Et pilotprojekt, der udforsker virkningen af ​​sekvensering af hele genom i sundhedsvæsenet

Helgenom-sekventering (WGS) og hele exome-sekventering (WES) tjenester er i øjeblikket tilgængelige for og bliver brugt af læger og deres patienter i både forskning og kliniske omgivelser. Den udbredte tilgængelighed og brug af WGS og WES i praksis af klinisk medicin er nært forestående. I den meget nære fremtid vil sekventering af individuelle genomer være billig og allestedsnærværende, og patienter vil søge til den medicinske institution for fortolkninger, indsigt og råd til at forbedre deres helbred. Udvikling af standarder og procedurer for brugen af ​​WGS-information i klinisk medicin er et presserende behov, men der er talrige forhindringer relateret til integritet og lagring af WGS-data, fortolkning og ansvarlig klinisk integration. MedSeq™ søger at udvikle en proces til at integrere WGS i klinisk medicin og udforske virkningen af ​​at gøre det.

Vi tror på, at WGS vil blive brugt på mange måder, herunder to forskellige og komplementære situationer. Hos generelt raske patienter vil læger bruge resultaterne af WGS til at opnå indsigt i fremtidige sundhedsrisici og informere forebyggelses- og overvågningsindsatsen, en kategori vi omtaler som generel genomisk medicin. Hos patienter, der har en familiehistorie eller symptomer på en sygdom, vil læger bruge resultaterne af WGS til at udspørge bestemte sæt gener, der vides at være forbundet med den pågældende sygdom, en kategori vi refererer til som sygdomsspecifik genomisk medicin.

Fra efteråret 2012 vil vi indskrive 10 primære læger og 100 af deres raske midaldrende patienter til at evaluere brugen af ​​generel genomisk medicin, og 10 kardiologer og 100 af deres patienter med hypertrofisk kardiomyopati (HCM) eller dilateret kardiomyopati (DCM) ) for at evaluere brugen af ​​sygdomsspecifik genomisk medicin. Vi vil randomisere læger og deres patienter inden for hver af ovenstående modeller for at modtage klinisk meningsfuld information afledt af WGS versus den nuværende standard for pleje uden brug af WGS.

MedSeq™ består af tre forskellige, men meget samarbejdsprojekter. Projekt 1 vil indskrive læger og patienter i protokollen, uddanne lægerne i grundlæggende genomiske principper og sikkert overvåge brugen af ​​genomisk information i klinisk praksis. Projekt 2 vil bruge en WGS-analyse/fortolkningspipeline til at generere en genomrapport om hver patient, der er randomiseret til at modtage WGS i denne protokol. Projekt 3 vil undersøge præferencer og motivationer hos læger og patienter, der er indskrevet, evaluere flowet og udnyttelsen af ​​genomisk information inden for de kliniske interaktioner og vurdere forståelse, adfærd, medicinske konsekvenser og sundhedsomkostninger forbundet med brugen af ​​WGS i disse modeller for medicinsk praksis.

I en forlængelsesfase af studiet vil vi 1) rekruttere cirka 10-15 patient-deltagere, der selv identificerer sig som afro- eller afroamerikanere, hvis læger vurderer at være raske. Alle vil blive placeret i hele studiets genomsekventeringsarm. De vil gennemgå de samme aktiviteter som traditionelle MedSeq-deltagere bortset fra randomisering. 2) Vi vil udføre en målrettet fænotypevurdering på MedSeq Project-patientdeltagere, som er identificeret med et monogent fund. Vi planlægger at udføre yderligere analyser ved at gennemgå deres lægejournaler og se specifikt med deres variant i tankerne for at se, om funktioner forbundet med varianterne var kendt før undersøgelsen eller blev identificeret ved yderligere test eller af deres fysiske i løbet af undersøgelsen.

Dette initiativ vil markant accelerere brugen af ​​genomik i klinisk medicin ved at skabe og sikkert teste nye metoder til at integrere information fra WGS i lægers behandling af patienter.