelend arts. Ten behoeve van bacteriële genomische/metagenomische sequencing zal DNA worden geëxtraheerd uit volbloedmonsters en zal alleen microbieel DNA worden geïdentificeerd en geanalyseerd uit het geëxtraheerde materiaal. In dit onderzoek wordt geen onderzoek gedaan naar menselijk DNA. Bacteriële isolaten gekweekt in standaardculturen zullen worden geanalyseerd voor verdere karakterisatie (bijv. virulentie). Brucella of andere bacteriële isolaten geïdentificeerd via standaardculturen zullen verder worden geanalyseerd met behulp van in-vitro-modellen, waaronder weefselkweek voor de analyse van gastheer-pathogeen-interacties. Immuunrespons in klinische monsters zal worden geanalyseerd op ontstekingssignalen van de gastheer (bijv. genexpressie, meting van eiwitten). Om het diagnostisch vermogen te verbeteren, zullen specifieke PCR-testen voor zoönoses (zoals Brucella, Rickettsia en Q-koorts, of andere indien nodig) worden uitgevoerd op volbloedmonsters, waarbij wordt geprobeerd hun bruikbaarheid en overeenstemming met andere diagnosemethoden te onderzoeken. en vergeleken met serologisch onderzoek dat zal worden uitgevoerd met behulp van serummonsters. Alle monsters worden geanalyseerd volgens het juiste bioveiligheidsniveau en goede laboratoriumpraktijken.

Verzameling van metagegevens en patiënteninformatie Alle patiënten wordt gevraagd een vragenlijst in te vullen over de details van hun huidige ziekte (bijgevoegd in het Hebreeuws en Arabisch), hun leefomstandigheden en blootstelling aan dieren.

Metadata, waaronder demografische gegevens, gezondheidsstatus, inclusief chronische medische aandoeningen, en eerdere ziekenhuisopnames, voorgeschiedenis van zoönoses, zullen worden verzameld uit de medische dossiers. Tijdens de ziekenhuisopname worden de volgende parameters verzameld: vitale functies inclusief tijd tot het verdwijnen van de koorts, laboratoriumtests en beeldvormingsresultaten, en eventuele chirurgische ingrepen of verblijf op de intensive care.

Gedurende het jaar na inschrijving voor het onderzoek zullen er ook gegevens worden verzameld uit de medische dossiers van de patiënt met betrekking tot factoren die verband houden met klinische resultaten, waaronder: terugkerende ziekenhuisopnames, antibioticagebruik, vervolgresultaten van bloedtesten zoals ontstekingsmarkers, bloedtelling, leverenzymen, en volg serologische testen op.

Onderzoeksperiode en -omvang Het doel van dit onderzoek is om vanaf september 2020 in totaal 500 patiënten te includeren, gedurende drie jaar.

Ethische overwegingen en gegevensbeveiliging Alle patiënten die deelnemen aan de studie krijgen een serieel studienummer toegewezen. Alle monsters die tijdens dit onderzoek zijn verzameld, zullen worden gelabeld met het studienummer en er zal geen andere identificerende informatie aanwezig zijn op de verzamelde monsters. Bestanden met metadata en vragenlijsten worden ook gelabeld met het studienummer. Geïnformeerde toestemmingsformulieren met identificerende gegevens worden bewaard in een afgesloten kantoor dat alleen toegankelijk is voor het onderzoeksteam en een coderingsbestand dat identificatiemateriaal matcht met onderzoeksnummers zal worden opgeslagen op een met een wachtwoord beveiligde server op ziekenhuiscomputers. Identificerende gegevens zullen worden gebruikt voor het telefonische vervolggesprek aan het einde van de onderzoeksperiode, en alle verkregen informatie zal vervolgens worden geanonimiseerd en opgeslagen met behulp van de onderzoekscode. Alle gegevens worden opgeslagen met behulp van de REDCap beveiligde webapplicatie.