Udvikling af en schweizisk overvågningsdatabase for molekylær epidemiologi af hypervirulente og multilægemiddelresistente patogener
Studieoversigt
Status
Status
Betingelser
Betingelser
Intervention / Behandling
Intervention / Behandling
Detaljeret beskrivelse
Undersøgelsestype
Undersøgelsestype
Tilmelding (Anslået)
Tilmelding
Kontakter og lokationer
Studiekontakt
Studiekontakt
- Navn: Aitana Lebrand, Dr.
- E-mail: Aitana.Lebrand@sib.swiss
Undersøgelse Kontakt Backup
- Navn: Hans Hirsch, Prof. Dr.
- Telefonnummer: +41 61 32 86697
- E-mail: hans.hirsch@unibas.ch
Studiesteder
-
-
-
Basel, Schweiz, 4031
- Rekruttering
- University Hospital Basel
-
Kontakt:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
- Telefonnummer: +41 61 32 86697
- E-mail: hans.hirsch@unibas.ch
-
Ledende efterforsker:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
-
Bern, Schweiz, 3012
- Rekruttering
- University of Bern
-
Kontakt:
- Vincent Perreten, Prof.
-
Kontakt:
- Stephen Leib, Prof.
-
Ledende efterforsker:
- Vincent Perreten, Prof.
-
Ledende efterforsker:
- Stephen Leib, Prof.
-
Geneva, Schweiz, 1205
- Rekruttering
- University Hospital Geneva
-
Kontakt:
- Jacques Schrenzel, Prof.
-
Kontakt:
- Laurent Kaiser, Prof.
-
Ledende efterforsker:
- Laurent Kaiser, Prof.
-
Ledende efterforsker:
- Jacques Schrenzel, Prof.
-
Ledende efterforsker:
- Aitana Lebrand, Dr.
-
Lausanne, Schweiz, 1011
- Rekruttering
- University Hospital Lausanne CHUV
-
Kontakt:
- Gilbert Greub, Prof.
-
Kontakt:
- Dominique Blanc, PD Dr.
-
Ledende efterforsker:
- Gilbert Greub, Prof.
-
Ledende efterforsker:
- Dominique Blanc, PD Dr.
-
Zurich, Schweiz, 8057
- Rekruttering
- University of Zurich
-
Kontakt:
- Michael Huber, Dr.
-
Kontakt:
- Roger Stephan, Prof.
-
Ledende efterforsker:
- Michael Huber, Dr.
-
Ledende efterforsker:
- Roger Stephan, Prof.
-
Ledende efterforsker:
- Adrian Egli, Prof.
-
-
Deltagelseskriterier
Berettigelseskriterier
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
- Barn
- Voksen
- Ældre voksen
Tager imod sunde frivillige
Prøveudtagningsmetode
Studiebefolkning
Beskrivelse
Inklusionskriterier:
- Alle patienter med enten kolonisationer eller infektioner med enten et bakterielt eller et viralt patogen, hvor hele genomsekvenseringsdata og tilgængelige minimale epidemiologiske, demografiske og kliniske data
- Patogener inkluderet i analysen er: Multiresistente bakterier omfatter: methicillin-resistente Staphylococcus aureus (MRSA), Carbapenemase- og/eller udvidede spektrum betalactamase (ESBL)-producerende Enterobacteriaceae og ikke-fermenterende bakterier, herunder Pseudomonas aeruginosa og Acinocmanniyantob res. , og andre; virulente bakterier inkluderer: Neisseria meningitidis, Neisseria gonorrhoeae, Mycobacterium tuberculosis, Campylobacter spp., Salmonella spp., Legionella pneumophila, Listeria monocytogenes og Streptococcus pneumoniae og andre; Vira omfatter: Influenzavirus, Mæslingevirus, Enterovirus E68, Respiratory Syncytial Virus og andre.
Ekskluderingskriterier:
- Afvis at underskrive et generelt samtykke eller enhver anden afvisende erklæring mod brug af data til forskningsformål.
Studieplan
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
Antal grupper/kohorter
Kohorter og interventioner
Gruppe / kohorteGruppe / kohorte |
Intervention / BehandlingIntervention / Behandling |
|---|---|
|
Patienter med kolonisering eller infektioner med et patogen
Alle patienter med enten kolonisationer eller infektioner med enten et bakterielt eller et viralt patogen, hvor hele genomsekvenseringsdata og tilgængelige minimale epidemiologiske, demografiske og kliniske data
|
genom samling; forudsigelse af sekvenstype (MLST); kernegenom MLST træ til hurtigt at sammenligne stammer inden for et projekt; kernegenom single nucleotide polymorphism (SNP) træ for at sammenligne alle Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) stammer, der tilhører en samme art; hele genomet SNP-træ for at sammenligne alle SPSP-stammer inden for den samme art og ST;; forudsigelse af resistens- og virulensfaktorer inden for patogen-indsendte genomer; tidstræer og beregning af transmissionshastigheder, herunder grundlæggende gengivelsesnummer; analyse af klassiske epidemiologiske data med avancerede statistiske metoder, herunder maskinlæring.
|
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Identifikation af transmissionsklynger baseret på genetisk lighed.
Tidsramme: Engangsidentifikation ved baseline
|
Identifikation af transmissionsklynger baseret på genetisk lighed.
Med fokus på helgenomsekventering.
|
Engangsidentifikation ved baseline
|
Sekundære resultatmål
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Påvisning af genotypisk resistens
Tidsramme: Engangsidentifikation ved baseline
|
Påvisning af genotypisk resistens (in vitro antibiotisk følsomhedstest (AST) baseret på måling af minimum hæmmende koncentration (MIC) eller zonediameter (ZD))
|
Engangsidentifikation ved baseline
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Sponsor
Sponsor
Samarbejdspartnere
Samarbejdspartnere
Efterforskere
Efterforskere
- Ledende efterforsker: Hans Hirsch, Prof. Dr., Biozentrum, University of Basel
Publikationer og nyttige links
Generelle publikationer
- Cassini A, Hogberg LD, Plachouras D, Quattrocchi A, Hoxha A, Simonsen GS, Colomb-Cotinat M, Kretzschmar ME, Devleesschauwer B, Cecchini M, Ouakrim DA, Oliveira TC, Struelens MJ, Suetens C, Monnet DL; Burden of AMR Collaborative Group. Attributable deaths and disability-adjusted life-years caused by infections with antibiotic-resistant bacteria in the EU and the European Economic Area in 2015: a population-level modelling analysis. Lancet Infect Dis. 2019 Jan;19(1):56-66. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30605-4. Epub 2018 Nov 5.
- Daxboeck F, Budic T, Assadian O, Reich M, Koller W. Economic burden associated with multi-resistant Gram-negative organisms compared with that for methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a university teaching hospital. J Hosp Infect. 2006 Feb;62(2):214-8. doi: 10.1016/j.jhin.2005.07.009. Epub 2005 Oct 27.
- Egli A, Blanc DS, Greub G, Keller PM, Lazarevic V, Lebrand A, Leib S, Neher RA, Perreten V, Ramette A, Schrenzel J, Stephan R, Wagner K, Wuethrich D, Xenarios I. Improving the quality and workflow of bacterial genome sequencing and analysis: paving the way for a Switzerland-wide molecular epidemiological surveillance platform. Swiss Med Wkly. 2018 Dec 15;148:w14693. doi: 10.4414/smw.2018.14693. eCollection 2018 Dec 3.
- Ford L, Carter GP, Wang Q, Seemann T, Sintchenko V, Glass K, Williamson DA, Howard P, Valcanis M, Castillo CFS, Sait M, Howden BP, Kirk MD. Incorporating Whole-Genome Sequencing into Public Health Surveillance: Lessons from Prospective Sequencing of Salmonella Typhimurium in Australia. Foodborne Pathog Dis. 2018 Mar;15(3):161-167. doi: 10.1089/fpd.2017.2352. Epub 2018 Jan 16.
- Meinel DM, Kuehl R, Zbinden R, Boskova V, Garzoni C, Fadini D, Dolina M, Blumel B, Weibel T, Tschudin-Sutter S, Widmer AF, Bielicki JA, Dierig A, Heininger U, Konrad R, Berger A, Hinic V, Goldenberger D, Blaich A, Stadler T, Battegay M, Sing A, Egli A. Outbreak investigation for toxigenic Corynebacterium diphtheriae wound infections in refugees from Northeast Africa and Syria in Switzerland and Germany by whole genome sequencing. Clin Microbiol Infect. 2016 Dec;22(12):1003.e1-1003.e8. doi: 10.1016/j.cmi.2016.08.010. Epub 2016 Aug 30.
- Phodha T, Riewpaiboon A, Malathum K, Coyte PC. Excess annual economic burdens from nosocomial infections caused by multi-drug resistant bacteria in Thailand. Expert Rev Pharmacoecon Outcomes Res. 2019 Jun;19(3):305-312. doi: 10.1080/14737167.2019.1537123. Epub 2018 Oct 19.
- Seth-Smith HMB, Casanova C, Sommerstein R, Meinel DM, Abdelbary MMH, Blanc DS, Droz S, Fuhrer U, Lienhard R, Lang C, Dubuis O, Schlegel M, Widmer A, Keller PM, Marschall J, Egli A. Phenotypic and Genomic Analyses of Burkholderia stabilis Clinical Contamination, Switzerland. Emerg Infect Dis. 2019 Jun;25(6):1084-1092. doi: 10.3201/eid2506.172119.
- Sommerstein R, Fuhrer U, Lo Priore E, Casanova C, Meinel DM, Seth-Smith HM, Kronenberg A; Anresis; Koch D, Senn L, Widmer AF, Egli A, Marschall J; Swissnoso. Burkholderia stabilis outbreak associated with contaminated commercially-available washing gloves, Switzerland, May 2015 to August 2016. Euro Surveill. 2017 Dec;22(49):17-00213. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.49.17-00213.
- Stucki D, Ballif M, Egger M, Furrer H, Altpeter E, Battegay M, Droz S, Bruderer T, Coscolla M, Borrell S, Zurcher K, Janssens JP, Calmy A, Mazza Stalder J, Jaton K, Rieder HL, Pfyffer GE, Siegrist HH, Hoffmann M, Fehr J, Dolina M, Frei R, Schrenzel J, Bottger EC, Gagneux S, Fenner L. Standard Genotyping Overestimates Transmission of Mycobacterium tuberculosis among Immigrants in a Low-Incidence Country. J Clin Microbiol. 2016 Jul;54(7):1862-1870. doi: 10.1128/JCM.00126-16. Epub 2016 May 18.
- Ward DV, Hoss AG, Kolde R, van Aggelen HC, Loving J, Smith SA, Mack DA, Kathirvel R, Halperin JA, Buell DJ, Wong BE, Ashworth JL, Fortunato-Habib MM, Xu L, Barton BA, Lazar P, Carmona JJ, Mathew J, Salgo IS, Gross BD, Ellison RT. Integration of genomic and clinical data augments surveillance of healthcare-acquired infections. Infect Control Hosp Epidemiol. 2019 Jun;40(6):649-655. doi: 10.1017/ice.2019.75. Epub 2019 Apr 23.
- Wuthrich D, Gautsch S, Spieler-Denz R, Dubuis O, Gaia V, Moran-Gilad J, Hinic V, Seth-Smith HM, Nickel CH, Tschudin-Sutter S, Bassetti S, Haenggi M, Brodmann P, Fuchs S, Egli A. Air-conditioner cooling towers as complex reservoirs and continuous source of Legionella pneumophila infection evidenced by a genomic analysis study in 2017, Switzerland. Euro Surveill. 2019 Jan;24(4):1800192. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2019.24.4.1800192.
- Walker TM, Merker M, Knoblauch AM, Helbling P, Schoch OD, van der Werf MJ, Kranzer K, Fiebig L, Kroger S, Haas W, Hoffmann H, Indra A, Egli A, Cirillo DM, Robert J, Rogers TR, Groenheit R, Mengshoel AT, Mathys V, Haanpera M, Soolingen DV, Niemann S, Bottger EC, Keller PM; MDR-TB Cluster Consortium. A cluster of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis among patients arriving in Europe from the Horn of Africa: a molecular epidemiological study. Lancet Infect Dis. 2018 Apr;18(4):431-440. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30004-5. Epub 2018 Jan 8.
- Wassilew N, Seth-Smith HM, Rolli E, Fietze Y, Casanova C, Fuhrer U, Egli A, Marschall J, Buetti N. Outbreak of vancomycin-resistant Enterococcus faecium clone ST796, Switzerland, December 2017 to April 2018. Euro Surveill. 2018 Jul;23(29):1800351. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2018.23.29.1800351.
Datoer for undersøgelser
Studer store datoer
Studiestart (Faktiske)
Studiestart
Primær færdiggørelse (Anslået)
Primær færdiggørelse
Studieafslutning (Anslået)
Studieafslutning
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
Først indsendt
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
Først opslået (Faktiske)
Først opslået
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (Faktiske)
Sidste opdatering sendt
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
Sidst verificeret
Sidst verificeret
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Andre undersøgelses-id-numre
Andre undersøgelses-id-numre
- 2019-01291; qu19Egli5
Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter
Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt
Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .