Исследование лихорадки, подозреваемой как зооноз, с использованием передовых диагностических технологий

Это исследование направлено на применение передовых технологий для исследования лихорадочных заболеваний у бедуинского населения, чтобы улучшить лабораторную диагностику с точки зрения скорости и чувствительности, а также улучшить наше понимание патофизиологии инфекционных заболеваний у бедуинского населения, включая различные экологические воздействия, такие как как животные, вода и отходы и воздействие антибиотиков, а также взаимодействия хозяина и патогена, связанные с вирулентностью патогена, факторами, связанными с хроническим течением и рецидивом, и реакцией на лечение.

Протокол исследования:

Регистрация:

1. После скрининга с пациентами свяжутся и предложат возможность принять участие в исследовании.
2. После подписания информированного согласия пациент будет проинтервьюирован и заполнена регистрационная анкета.
3. Если пациент находится в отделении неотложной помощи, будут взяты образцы крови, слюны и кала. В случае, если у пациента есть сыпь или поражение кожи, будет взят мазок из открытого поражения.
4. Если пациент был зарегистрирован после приема антибиотиков, мы также попытаемся найти оставшиеся образцы крови, взятые в отделении неотложной помощи до получения антибиотиков.

Следовать за:

• Во время госпитализации:

  • Через семь дней после госпитализации или в день выписки (в зависимости от того, что наступит раньше) будет предпринята попытка получить второй набор образцов (кровь, слюна и кал), а клинические данные будут взяты из медицинских записей относительно разрешения симптомов. лечение антибиотиками, осложнения и т.д. В случае любых хирургических вмешательств, проведенных в период госпитализации в диагностических или лечебных целях (напр. биопсия кожи, биопсия кости, артроцентез, люмбальная пункция), любой оставшийся материал, который считается ненужным для клинических целей, будет использоваться для анализа.
  • Во время госпитализации пациенты будут опрошены и заполнены анкеты WASH (вода, санитария и гигиена).

• Амбулаторное наблюдение после выписки:

  • В случае планового контрольного визита в инфекционный диспансер (или любого другого планового визита в амбулаторную службу ГУМЦ) при заборе крови будет предпринята попытка получения образцов цельной крови и сыворотки для исследовательских целей. Если забор крови, предназначенный для исследования, невозможен, оставшийся материал будет использован для исследовательских целей. Если будет сочтено клинически значимым, будет заполнена последующая анкета.

• Повторные госпитализации в течение периода исследования

  o В случае повторной госпитализации в течение года после регистрации госпитализация будет оцениваться исследовательской группой как «связанная» или «не связанная» с первоначальным диагнозом. Если будет сочтено, что это связано с изучаемым заболеванием или его осложнениями, будет предпринята попытка провести повторный забор крови, и любой оставшийся материал от клинического забора других участков тела (биопсия, хирургическое вмешательство или дренирование) будет использован для анализа. Если будет сочтено клинически значимым, будет заполнена последующая анкета. Поскольку повторные госпитализации анализируются в рамках исследования, они не будут считаться серьезными нежелательными явлениями (СНЯ).

• Через шесть месяцев после регистрации:

  o Телефонное интервью для установления клинических результатов (протокол прилагается в приложении).

• Конец периода обучения:

  • Через год после регистрации данные об использовании антибиотиков, повторных госпитализациях и долгосрочных осложнениях будут собираться из медицинских карт пациента.

Сбор образцов:

Каждый пациент, включенный в это исследование, пройдет следующее обследование:

Забор крови:

Образцы цельной крови и сыворотки будут браться при поступлении в исследование и, если возможно, при выписке и каждом запланированном амбулаторном амбулаторном посещении или повторной госпитализации. В случае, если пациент был госпитализирован во время пребывания в стационаре из-за положительного результата теста, любые оставшиеся остатки от клинических неисследованных образцов, полученных до лечения антибиотиками, потенциально будут использоваться для исследовательских целей, если они не нужны для клинического применения. , и в течение обычных сроков их хранения в соответствующей лаборатории больницы. Максимальный объем крови, полученный для анализа в каждый момент времени, составит 10 мл для взрослых и 5 мл для детей.

Другие клинические пробы:

При зачислении образцы слюны и стула будут получены для микробиологического анализа, включая профилирование микробиома, а любые образцы сыпи или ран также будут проанализированы молекулярными и метагеномными методами для диагностики возбудителя.

Обработка и анализ проб:

Все образцы будут храниться в лаборатории Морана-Гилада факультета медицинских наук Университета Бен-Гуриона в Негеве в течение пяти лет после зачисления. Обработка образцов будет производиться партиями, а не в режиме реального времени, поэтому не будет производиться никаких данных в режиме реального времени, которые могли бы повлиять на клинические решения. Результаты анализов не будут доступны лечащему врачу. В целях бактериального геномного/метагеномного секвенирования ДНК будет извлечена из образцов цельной крови, а из извлеченного материала будет идентифицирована и проанализирована только микробная ДНК. В рамках этого исследования не будут проводиться исследования ДНК человека. Бактериальные изоляты, выращенные в стандартных культурах, будут проанализированы для дальнейшей характеристики (например, вирулентность). Изоляты бруцелл или других бактерий, идентифицированные с помощью стандартных культур, будут дополнительно проанализированы с использованием моделей in vitro, включая культуру тканей для анализа взаимодействия хозяина и патогена. Иммунный ответ в клинических образцах будет проанализирован на наличие воспалительных сигналов хозяина (например, экспрессия генов, измерение белков). В целях улучшения диагностических возможностей будут проводиться специфические ПЦР-тесты на зоонозы (такие как бруцеллы, риккетсии и Ку-лихорадка или другие, если это необходимо) на образцах цельной крови с целью изучения их полезности и соответствия другим средствам диагностики. и по сравнению с серологическим исследованием, которое будет проводиться с использованием образцов сыворотки. Все образцы будут проанализированы в соответствии с надлежащим уровнем биобезопасности и передовой лабораторной практикой.

Сбор метаданных и информация о пациентах Всем пациентам будет предложено заполнить анкету, касающуюся подробностей их текущего заболевания (прилагается на иврите и арабском языке), а также условий их жизни и контакта с животными.

Метаданные, включая демографические данные, состояние здоровья, в том числе хронические заболевания и предшествующие госпитализации, предыдущую историю зоонозных заболеваний, будут собираться из медицинских карт. Во время госпитализации будут собираться следующие параметры: жизненные показатели, включая время до исчезновения лихорадки, результаты лабораторных анализов и визуализации, а также любые хирургические процедуры или пребывание в отделении интенсивной терапии.

Данные также будут собираться из медицинских карт пациента в течение года после включения в исследование в отношении факторов, связанных с клиническими исходами, включая: повторные госпитализации, потребление антибиотиков, результаты последующих анализов крови, такие как маркеры воспаления, анализ крови, ферменты печени и последующие серологическое тестирование.

Период и объем исследования. Это исследование направлено на то, чтобы включить в общей сложности 500 пациентов в течение трех лет, начиная с сентября 2020 года.

Этические соображения и безопасность данных Всем пациентам, включенным в исследование, будет присвоен серийный номер исследования. Все образцы, собранные во время этого исследования, будут помечены номером исследования, и никакая другая идентифицирующая информация не будет присутствовать на собранных образцах. Файлы, содержащие метаданные и анкеты, также будут помечены номером исследования. Формы информированного согласия, содержащие идентифицирующие данные, будут храниться в запертом офисе, доступ к которому будет иметь только исследовательская группа, а файл кодирования, соответствующий идентифицирующему материалу с номерами исследования, будет сохранен на защищенном паролем сервере на компьютерах больницы. Идентифицирующие данные будут использоваться для последующего телефонного интервью в конце периода исследования, после чего вся полученная информация будет деидентифицирована и сохранена с использованием кода исследования. Все данные будут храниться с использованием защищенного веб-приложения REDCap.