Et pilotprosjekt som utforsker virkningen av helgenomsekvensering i helsevesenet

Helgenomsekvensering (WGS) og hele eksomsekvensering (WES) tjenester er for tiden tilgjengelige for og blir brukt av leger og deres pasienter i både forskning og kliniske omgivelser. Den utbredte tilgjengeligheten og bruken av WGS og WES i utøvelse av klinisk medisin er overhengende. I svært nær fremtid vil sekvensering av individuelle genomer være billig og allestedsnærværende, og pasienter vil se til det medisinske etablissementet for tolkninger, innsikt og råd for å forbedre helsen. Utvikling av standarder og prosedyrer for bruk av WGS-informasjon i klinisk medisin er et presserende behov, men det er mange hindringer knyttet til integritet og lagring av WGS-data, tolkning og ansvarlig klinisk integrasjon. MedSeq™ søker å utvikle en prosess for å integrere WGS i klinisk medisin og utforske virkningen av å gjøre det.

Vi tror at WGS vil bli brukt på mange måter, inkludert to distinkte og komplementære situasjoner. Hos generelt friske pasienter vil leger bruke resultatene av WGS til å få innsikt i fremtidige helserisikoer og informere om forebygging og overvåking, en kategori vi omtaler som generell genomisk medisin. Hos pasienter som har en familiehistorie eller symptomer på en sykdom, vil leger bruke resultatene av WGS til å undersøke bestemte sett med gener som er kjent for å være assosiert med den aktuelle sykdommen, en kategori vi refererer til som sykdomsspesifikk genomisk medisin.

Fra høsten 2012 vil vi registrere 10 primærleger og 100 av deres friske middelaldrende pasienter for å evaluere bruken av generell genomisk medisin, og 10 kardiologer og 100 av deres pasienter med hypertrofisk kardiomyopati (HCM) eller dilatert kardiomyopati (DCM) ) for å evaluere bruken av sykdomsspesifikk genomisk medisin. Vi vil randomisere leger og deres pasienter innenfor hver av modellene ovenfor for å motta klinisk meningsfull informasjon hentet fra WGS versus gjeldende standard for omsorg uten bruk av WGS.

MedSeq™ består av tre distinkte, men svært samarbeidsprosjekter. Prosjekt 1 vil melde leger og pasienter inn i protokollen, utdanne legene i grunnleggende genomiske prinsipper og trygt overvåke bruken av genomisk informasjon i klinisk praksis. Prosjekt 2 vil bruke en WGS-analyse/tolkningspipeline for å generere en genomrapport på hver pasient som er randomisert til å motta WGS i denne protokollen. Prosjekt 3 vil undersøke preferanser og motivasjoner til leger og pasienter som er registrert, evaluere flyten og utnyttelsen av genomisk informasjon innenfor de kliniske interaksjonene, og vurdere forståelse, atferd, medisinske konsekvenser og helsekostnader knyttet til bruken av WGS i disse modellene for medisinsk praksis.

I en forlengelsesfase av studien vil vi 1) rekruttere ca. 10-15 pasientdeltakere som selv identifiserer seg som afro- eller afroamerikanere, hvis leger anser å være friske. Alle vil bli plassert i hele genom-sekvenseringsarmen av studien. De vil gjennomgå de samme aktivitetene som tradisjonelle MedSeq-deltakere bortsett fra randomisering. 2) Vi vil gjennomføre en målrettet fenotypevurdering på MedSeq Project-pasientdeltakere som er identifisert å ha et monogent funn. Vi planlegger å utføre ytterligere analyser ved å gjennomgå deres medisinske journaler og se spesifikt med deres variant i tankene for å se om funksjoner knyttet til variantene var kjent før studien eller ble identifisert ved ytterligere testing eller av deres fysiske i løpet av studien.

Dette initiativet vil akselerere bruken av genomikk i klinisk medisin betydelig ved å skape og trygt teste nye metoder for å integrere informasjon fra WGS i legenes behandling av pasienter.