Subtipagem Molecular de Câncer de Mama Triplo Negativo e Imunogenicidade Relacionada à Ascendência Africana

Este estudo procura caracterizar o perfil de mRNA de TNBC na Nigéria e comparar com uma população de referência na Nova Escócia. O insight sobre o perfil imune tumoral único de TNBC na Nigéria e a ligação entre o receptor de antígeno Duffy ligado à África Ocidental para quimiocinas (DARC) e o subtipo TNBC serão explorados pela primeira vez.

O tecido TNBC fresco congelado do Grupo de Pesquisa Africano para Oncologia (ARGO) e os biobancos de câncer de mama Dalhousie/NSHA serão processados ​​e analisados ​​pela Genomics Core Facility da Dalhousie University. Os dados clínicos são coletados prospectivamente com a aquisição de espécimes no biobanco ARGO. Para o biobanco Dalhousie/NSHA, os dados clínicos serão coletados retrospectivamente do prontuário médico e migrados para um banco de dados eletrônico para coleta prospectiva durante o curso do estudo. Ambas as coortes de espécimes serão executadas por sequenciamento de DNA e transcriptoma total (mRNA) na plataforma TSO500 (Illumina Ulc.). O microambiente imune ao tumor será comparado entre coortes e por cluster de mRNA usando as assinaturas transcricionais para 22 populações de leucócitos e proteínas imunorreguladoras CTLA-4 e PD-L1. Finalmente, a expressão tumoral de DARC será gerada a partir dos dados do transcriptoma que permitirão uma avaliação da relação entre a expressão de DARC, clusters de mRNA TNBC e variáveis ​​sociodemográficas (ou seja, raça/ancestralidade, gênero). Os dados inteiros do transcriptoma do The Cancer Genome Atlas serão extraídos como a terceira coorte, incluindo 55 espécimes TNBC de afro-americanos.