Enquête sur la fièvre suspectée d'être une zoonose à l'aide de technologies de diagnostic avancées

Cette étude vise à appliquer des technologies de pointe pour l'investigation des maladies fébriles dans la population bédouine, afin d'améliorer le diagnostic de laboratoire en termes de rapidité et de sensibilité et de mieux comprendre la physiopathologie des maladies infectieuses dans la population bédouine, y compris diverses expositions environnementales telles que comme l'exposition des animaux, de l'eau et des déchets et aux antibiotiques, ainsi que les interactions hôte-pathogène associées à la virulence du pathogène, les facteurs associés à la chronicité et à la rechute, et la réponse au traitement.

Protocole d'étude:

Inscription:

1. Après le dépistage, les patients seront approchés et se verront offrir la possibilité de participer à l'étude.
2. Après la signature d'un consentement éclairé, le patient sera interrogé et un questionnaire d'inscription sera rempli.
3. Si le patient est inscrit à l'urgence, des échantillons de sang, de salive et de selles seront prélevés. Dans le cas où le patient présente une éruption cutanée ou une lésion cutanée, un écouvillon d'une lésion ouverte sera obtenu.
4. Si le patient a été inscrit après avoir reçu des antibiotiques, nous essaierons également de localiser les échantillons de sang restants qui ont été prélevés au service des urgences avant de recevoir les antibiotiques.

Suivi:

• Pendant l'hospitalisation :

  • Sept jours après l'hospitalisation ou le jour de la sortie (selon la première éventualité), une tentative sera faite pour obtenir un deuxième ensemble d'échantillons (sang, salive et selles) et des données cliniques seront tirées des dossiers médicaux concernant la résolution des symptômes , traitement antibiotique, complications etc. En cas d'interventions chirurgicales effectuées pendant la période d'hospitalisation à des fins diagnostiques ou thérapeutiques (par ex. biopsie cutanée, biopsie osseuse, arthrocentèse, ponction lombaire), tout matériel restant jugé inutile à des fins cliniques sera utilisé pour analyse.
  • Pendant l'hospitalisation, les patients seront interrogés et un questionnaire WASH (Eau, Assainissement et Hygiène) sera rempli.

• Suivi ambulatoire post-congé :

  • Dans le cas d'une visite de suivi prévue à la clinique des maladies infectieuses (ou toute autre visite prévue dans le service ambulatoire du SUMC), si un prélèvement sanguin est effectué, une tentative sera faite pour obtenir des échantillons de sang total et de sérum à des fins de recherche. Si l'échantillonnage de sang désigné pour l'étude n'est pas possible, le matériel restant sera utilisé à des fins de recherche. Si cela est jugé cliniquement pertinent, un questionnaire de suivi sera rempli.

• Hospitalisations récurrentes au cours de la période d'étude

  o En cas d'admission récurrente au cours de l'année suivant l'inscription, l'hospitalisation sera évaluée par l'équipe de recherche comme "liée" ou "non liée" au diagnostic initial. S'il est considéré comme lié à la maladie étudiée ou à ses complications, une tentative sera faite pour effectuer un autre prélèvement sanguin, et tout matériel restant provenant d'un prélèvement clinique d'autres sites corporels (biopsies, intervention chirurgicale ou drainage) sera utilisé pour l'analyse. Si cela est jugé cliniquement pertinent, un questionnaire de suivi sera rempli. Comme les hospitalisations récurrentes sont analysées dans le cadre de l'étude, elles ne seront pas considérées comme des événements indésirables graves (EIG).

• Six mois après l'inscription :

  o Entretien téléphonique pour établir les résultats cliniques (protocole joint en annexe).

• Fin de la période d'études :

  • Un an après l'inscription, les données concernant l'utilisation d'antibiotiques, les hospitalisations récurrentes et les complications à long terme seront recueillies à partir des dossiers médicaux des patients.

Collecte d'échantillons:

Chaque patient inscrit à cette étude subira le bilan suivant :

Prise de sang :

Des échantillons de sang total et de sérum seront obtenus lors de l'inscription et, si possible, à la sortie et à chaque visite planifiée en clinique externe ambulatoire ou hospitalisation récurrente. Dans le cas où le patient a été inscrit pendant le séjour à l'hôpital en raison d'un résultat de test positif, tous les restes restants d'échantillons cliniques non destinés à la recherche obtenus avant le traitement antibiotique seront potentiellement utilisés à des fins de recherche, tant qu'ils ne sont pas nécessaires à un usage clinique. , et dans les délais habituels de leur stockage dans le laboratoire hospitalier concerné. Le volume sanguin maximal obtenu pour l'analyse à chaque instant sera de 10 ml pour les adultes et de 5 ml pour les enfants.

Autre prélèvement clinique :

Lors de l'inscription, des échantillons de salive et de selles seront obtenus pour une analyse microbiologique, y compris le profilage du microbiome, et tout prélèvement d'éruption cutanée ou de plaie sera également analysé par des méthodes moléculaires et métagénomiques pour le diagnostic de l'agent pathogène coupable.

Traitement et analyse des échantillons :

Tous les échantillons seront conservés au laboratoire Moran-Gilad, Faculté des sciences de la santé, Université Ben Gourion du Néguev, pendant cinq ans après l'inscription. Le traitement des échantillons sera effectué par lots, et non en temps réel. Par conséquent, il ne produira aucune donnée en temps réel susceptible d'affecter les décisions cliniques. Les résultats de l'analyse ne seront pas disponibles pour le médecin traitant. Aux fins du séquençage génomique/métagénomique bactérien, l'ADN sera extrait d'échantillons de sang total, et seul l'ADN microbien sera identifié et analysé à partir du matériel extrait. Aucune recherche sur l'ADN humain ne sera effectuée dans cette étude. Les isolats bactériens cultivés dans des cultures standard seront analysés pour une caractérisation plus poussée (par ex. virulence). Brucella ou d'autres isolats bactériens identifiés par des cultures standard seront analysés plus en détail à l'aide de modèles in vitro, y compris la culture tissulaire pour l'analyse des interactions hôte-pathogène. La réponse immunitaire dans les échantillons cliniques sera analysée pour les signaux inflammatoires de l'hôte (par ex. expression des gènes, mesure des protéines). Dans le but d'améliorer la capacité de diagnostic, des tests PCR spécifiques pour les zoonoses (telles que Brucella, Rickettsia et fièvre Q, ou d'autres selon les besoins) seront effectués sur des échantillons de sang total, en essayant d'examiner leur utilité et leur concordance avec d'autres moyens de diagnostic, et par rapport au bilan sérologique qui sera effectué à partir d'échantillons de sérum. Tous les échantillons seront analysés selon le niveau de biosécurité approprié et les bonnes pratiques de laboratoire.

Collecte de métadonnées et information des patients Tous les patients seront invités à remplir un questionnaire concernant les détails de leur maladie actuelle (joint en hébreu et en arabe), leurs conditions de vie et leur exposition aux animaux.

Les métadonnées, y compris les données démographiques, l'état de santé, y compris les maladies chroniques, et les hospitalisations antérieures, les antécédents de maladies zoonotiques, seront recueillies à partir des dossiers médicaux. Pendant l'hospitalisation, les paramètres suivants seront recueillis : les signes vitaux, y compris le temps jusqu'à la résolution de la fièvre, les résultats des tests de laboratoire et d'imagerie, et toute intervention chirurgicale ou séjour en unité de soins intensifs.

Des données seront également recueillies à partir des dossiers médicaux du patient au cours de l'année suivant l'inscription à l'étude concernant les facteurs associés aux résultats cliniques, notamment : les hospitalisations récurrentes, la consommation d'antibiotiques, les résultats des tests sanguins de suivi tels que les marqueurs inflammatoires, la numération globulaire, les enzymes hépatiques et le suivi jusqu'à des tests sérologiques.

Période et taille de l'étude Cette étude vise à inclure un total de 500 patients, sur trois ans, à partir de septembre 2020.

Considérations éthiques et sécurité des données Tous les patients inscrits à l'étude se verront attribuer un numéro de série de l'étude. Tous les échantillons collectés au cours de cette étude seront étiquetés avec le numéro d'étude, et aucune autre information d'identification ne sera présente sur les échantillons collectés. Les fichiers contenant des métadonnées et des questionnaires seront également étiquetés à l'aide du numéro d'étude. Les formulaires de consentement éclairé contenant des données d'identification seront conservés dans un bureau verrouillé accessible uniquement à l'équipe de l'étude et un fichier de codage correspondant au matériel d'identification avec les numéros d'étude sera enregistré sur un serveur protégé par mot de passe sur les ordinateurs de l'hôpital. Les données d'identification seront utilisées aux fins de l'entretien téléphonique de suivi à la fin de la période d'étude, et toutes les informations obtenues seront ensuite anonymisées et stockées à l'aide du code d'étude. Toutes les données seront stockées à l'aide de l'application Web sécurisée REDCap.