Indagine sulla febbre sospettata come zoonosi utilizzando tecnologie diagnostiche avanzate

Questo studio mira ad applicare tecnologie avanzate per l'indagine della malattia febbrile nella popolazione beduina, al fine di migliorare la diagnosi di laboratorio in termini di rapidità e sensibilità e per migliorare la nostra comprensione della fisiopatologia delle malattie infettive nella popolazione beduina, comprese varie esposizioni ambientali come come animali, acqua e rifiuti e esposizione agli antibiotici, nonché interazioni ospite-patogeno associate alla virulenza del patogeno, fattori associati a cronicità e recidiva e risposta al trattamento.

Protocollo di studio:

Iscrizione:

1. Dopo lo screening, i pazienti verranno avvicinati e verrà loro offerta l'opportunità di partecipare allo studio.
2. Dopo aver firmato un consenso informato, il paziente verrà intervistato e verrà compilato un questionario di iscrizione.
3. Se il paziente è arruolato nell'ED, verranno raccolti campioni di sangue, saliva e feci. Nel caso in cui il paziente presenti un'eruzione cutanea o una lesione cutanea, verrà prelevato un tampone da una lesione aperta.
4. Se il paziente è stato arruolato dopo aver ricevuto antibiotici, tenteremo anche di individuare i campioni di sangue rimanenti che sono stati prelevati nel pronto soccorso prima di ricevere antibiotici.

Seguito:

• Durante il ricovero:

  • Sette giorni dopo il ricovero o il giorno della dimissione (a seconda di quale evento si verifichi per primo), si cercherà di ottenere un secondo set di campioni (sangue, saliva e feci) e verranno estratti i dati clinici dalle cartelle cliniche riguardanti la risoluzione dei sintomi , trattamento antibiotico, complicanze ecc. In caso di eventuali interventi chirurgici eseguiti durante il periodo di ricovero per scopi diagnostici o terapeutici (es. biopsia cutanea, biopsia ossea, artrocentesi, puntura lombare), eventuale materiale residuo ritenuto non necessario ai fini clinici verrà utilizzato per l'analisi.
  • Durante il ricovero, i pazienti saranno intervistati e sarà compilato un questionario WASH (Acqua, Sanità e Igiene).

• Follow-up ambulatoriale post-dimissione:

  • Nel caso di una visita di follow-up programmata nella clinica per malattie infettive (o qualsiasi altra visita programmata nel servizio ambulatoriale del SUMC), se viene eseguito il prelievo di sangue, si tenterà di ottenere campioni di sangue intero e siero per scopi di ricerca. Se il prelievo di sangue designato dallo studio non è fattibile, il materiale rimanente verrà utilizzato per scopi di ricerca. Se ritenuto clinicamente rilevante, verrà compilato un questionario di follow-up.

• Ricoveri ricorrenti durante il periodo di studio

  o In caso di ricovero ricorrente nell'anno successivo all'arruolamento, il ricovero sarà valutato dal gruppo di ricerca come “correlato” o “non correlato” alla diagnosi originaria. Se ritenuto correlato alla malattia studiata o alle sue complicanze, si tenterà di eseguire un altro prelievo di sangue e qualsiasi materiale residuo dal campionamento clinico di altri siti corporei (biopsie, intervento chirurgico o drenaggio) verrà utilizzato per l'analisi. Se ritenuto clinicamente rilevante, verrà compilato un questionario di follow-up. Poiché i ricoveri ricorrenti vengono analizzati come parte dello studio, non saranno considerati eventi avversi gravi (SAE).

• Sei mesi dopo l'iscrizione:

  o Intervista telefonica per stabilire gli esiti clinici (protocollo allegato in appendice).

• Fine del periodo di studio:

  • Un anno dopo l'arruolamento, i dati riguardanti l'uso di antibiotici, i ricoveri ricorrenti e le complicanze a lungo termine saranno raccolti dalla cartella clinica del paziente.

Raccolta campioni:

Ogni paziente arruolato in questo studio sarà sottoposto al seguente workup:

Prelievo di sangue:

I campioni di sangue intero e siero saranno ottenuti al momento dell'arruolamento e, se possibile, alla dimissione e ad ogni visita ambulatoriale ambulatoriale pianificata o ricovero ricorrente. Nel caso in cui il paziente sia stato arruolato durante la degenza ospedaliera a causa di un risultato positivo del test, eventuali resti di campioni clinici non di ricerca ottenuti prima del trattamento antibiotico, saranno potenzialmente utilizzati per scopi di ricerca, purché non siano necessari per uso clinico , ed entro il consueto lasso di tempo della loro conservazione nel relativo laboratorio ospedaliero. Il volume massimo di sangue ottenuto per l'analisi in ciascun punto temporale sarà di 10 ml per gli adulti e di 5 ml per i bambini.

Altri campionamenti clinici:

Al momento dell'arruolamento, verranno ottenuti campioni di saliva e feci per l'analisi microbiologica, inclusa la profilazione del microbioma, e qualsiasi campionamento di rash o ferita sarà analizzato anche con metodi molecolari e metagenomici per la diagnosi dell'agente patogeno colpevole.

Elaborazione e analisi del campione:

Tutti i campioni saranno conservati presso il laboratorio Moran-Gilad, Facoltà di Scienze della Salute, Università Ben-Gurion del Negev, per cinque anni dopo l'arruolamento. L'elaborazione dei campioni verrà effettuata in batch e non in tempo reale, pertanto non produrrà alcun dato in tempo reale che possa influenzare le decisioni cliniche. I risultati dell'analisi non saranno disponibili per il medico curante. Ai fini del sequenziamento genomico/metagenomico batterico, il DNA sarà estratto da campioni di sangue intero e solo il DNA microbico sarà identificato e analizzato dal materiale estratto. In questo studio non verrà eseguita alcuna ricerca sul DNA umano. Gli isolati batterici cresciuti in colture standard saranno analizzati per un'ulteriore caratterizzazione (ad es. virulenza). Brucella o altri isolati batterici identificati attraverso colture standard saranno ulteriormente analizzati utilizzando modelli in vitro, inclusa la coltura tissutale per l'analisi delle interazioni ospite-patogeno. La risposta immunitaria nei campioni clinici sarà analizzata per i segnali infiammatori dell'ospite (ad es. espressione genica, misurazione delle proteine). Allo scopo di migliorare la capacità diagnostica, verranno eseguiti test PCR specifici per le zoonosi (come Brucella, Rickettsia e febbre Q, o altri se necessario) su campioni di sangue intero, tentando di esaminarne l'utilità e la concordanza con altri mezzi di diagnosi, e rispetto al workup sierologico che verrà eseguito utilizzando campioni di siero. Tutti i campioni saranno analizzati secondo il corretto livello di biosicurezza e le buone pratiche di laboratorio.

Raccolta di metadati e informazioni sui pazienti A tutti i pazienti verrà chiesto di compilare un questionario riguardante i dettagli della loro malattia attuale (allegato in ebraico e arabo), le loro condizioni di vita e l'esposizione agli animali.

I metadati inclusi i dati demografici, lo stato di salute, comprese le malattie mediche croniche e i ricoveri precedenti, la storia passata delle malattie zoonotiche, saranno raccolti dalle cartelle cliniche. Durante il ricovero verranno raccolti i seguenti parametri: segni vitali compreso il tempo fino alla risoluzione della febbre, test di laboratorio e risultati di imaging e qualsiasi procedura chirurgica o degenza in unità di terapia intensiva.

I dati saranno raccolti anche dalle cartelle cliniche del paziente durante l'anno successivo all'arruolamento allo studio per quanto riguarda i fattori associati agli esiti clinici, tra cui: ricoveri ricorrenti, consumo di antibiotici, risultati degli esami del sangue di follow-up come marcatori infiammatori, emocromo, enzimi epatici e follow-up up test sierologici.

Periodo e dimensioni dello studio Questo studio mira a includere un totale di 500 pazienti, in tre anni, a partire da settembre 2020.

Considerazioni etiche e sicurezza dei dati A tutti i pazienti arruolati nello studio verrà assegnato un numero di serie dello studio. Tutti i campioni raccolti durante questo studio saranno etichettati con il numero dello studio e nessun'altra informazione identificativa sarà presente sui campioni raccolti. Anche i file contenenti metadati e questionari saranno etichettati utilizzando il numero dello studio. I moduli di consenso informato contenenti i dati identificativi saranno conservati in un ufficio chiuso a cui accede solo il team dello studio e un file di codifica che corrisponde al materiale identificativo con i numeri dello studio verrà salvato su un server protetto da password sui computer dell'ospedale. I dati identificativi verranno utilizzati ai fini dell'intervista telefonica di follow-up alla fine del periodo di studio e tutte le informazioni ottenute verranno quindi anonimizzate e archiviate utilizzando il codice di studio. Tutti i dati verranno archiviati utilizzando l'applicazione Web protetta REDCap.