Genomisk analyse af peritoneal mesotheliom af CGH-arrays
Studieoversigt
Status
Status
Betingelser
Betingelser
Intervention / Behandling
Intervention / Behandling
Undersøgelsestype
Undersøgelsestype
Tilmelding (Faktiske)
Tilmelding
Deltagelseskriterier
Berettigelseskriterier
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
Tager imod sunde frivillige
Køn, der er berettiget til at studere
Prøveudtagningsmetode
Studiebefolkning
Beskrivelse
Inklusionskriterier:
- kirurgisk biopsi af den peritoneale tumor med frosne prøver
- alder > 18 år
Ekskluderingskriterier:
- fravær af peritoneal mesotheliom
- fravær af frosne prøver
Studieplan
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
- Observationsmodeller: Kohorte
- Tidsperspektiver: Tilbagevirkende kraft
Antal grupper/kohorter
Kohorter og interventioner
Gruppe / kohorteGruppe / kohorte |
Intervention / BehandlingIntervention / Behandling |
|---|---|
|
Peritoneal mesotheliom prøver
Gruppen huser kun patienter, der fik diagnosen peritoneal mesotheliom efter operationen. Alle patienter er inkluderet i denne gruppe. CGH-arrays vil blive realiseret på frosne prøver (til den sammenlignende genomiske analyse). |
DNA- og RNA-ekstraktion vil blive udført på Lyon Universitetshospital (genomisk platform) ved hjælp af kommercielt tilgængeligt kit.
Procentdelen af tumorceller vil blive kontrolleret af farvet snit før ekstraktion.
CGH-arrays vil blive realiseret på frosne prøver i Lille (genomisk platform).
Pangenomic Agilent array vil blive brugt.
Micro-array inkluderer 180.000 sonder.
Analyse vil blive udført i Lille (genomisk platform / afdeling for BioInformatik) med Marie Brevet.
Data vil blive behandlet fra de log2 transformerede data til normalisering med WACA-metoden.
Derefter vil kopinummervariation blive identificeret med Circular Binary Segmentation.
Variationer af kopiantal vil blive kaldt for forstærkning eller deletion i henhold til log2-ratiofordelingen og procentdelen af tumorceller.
Brug af matchet tumoralt og normalt DNA vil eliminere kopinummerpolymorfismer.
Vi vil konstruere ikke-overvågede hierarkiske analyser for at studere klassifikationen af peritoneal mesotheliom baseret på kopiantal variation
|
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
BAP1 mutationer
Tidsramme: Dag 0
|
CGH Array
|
Dag 0
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Sponsor
Sponsor
Datoer for undersøgelser
Studer store datoer
Studiestart
Studiestart
Primær færdiggørelse (Faktiske)
Primær færdiggørelse
Studieafslutning (Faktiske)
Studieafslutning
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
Først indsendt
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
Først opslået (Skøn)
Først opslået
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (Skøn)
Sidste opdatering sendt
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
Sidst verificeret
Sidst verificeret
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Nøgleord
Yderligere relevante MeSH-vilkår
Andre undersøgelses-id-numre
Andre undersøgelses-id-numre
- D50828
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .