Sviluppo di una banca dati svizzera di sorveglianza per l'epidemiologia molecolare degli agenti patogeni ipervirulenti e multifarmacoresistenti
Panoramica dello studio
Stato
Stato
Condizioni
Condizioni
Intervento / Trattamento
Intervento / Trattamento
Descrizione dettagliata
Tipo di studio
Tipo di studio
Iscrizione (Stimato)
Iscrizione
Contatti e Sedi
Contatto studio
Contatto studio
- Nome: Aitana Lebrand, Dr.
- Email: Aitana.Lebrand@sib.swiss
Backup dei contatti dello studio
- Nome: Hans Hirsch, Prof. Dr.
- Numero di telefono: +41 61 32 86697
- Email: hans.hirsch@unibas.ch
Luoghi di studio
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Basel, Svizzera, 4031
- Reclutamento
- University Hospital Basel
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Contatto:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
- Numero di telefono: +41 61 32 86697
- Email: hans.hirsch@unibas.ch
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Investigatore principale:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
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Bern, Svizzera, 3012
- Reclutamento
- University of Bern
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Contatto:
- Vincent Perreten, Prof.
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Contatto:
- Stephen Leib, Prof.
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Investigatore principale:
- Vincent Perreten, Prof.
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Investigatore principale:
- Stephen Leib, Prof.
-
Geneva, Svizzera, 1205
- Reclutamento
- University Hospital Geneva
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Contatto:
- Jacques Schrenzel, Prof.
-
Contatto:
- Laurent Kaiser, Prof.
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Investigatore principale:
- Laurent Kaiser, Prof.
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Investigatore principale:
- Jacques Schrenzel, Prof.
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Investigatore principale:
- Aitana Lebrand, Dr.
-
Lausanne, Svizzera, 1011
- Reclutamento
- University Hospital Lausanne CHUV
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Contatto:
- Gilbert Greub, Prof.
-
Contatto:
- Dominique Blanc, PD Dr.
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Investigatore principale:
- Gilbert Greub, Prof.
-
Investigatore principale:
- Dominique Blanc, PD Dr.
-
Zurich, Svizzera, 8057
- Reclutamento
- University of Zurich
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Contatto:
- Michael Huber, Dr.
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Contatto:
- Roger Stephan, Prof.
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Investigatore principale:
- Michael Huber, Dr.
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Investigatore principale:
- Roger Stephan, Prof.
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Investigatore principale:
- Adrian Egli, Prof.
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Criteri di partecipazione
Criteri di ammissibilità
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
- Bambino
- Adulto
- Adulto più anziano
Accetta volontari sani
Metodo di campionamento
Popolazione di studio
Descrizione
Criterio di inclusione:
- Tutti i pazienti con colonizzazioni o infezioni da un agente patogeno batterico o virale, dove sono disponibili dati sul sequenziamento dell'intero genoma e dati epidemiologici, demografici e clinici minimi
- Gli agenti patogeni inclusi nell'analisi sono: I batteri multiresistenti includono: Staphylococcus aureus resistente alla meticillina (MRSA), Enterobacteriaceae produttori di carbapenemasi e/o betalattamasi a spettro esteso (ESBL) e batteri non fermentanti tra cui Pseudomonas aeruginosa e Acinetobacter baumannii, Enterococcus faecium resistente alla vancomicina , e altri; batteri virulenti includono: Neisseria meningitidis, Neisseria gonorrhoeae, Mycobacterium tuberculosis, Campylobacter spp., Salmonella spp., Legionella pneumophila, Listeria monocytogenes e Streptococcus pneumoniae e altri; I virus includono: virus dell'influenza, virus del morbillo, enterovirus E68, virus respiratorio sinciziale e altri.
Criteri di esclusione:
- Rifiutare di firmare un consenso generale o qualsiasi altra dichiarazione di rifiuto contro l'utilizzo dei dati per scopi di ricerca.
Piano di studio
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
Numero di gruppi/coorti
Coorti e interventi
Gruppo / CoorteGruppo / Coorte |
Intervento / TrattamentoIntervento / Trattamento |
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Pazienti con colonizzazione o infezioni da un agente patogeno
Tutti i pazienti con colonizzazioni o infezioni da un agente patogeno batterico o virale, dove sono disponibili dati sul sequenziamento dell'intero genoma e dati epidemiologici, demografici e clinici minimi
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assemblaggio del genoma; previsione del tipo di sequenza (MLST); core genoma MLST tree per confrontare rapidamente i ceppi all'interno di un progetto; core genome single nucleotide polymorphism (SNP) tree per confrontare tutti i ceppi della Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) appartenenti alla stessa specie; intero genoma albero SNP per confrontare tutti i ceppi SPSP all'interno della stessa specie e ST;; predizione di fattori di resistenza e virulenza all'interno di genomi sottoposti a patogeni; alberi temporali e calcolo delle velocità di trasmissione, compreso il numero di riproduzione di base; analisi di dati epidemiologici classici con metodi statistici avanzati incluso il machine learning.
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Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
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Identificazione di cluster di trasmissione basata sulla somiglianza genetica.
Lasso di tempo: Identificazione una tantum al basale
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Identificazione di cluster di trasmissione basata sulla somiglianza genetica.
Con particolare attenzione al sequenziamento dell'intero genoma.
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Identificazione una tantum al basale
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Misure di risultato secondarie
Misure di risultato secondarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
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Rilevazione della resistenza genotipica
Lasso di tempo: Identificazione una tantum al basale
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Rilevazione della resistenza genotipica (test di sensibilità agli antibiotici in vitro (AST) basato sulla misurazione della concentrazione minima inibente (MIC) o del diametro della zona (ZD))
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Identificazione una tantum al basale
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Collaboratori e investigatori
Sponsor
Sponsor
Collaboratori
Collaboratori
Investigatori
Investigatori
- Investigatore principale: Hans Hirsch, Prof. Dr., Biozentrum, University of Basel
Pubblicazioni e link utili
Pubblicazioni generali
- Cassini A, Hogberg LD, Plachouras D, Quattrocchi A, Hoxha A, Simonsen GS, Colomb-Cotinat M, Kretzschmar ME, Devleesschauwer B, Cecchini M, Ouakrim DA, Oliveira TC, Struelens MJ, Suetens C, Monnet DL; Burden of AMR Collaborative Group. Attributable deaths and disability-adjusted life-years caused by infections with antibiotic-resistant bacteria in the EU and the European Economic Area in 2015: a population-level modelling analysis. Lancet Infect Dis. 2019 Jan;19(1):56-66. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30605-4. Epub 2018 Nov 5.
- Daxboeck F, Budic T, Assadian O, Reich M, Koller W. Economic burden associated with multi-resistant Gram-negative organisms compared with that for methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a university teaching hospital. J Hosp Infect. 2006 Feb;62(2):214-8. doi: 10.1016/j.jhin.2005.07.009. Epub 2005 Oct 27.
- Egli A, Blanc DS, Greub G, Keller PM, Lazarevic V, Lebrand A, Leib S, Neher RA, Perreten V, Ramette A, Schrenzel J, Stephan R, Wagner K, Wuethrich D, Xenarios I. Improving the quality and workflow of bacterial genome sequencing and analysis: paving the way for a Switzerland-wide molecular epidemiological surveillance platform. Swiss Med Wkly. 2018 Dec 15;148:w14693. doi: 10.4414/smw.2018.14693. eCollection 2018 Dec 3.
- Ford L, Carter GP, Wang Q, Seemann T, Sintchenko V, Glass K, Williamson DA, Howard P, Valcanis M, Castillo CFS, Sait M, Howden BP, Kirk MD. Incorporating Whole-Genome Sequencing into Public Health Surveillance: Lessons from Prospective Sequencing of Salmonella Typhimurium in Australia. Foodborne Pathog Dis. 2018 Mar;15(3):161-167. doi: 10.1089/fpd.2017.2352. Epub 2018 Jan 16.
- Meinel DM, Kuehl R, Zbinden R, Boskova V, Garzoni C, Fadini D, Dolina M, Blumel B, Weibel T, Tschudin-Sutter S, Widmer AF, Bielicki JA, Dierig A, Heininger U, Konrad R, Berger A, Hinic V, Goldenberger D, Blaich A, Stadler T, Battegay M, Sing A, Egli A. Outbreak investigation for toxigenic Corynebacterium diphtheriae wound infections in refugees from Northeast Africa and Syria in Switzerland and Germany by whole genome sequencing. Clin Microbiol Infect. 2016 Dec;22(12):1003.e1-1003.e8. doi: 10.1016/j.cmi.2016.08.010. Epub 2016 Aug 30.
- Phodha T, Riewpaiboon A, Malathum K, Coyte PC. Excess annual economic burdens from nosocomial infections caused by multi-drug resistant bacteria in Thailand. Expert Rev Pharmacoecon Outcomes Res. 2019 Jun;19(3):305-312. doi: 10.1080/14737167.2019.1537123. Epub 2018 Oct 19.
- Seth-Smith HMB, Casanova C, Sommerstein R, Meinel DM, Abdelbary MMH, Blanc DS, Droz S, Fuhrer U, Lienhard R, Lang C, Dubuis O, Schlegel M, Widmer A, Keller PM, Marschall J, Egli A. Phenotypic and Genomic Analyses of Burkholderia stabilis Clinical Contamination, Switzerland. Emerg Infect Dis. 2019 Jun;25(6):1084-1092. doi: 10.3201/eid2506.172119.
- Sommerstein R, Fuhrer U, Lo Priore E, Casanova C, Meinel DM, Seth-Smith HM, Kronenberg A; Anresis; Koch D, Senn L, Widmer AF, Egli A, Marschall J; Swissnoso. Burkholderia stabilis outbreak associated with contaminated commercially-available washing gloves, Switzerland, May 2015 to August 2016. Euro Surveill. 2017 Dec;22(49):17-00213. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.49.17-00213.
- Stucki D, Ballif M, Egger M, Furrer H, Altpeter E, Battegay M, Droz S, Bruderer T, Coscolla M, Borrell S, Zurcher K, Janssens JP, Calmy A, Mazza Stalder J, Jaton K, Rieder HL, Pfyffer GE, Siegrist HH, Hoffmann M, Fehr J, Dolina M, Frei R, Schrenzel J, Bottger EC, Gagneux S, Fenner L. Standard Genotyping Overestimates Transmission of Mycobacterium tuberculosis among Immigrants in a Low-Incidence Country. J Clin Microbiol. 2016 Jul;54(7):1862-1870. doi: 10.1128/JCM.00126-16. Epub 2016 May 18.
- Ward DV, Hoss AG, Kolde R, van Aggelen HC, Loving J, Smith SA, Mack DA, Kathirvel R, Halperin JA, Buell DJ, Wong BE, Ashworth JL, Fortunato-Habib MM, Xu L, Barton BA, Lazar P, Carmona JJ, Mathew J, Salgo IS, Gross BD, Ellison RT. Integration of genomic and clinical data augments surveillance of healthcare-acquired infections. Infect Control Hosp Epidemiol. 2019 Jun;40(6):649-655. doi: 10.1017/ice.2019.75. Epub 2019 Apr 23.
- Wuthrich D, Gautsch S, Spieler-Denz R, Dubuis O, Gaia V, Moran-Gilad J, Hinic V, Seth-Smith HM, Nickel CH, Tschudin-Sutter S, Bassetti S, Haenggi M, Brodmann P, Fuchs S, Egli A. Air-conditioner cooling towers as complex reservoirs and continuous source of Legionella pneumophila infection evidenced by a genomic analysis study in 2017, Switzerland. Euro Surveill. 2019 Jan;24(4):1800192. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2019.24.4.1800192.
- Walker TM, Merker M, Knoblauch AM, Helbling P, Schoch OD, van der Werf MJ, Kranzer K, Fiebig L, Kroger S, Haas W, Hoffmann H, Indra A, Egli A, Cirillo DM, Robert J, Rogers TR, Groenheit R, Mengshoel AT, Mathys V, Haanpera M, Soolingen DV, Niemann S, Bottger EC, Keller PM; MDR-TB Cluster Consortium. A cluster of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis among patients arriving in Europe from the Horn of Africa: a molecular epidemiological study. Lancet Infect Dis. 2018 Apr;18(4):431-440. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30004-5. Epub 2018 Jan 8.
- Wassilew N, Seth-Smith HM, Rolli E, Fietze Y, Casanova C, Fuhrer U, Egli A, Marschall J, Buetti N. Outbreak of vancomycin-resistant Enterococcus faecium clone ST796, Switzerland, December 2017 to April 2018. Euro Surveill. 2018 Jul;23(29):1800351. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2018.23.29.1800351.
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Completamento primario
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- 2019-01291; qu19Egli5
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