Genomanalyse des Peritonealmesothelioms durch CGH-Arrays
Studienübersicht
Status
Status
Bedingungen
Bedingungen
Intervention / Behandlung
Intervention / Behandlung
Studientyp
Studientyp
Einschreibung (Tatsächlich)
Einschreibung
Teilnahmekriterien
Zulassungskriterien
Zulassungskriterien
Studienberechtigtes Alter
Akzeptiert gesunde Freiwillige
Studienberechtigte Geschlechter
Probenahmeverfahren
Studienpopulation
Beschreibung
Einschlusskriterien:
- chirurgische Biopsie des Peritonealtumors mit gefrorenen Proben
- Alter > 18 Jahre alt
Ausschlusskriterien:
- Fehlen eines Peritonealmesothelioms
- Fehlen von gefrorenen Proben
Studienplan
Wie ist die Studie aufgebaut?
Designdetails
- Beobachtungsmodelle: Kohorte
- Zeitperspektiven: Retrospektive
Anzahl der Gruppen / Kohorten
Kohorten und Interventionen
Gruppe / KohorteGruppe / Kohorte |
Intervention / BehandlungIntervention / Behandlung |
|---|---|
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Peritoneal-Mesotheliom-Proben
Die Gruppe beherbergt nur Patienten, bei denen nach der Operation die Diagnose eines Peritonealmesothelioms gestellt wurde. Alle Patienten sind in dieser Gruppe enthalten. Die CGH-Arrays werden an gefrorenen Proben (für die vergleichende Genomanalyse) realisiert. |
Die DNA- und RNA-Extraktion wird im Universitätskrankenhaus Lyon (genomische Plattform) unter Verwendung eines im Handel erhältlichen Kits durchgeführt.
Der Prozentsatz der Tumorzellen wird vor der Extraktion durch gefärbte Schnitte kontrolliert.
Die CGH-Arrays werden an gefrorenen Proben in Lille (genomische Plattform) realisiert.
Es wird ein pangenomisches Agilent-Array verwendet.
Micro-Array umfasst 180000 Sonden.
Die Analyse wird in Lille (genomische Plattform / Abteilung für Bioinformatik) mit Marie Brevet durchgeführt.
Daten werden von den log2-transformierten Daten in Normalisierung mit der WACA-Methode verarbeitet.
Dann wird die Kopienzahlvariation mit Circular Binary Segmentation identifiziert.
Variationen der Kopienzahl werden entsprechend der Verteilung des log2-Verhältnisses und dem Prozentsatz an Tumorzellen als Gewinn oder Deletion bezeichnet.
Durch die Verwendung von übereinstimmender tumoraler und normaler DNA werden Kopienzahl-Polymorphismen eliminiert.
Wir werden nicht überwachte hierarchische Analysen erstellen, um die Klassifikation des Peritonealmesothelioms basierend auf der Variation der Kopienzahl zu untersuchen
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Was misst die Studie?
Primäre Ergebnismessungen
Primäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
|---|---|---|
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BAP1-Mutationen
Zeitfenster: Tag 0
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CGH-Array
|
Tag 0
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Mitarbeiter und Ermittler
Sponsor
Sponsor
Studienaufzeichnungsdaten
Haupttermine studieren
Studienbeginn
Studienbeginn
Primärer Abschluss (Tatsächlich)
Primärer Abschluss
Studienabschluss (Tatsächlich)
Studienabschluss
Studienanmeldedaten
Zuerst eingereicht
Zuerst eingereicht
Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat
Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat
Zuerst gepostet (Schätzen)
Zuerst gepostet
Studienaufzeichnungsaktualisierungen
Letztes Update gepostet (Schätzen)
Letztes Update gepostet
Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt
Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt
Zuletzt verifiziert
Zuletzt verifiziert
Mehr Informationen
Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie
Schlüsselwörter
Zusätzliche relevante MeSH-Bedingungen
Andere Studien-ID-Nummern
Andere Studien-ID-Nummern
- D50828
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