Entwicklung einer Schweizer Überwachungsdatenbank für die molekulare Epidemiologie hypervirulenter und multiresistenter Krankheitserreger
Studienübersicht
Status
Status
Bedingungen
Bedingungen
Intervention / Behandlung
Intervention / Behandlung
Detaillierte Beschreibung
Studientyp
Studientyp
Einschreibung (Geschätzt)
Einschreibung
Kontakte und Standorte
Studienkontakt
Studienkontakt
- Name: Aitana Lebrand, Dr.
- E-Mail: Aitana.Lebrand@sib.swiss
Studieren Sie die Kontaktsicherung
- Name: Hans Hirsch, Prof. Dr.
- Telefonnummer: +41 61 32 86697
- E-Mail: hans.hirsch@unibas.ch
Studienorte
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Basel, Schweiz, 4031
- Rekrutierung
- University Hospital Basel
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Kontakt:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
- Telefonnummer: +41 61 32 86697
- E-Mail: hans.hirsch@unibas.ch
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Hauptermittler:
- Hans Hirsch, Prof. Dr.
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Bern, Schweiz, 3012
- Rekrutierung
- University of Bern
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Kontakt:
- Vincent Perreten, Prof.
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Kontakt:
- Stephen Leib, Prof.
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Hauptermittler:
- Vincent Perreten, Prof.
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Hauptermittler:
- Stephen Leib, Prof.
-
Geneva, Schweiz, 1205
- Rekrutierung
- University Hospital Geneva
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Kontakt:
- Jacques Schrenzel, Prof.
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Kontakt:
- Laurent Kaiser, Prof.
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Hauptermittler:
- Laurent Kaiser, Prof.
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Hauptermittler:
- Jacques Schrenzel, Prof.
-
Hauptermittler:
- Aitana Lebrand, Dr.
-
Lausanne, Schweiz, 1011
- Rekrutierung
- University Hospital Lausanne CHUV
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Kontakt:
- Gilbert Greub, Prof.
-
Kontakt:
- Dominique Blanc, PD Dr.
-
Hauptermittler:
- Gilbert Greub, Prof.
-
Hauptermittler:
- Dominique Blanc, PD Dr.
-
Zurich, Schweiz, 8057
- Rekrutierung
- University of Zurich
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Kontakt:
- Michael Huber, Dr.
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Kontakt:
- Roger Stephan, Prof.
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Hauptermittler:
- Michael Huber, Dr.
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Hauptermittler:
- Roger Stephan, Prof.
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Hauptermittler:
- Adrian Egli, Prof.
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Teilnahmekriterien
Zulassungskriterien
Zulassungskriterien
Studienberechtigtes Alter
- Kind
- Erwachsene
- Älterer Erwachsener
Akzeptiert gesunde Freiwillige
Probenahmeverfahren
Studienpopulation
Beschreibung
Einschlusskriterien:
- Alle Patienten mit Kolonisationen oder Infektionen mit einem bakteriellen oder viralen Krankheitserreger, bei denen vollständige Genomsequenzierungsdaten und minimale epidemiologische, demografische und klinische Daten vorliegen
- Zu den in die Analyse einbezogenen Krankheitserregern gehören: Zu den multiresistenten Bakterien gehören: Methicillin-resistenter Staphylococcus aureus (MRSA), Carbapenemase- und/oder Extended Spectrum Betalactamase (ESBL)-produzierende Enterobacteriaceae und nicht fermentierende Bakterien, einschließlich Pseudomonas aeruginosa und Acinetobacter baumannii, Vancomycin-resistenter Enterococcus faecium , und andere; Zu den virulenten Bakterien gehören: Neisseria meningitidis, Neisseria gonorrhoeae, Mycobacterium tuberculosis, Campylobacter spp., Salmonella spp., Legionella pneumophila, Listeria monocytogenes und Streptococcus pneumoniae und andere; Zu den Viren gehören: Influenzaviren, Masernviren, Enterovirus E68, Respiratory Syncytial Virus und andere.
Ausschlusskriterien:
- Lehnen Sie die Unterzeichnung einer allgemeinen Einwilligung oder einer anderen Ablehnungserklärung gegen die Verwendung von Daten für Forschungszwecke ab.
Studienplan
Wie ist die Studie aufgebaut?
Designdetails
Anzahl der Gruppen / Kohorten
Kohorten und Interventionen
Gruppe / KohorteGruppe / Kohorte |
Intervention / BehandlungIntervention / Behandlung |
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Patienten mit Besiedlung oder Infektionen mit einem Erreger
Alle Patienten mit Kolonisationen oder Infektionen mit einem bakteriellen oder viralen Krankheitserreger, bei denen vollständige Genomsequenzierungsdaten und minimale epidemiologische, demografische und klinische Daten vorliegen
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Genomassemblierung; Vorhersage des Sequenztyps (MLST); Kerngenom-MLST-Baum zum schnellen Vergleich von Stämmen innerhalb eines Projekts; Kerngenom-Einzelnukleotid-Polymorphismusbaum (SNP-Baum) zum Vergleich aller Stämme der Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP), die zu derselben Art gehören; SNP-Baum des gesamten Genoms zum Vergleich aller SPSP-Stämme innerhalb derselben Art und ST;; Vorhersage von Resistenz- und Virulenzfaktoren in den von Krankheitserregern übertragenen Genomen; Zeitbäume und Berechnung von Übertragungsraten, einschließlich Basisreproduktionszahl; Analyse klassischer epidemiologischer Daten mit fortschrittlichen statistischen Methoden einschließlich maschinellem Lernen.
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Was misst die Studie?
Primäre Ergebnismessungen
Primäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
|---|---|---|
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Identifizierung von Übertragungsclustern basierend auf genetischer Ähnlichkeit.
Zeitfenster: Einmalige Identifizierung zu Studienbeginn
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Identifizierung von Übertragungsclustern basierend auf genetischer Ähnlichkeit.
Mit Schwerpunkt auf der Sequenzierung des gesamten Genoms.
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Einmalige Identifizierung zu Studienbeginn
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Sekundäre Ergebnismessungen
Sekundäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
|---|---|---|
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Nachweis genotypischer Resistenz
Zeitfenster: Einmalige Identifizierung zu Studienbeginn
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Nachweis genotypischer Resistenzen (In-vitro-Antibiotika-Empfindlichkeitstest (AST) basierend auf der Messung der minimalen Hemmkonzentration (MIC) oder des Zonendurchmessers (ZD))
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Einmalige Identifizierung zu Studienbeginn
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Mitarbeiter und Ermittler
Sponsor
Sponsor
Mitarbeiter
Mitarbeiter
Ermittler
Ermittler
- Hauptermittler: Hans Hirsch, Prof. Dr., Biozentrum, University of Basel
Publikationen und hilfreiche Links
Allgemeine Veröffentlichungen
- Cassini A, Hogberg LD, Plachouras D, Quattrocchi A, Hoxha A, Simonsen GS, Colomb-Cotinat M, Kretzschmar ME, Devleesschauwer B, Cecchini M, Ouakrim DA, Oliveira TC, Struelens MJ, Suetens C, Monnet DL; Burden of AMR Collaborative Group. Attributable deaths and disability-adjusted life-years caused by infections with antibiotic-resistant bacteria in the EU and the European Economic Area in 2015: a population-level modelling analysis. Lancet Infect Dis. 2019 Jan;19(1):56-66. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30605-4. Epub 2018 Nov 5.
- Daxboeck F, Budic T, Assadian O, Reich M, Koller W. Economic burden associated with multi-resistant Gram-negative organisms compared with that for methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a university teaching hospital. J Hosp Infect. 2006 Feb;62(2):214-8. doi: 10.1016/j.jhin.2005.07.009. Epub 2005 Oct 27.
- Egli A, Blanc DS, Greub G, Keller PM, Lazarevic V, Lebrand A, Leib S, Neher RA, Perreten V, Ramette A, Schrenzel J, Stephan R, Wagner K, Wuethrich D, Xenarios I. Improving the quality and workflow of bacterial genome sequencing and analysis: paving the way for a Switzerland-wide molecular epidemiological surveillance platform. Swiss Med Wkly. 2018 Dec 15;148:w14693. doi: 10.4414/smw.2018.14693. eCollection 2018 Dec 3.
- Ford L, Carter GP, Wang Q, Seemann T, Sintchenko V, Glass K, Williamson DA, Howard P, Valcanis M, Castillo CFS, Sait M, Howden BP, Kirk MD. Incorporating Whole-Genome Sequencing into Public Health Surveillance: Lessons from Prospective Sequencing of Salmonella Typhimurium in Australia. Foodborne Pathog Dis. 2018 Mar;15(3):161-167. doi: 10.1089/fpd.2017.2352. Epub 2018 Jan 16.
- Meinel DM, Kuehl R, Zbinden R, Boskova V, Garzoni C, Fadini D, Dolina M, Blumel B, Weibel T, Tschudin-Sutter S, Widmer AF, Bielicki JA, Dierig A, Heininger U, Konrad R, Berger A, Hinic V, Goldenberger D, Blaich A, Stadler T, Battegay M, Sing A, Egli A. Outbreak investigation for toxigenic Corynebacterium diphtheriae wound infections in refugees from Northeast Africa and Syria in Switzerland and Germany by whole genome sequencing. Clin Microbiol Infect. 2016 Dec;22(12):1003.e1-1003.e8. doi: 10.1016/j.cmi.2016.08.010. Epub 2016 Aug 30.
- Phodha T, Riewpaiboon A, Malathum K, Coyte PC. Excess annual economic burdens from nosocomial infections caused by multi-drug resistant bacteria in Thailand. Expert Rev Pharmacoecon Outcomes Res. 2019 Jun;19(3):305-312. doi: 10.1080/14737167.2019.1537123. Epub 2018 Oct 19.
- Seth-Smith HMB, Casanova C, Sommerstein R, Meinel DM, Abdelbary MMH, Blanc DS, Droz S, Fuhrer U, Lienhard R, Lang C, Dubuis O, Schlegel M, Widmer A, Keller PM, Marschall J, Egli A. Phenotypic and Genomic Analyses of Burkholderia stabilis Clinical Contamination, Switzerland. Emerg Infect Dis. 2019 Jun;25(6):1084-1092. doi: 10.3201/eid2506.172119.
- Sommerstein R, Fuhrer U, Lo Priore E, Casanova C, Meinel DM, Seth-Smith HM, Kronenberg A; Anresis; Koch D, Senn L, Widmer AF, Egli A, Marschall J; Swissnoso. Burkholderia stabilis outbreak associated with contaminated commercially-available washing gloves, Switzerland, May 2015 to August 2016. Euro Surveill. 2017 Dec;22(49):17-00213. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.49.17-00213.
- Stucki D, Ballif M, Egger M, Furrer H, Altpeter E, Battegay M, Droz S, Bruderer T, Coscolla M, Borrell S, Zurcher K, Janssens JP, Calmy A, Mazza Stalder J, Jaton K, Rieder HL, Pfyffer GE, Siegrist HH, Hoffmann M, Fehr J, Dolina M, Frei R, Schrenzel J, Bottger EC, Gagneux S, Fenner L. Standard Genotyping Overestimates Transmission of Mycobacterium tuberculosis among Immigrants in a Low-Incidence Country. J Clin Microbiol. 2016 Jul;54(7):1862-1870. doi: 10.1128/JCM.00126-16. Epub 2016 May 18.
- Ward DV, Hoss AG, Kolde R, van Aggelen HC, Loving J, Smith SA, Mack DA, Kathirvel R, Halperin JA, Buell DJ, Wong BE, Ashworth JL, Fortunato-Habib MM, Xu L, Barton BA, Lazar P, Carmona JJ, Mathew J, Salgo IS, Gross BD, Ellison RT. Integration of genomic and clinical data augments surveillance of healthcare-acquired infections. Infect Control Hosp Epidemiol. 2019 Jun;40(6):649-655. doi: 10.1017/ice.2019.75. Epub 2019 Apr 23.
- Wuthrich D, Gautsch S, Spieler-Denz R, Dubuis O, Gaia V, Moran-Gilad J, Hinic V, Seth-Smith HM, Nickel CH, Tschudin-Sutter S, Bassetti S, Haenggi M, Brodmann P, Fuchs S, Egli A. Air-conditioner cooling towers as complex reservoirs and continuous source of Legionella pneumophila infection evidenced by a genomic analysis study in 2017, Switzerland. Euro Surveill. 2019 Jan;24(4):1800192. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2019.24.4.1800192.
- Walker TM, Merker M, Knoblauch AM, Helbling P, Schoch OD, van der Werf MJ, Kranzer K, Fiebig L, Kroger S, Haas W, Hoffmann H, Indra A, Egli A, Cirillo DM, Robert J, Rogers TR, Groenheit R, Mengshoel AT, Mathys V, Haanpera M, Soolingen DV, Niemann S, Bottger EC, Keller PM; MDR-TB Cluster Consortium. A cluster of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis among patients arriving in Europe from the Horn of Africa: a molecular epidemiological study. Lancet Infect Dis. 2018 Apr;18(4):431-440. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30004-5. Epub 2018 Jan 8.
- Wassilew N, Seth-Smith HM, Rolli E, Fietze Y, Casanova C, Fuhrer U, Egli A, Marschall J, Buetti N. Outbreak of vancomycin-resistant Enterococcus faecium clone ST796, Switzerland, December 2017 to April 2018. Euro Surveill. 2018 Jul;23(29):1800351. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2018.23.29.1800351.
Studienaufzeichnungsdaten
Haupttermine studieren
Studienbeginn (Tatsächlich)
Studienbeginn
Primärer Abschluss (Geschätzt)
Primärer Abschluss
Studienabschluss (Geschätzt)
Studienabschluss
Studienanmeldedaten
Zuerst eingereicht
Zuerst eingereicht
Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat
Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat
Zuerst gepostet (Tatsächlich)
Zuerst gepostet
Studienaufzeichnungsaktualisierungen
Letztes Update gepostet (Tatsächlich)
Letztes Update gepostet
Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt
Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt
Zuletzt verifiziert
Zuletzt verifiziert
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- 2019-01291; qu19Egli5
Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt
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