A hármas negatív emlőrák molekuláris altípusa és az afrikai ősökhöz kapcsolódó immunogenitás

Ez a tanulmány a TNBC mRNS-profilját kívánja jellemezni Nigériában, és összehasonlítani egy új-skóciai referenciapopulációval. Először vizsgálják meg a nigériai TNBC egyedülálló tumor-immun profilját, valamint a nyugat-afrikai eredetű kemokinek Duffy-antigén receptora (DARC) és a TNBC altípus közötti kapcsolatot.

Az Afrikai Onkológiai Kutatócsoport (ARGO) és a Dalhousie/NSHA mellrák biobankjaiból származó frissen fagyasztott TNBC-szövetet a Dalhousie Egyetem Genomics Core Facilityje fogja feldolgozni és elemezni. A klinikai adatokat prospektívan gyűjtik az ARGO biobankban, mintavétellel. A Dalhousie /NSHA biobank esetében a klinikai adatokat visszamenőlegesen gyűjtik össze az orvosi nyilvántartásból, és egy elektronikus adatbázisba vándorolják át, hogy a vizsgálat során előre lehessen gyűjteni. Mindkét mintacsoport DNS- és teljes transzkriptom (mRNS) szekvenáláson megy keresztül a TSO500 platformon (Illumina Ulc.). A tumor-immun mikrokörnyezetet a kohorszok és az mRNS klaszterek között hasonlítjuk össze a 22 leukocita populáció transzkripciós aláírása és a CTLA-4 és PD-L1 immunszabályozó fehérjék segítségével. Végül a DARC tumorexpresszióját generáljuk a transzkriptom adatokból, ami lehetővé teszi a DARC expresszió, a TNBC mRNS klaszterek és a szociodemográfiai változók közötti kapcsolat értékelését (pl. faj/ősök, nem). A The Cancer Genome Atlas teljes átírási adatait harmadik kohorszként levonják, beleértve az afroamerikaiaktól származó 55 TNBC-mintát.