Subtipificación molecular del cáncer de mama triple negativo e inmunogenicidad relacionada con la ascendencia africana

Este estudio busca caracterizar el perfil de ARNm de TNBC en Nigeria y compararlo con una población de referencia en Nueva Escocia. Se explorará por primera vez información sobre el perfil único de inmunidad tumoral de TNBC en Nigeria y el vínculo entre el receptor de antígeno Duffy vinculado a África occidental para quimiocinas (DARC) y el subtipo TNBC.

El tejido TNBC fresco congelado del African Research Group for Oncology (ARGO) y los biobancos de cáncer de mama de Dalhousie/NSHA serán procesados ​​y analizados por Genomics Core Facility en la Universidad de Dalhousie. Los datos clínicos se recopilan prospectivamente con la adquisición de muestras en el biobanco ARGO. Para el biobanco de Dalhousie/NSHA, los datos clínicos se recopilarán retrospectivamente del registro médico y se migrarán a una base de datos electrónica para la recopilación prospectiva durante el curso del estudio. Ambas cohortes de especímenes se someterán a secuenciación de ADN y transcriptoma completo (ARNm) en la plataforma TSO500 (Illumina Ulc.). El microambiente inmune al tumor se comparará entre cohortes y por grupo de ARNm utilizando las firmas transcripcionales de 22 poblaciones de leucocitos y las proteínas reguladoras del sistema inmunológico CTLA-4 y PD-L1. Finalmente, la expresión tumoral de DARC se generará a partir de los datos del transcriptoma que permitirán una evaluación de la relación entre la expresión de DARC, los grupos de ARNm de TNBC y las variables sociodemográficas (es decir, raza/ascendencia, género). Los datos completos del transcriptoma de The Cancer Genome Atlas se extraerán como la tercera cohorte, incluidos 55 especímenes de TNBC de afroamericanos.