Un progetto pilota che esplora l'impatto del sequenziamento dell'intero genoma nell'assistenza sanitaria

I servizi di sequenziamento dell'intero genoma (WGS) e di sequenziamento dell'intero esoma (WES) sono attualmente disponibili e vengono utilizzati dai medici e dai loro pazienti sia nella ricerca che in ambito clinico. La diffusa disponibilità e l'uso di WGS e WES nella pratica della medicina clinica è imminente. In un futuro molto prossimo, il sequenziamento dei singoli genomi sarà poco costoso e onnipresente e i pazienti si rivolgeranno all'establishment medico per interpretazioni, approfondimenti e consigli per migliorare la loro salute. Lo sviluppo di standard e procedure per l'uso delle informazioni WGS nella medicina clinica è una necessità urgente, ma ci sono numerosi ostacoli legati all'integrità e all'archiviazione dei dati WGS, all'interpretazione e all'integrazione clinica responsabile. MedSeq™ cerca di sviluppare un processo per integrare il WGS nella medicina clinica ed esplorare l'impatto di ciò.

Crediamo che WGS sarà utilizzato in molti modi, incluse due situazioni distinte e complementari. In pazienti generalmente sani, i medici utilizzeranno i risultati del WGS per ricavare informazioni sui futuri rischi per la salute e informare gli sforzi di prevenzione e sorveglianza, una categoria che chiamiamo medicina genomica generale. Nei pazienti che presentano una storia familiare o sintomi di una malattia, i medici utilizzeranno i risultati del WGS per interrogare particolari gruppi di geni noti per essere associati alla malattia in questione, una categoria a cui ci riferiamo come medicina genomica specifica per malattia.

A partire dall'autunno 2012, arruoleremo 10 medici di base e 100 dei loro pazienti sani di mezza età per valutare l'uso della medicina genomica generale, e 10 cardiologi e 100 dei loro pazienti che presentano cardiomiopatia ipertrofica (HCM) o cardiomiopatia dilatativa (DCM) ) per valutare l'uso della medicina genomica specifica per malattia. Randomizzeremo i medici ei loro pazienti all'interno di ciascuno dei modelli di cui sopra per ricevere informazioni clinicamente significative derivate da WGS rispetto all'attuale standard di cura senza l'uso di WGS.

MedSeq™ comprende tre progetti distinti ma altamente collaborativi. Il progetto 1 coinvolgerà medici e pazienti nel protocollo, istruirà i medici sui principi genomici di base e monitorerà in modo sicuro l'uso delle informazioni genomiche nella pratica clinica. Il progetto 2 utilizzerà una pipeline di analisi/interpretazione WGS per generare un rapporto sul genoma su ciascun paziente randomizzato a ricevere WGS in questo protocollo. Il progetto 3 esaminerà le preferenze e le motivazioni dei medici e dei pazienti arruolati, valuterà il flusso e l'utilizzo delle informazioni genomiche all'interno delle interazioni cliniche e valuterà la comprensione, il comportamento, le conseguenze mediche e i costi sanitari associati all'uso del WGS in questi modelli di pratica medica.

In una fase di estensione dello studio, 1) recluteremo circa 10-15 pazienti-partecipanti che si identificano come africani o afroamericani, i cui medici ritengono sani. Tutti saranno inseriti nell'intero braccio di sequenziamento del genoma dello studio. Saranno sottoposti alle stesse attività dei partecipanti MedSeq tradizionali ad eccezione della randomizzazione. 2) Condurremo una valutazione fenotipica mirata sui pazienti-partecipanti al progetto MedSeq che sono identificati per avere un risultato monogenico. Abbiamo in programma di eseguire ulteriori analisi rivedendo le loro cartelle cliniche e osservando specificamente con la loro variante in mente per vedere se le caratteristiche associate alle varianti erano note prima dello studio o sono state identificate da ulteriori test o dal loro fisico durante il corso dello studio.

Questa iniziativa accelererà in modo significativo l'uso della genomica nella medicina clinica creando e testando in modo sicuro nuovi metodi per integrare le informazioni del WGS nella cura dei pazienti da parte dei medici.