Resistenssi ja immuunivaste Palbociclibille rintasyövässä

Tutkijat ehdottavat biomarkkeri- ja molekyyliprofilointitutkimuksen suorittamista pitkittäisparitelluilla kasvainbiopsioilla ja seerumilla potilailta, joilla on hormonireseptoripositiivinen (HR+) metastaattinen rintasyöpä (BC), joita on hoidettu Palbociclibillä (Palbo) yhdistettynä endokriinisiin hoitoihin.

Tutkijat aikovat ottaa kasvainbiopsian ja verinäytteitä, jotka on otettu sekä ennen hoitoa että etenemisen jälkeen, 40 potilaalta, joille kehittyy hankittu vastustuskyky Palbo + endokriiniselle yhdistelmähoidolle. Kaikki määritykset suoritetaan rinnakkain sekä ennen käsittelyä että sen jälkeen näytteille sellaisten erojen tunnistamiseksi, jotka voivat selittää hankitun resistenssin. Sykliinin E1- ja E2-tasot arvioidaan IHC:llä kasvainbiopsioista. Neuregulin-1-tasot arvioidaan seerumin ELISA-määrityksellä. Tuumoribiopsiat profiloidaan edelleen käyttämällä koko eksomin sekvensointia (WES) ja koko transkription sekvensointia (RNA-Seq). Vastaavat verinäytteet käsitellään WES:n avulla somaattisten mutaatioiden havaitsemisen helpottamiseksi. Parilliset kasvainbiopsiat läpikäyvät TIL-markkerien immunohistokemian (IHC) analyysin Palbon aiheuttamien muutosten arvioimiseksi. Lopuksi käytämme talon sisäistä kiertävän kasvain-DNA (ctDNA) -määritystä, joka käyttää räätälöityä paneelia Palbon hankitun resistenssin tutkimiseen, 40 plasmanäyteparin analysointiin. Mukautettua ctDNA-paneelia laajennetaan sisältämään muita tästä tutkimuksesta tunnistettuja mutaatioita, jotka antavat hankittua resistenssiä.

Arvioidakseen edelleen Palbo-hoidon vaikutuksia kasvaimensisäisiin TIL-soluihin tutkijat aikovat hankkia 20 potilaalta parillisen kasvainbiopsian ja vastaavia verinäytteitä lähtötilanteessa ja kahdessa aikapisteessä (6 viikkoa, 12 viikkoa) Palbo-hoidon aikana. Ja he valitsevat kasvainbiopsioita varten metastaattisia BC-potilaita, joilla on stabiileja sairauksia (SD) vasteena Palbolle, ennen kuin he tietävät, olisiko etenemisen jälkeinen biopsia saatavilla. Kasvainbiopsiat tehdään WES-, RNA-Seq- ja IHC-analyyseillä. Lisäksi tutkijat aikovat kvantifioida immuunisolujen alapopulaatioiden määrän yhteensovitetuissa verinäytteissä käyttämällä virtaussytometriaa (FACS) arvioidakseen Palbo-hoidon vaikutuksia systemaattiseen immuniteettiin.

Vaikka hoidon aikana näytteet voidaan ottaa 6 viikon ja 12 viikon kuluttua Palbo-hoidon aloittamisesta, kestää keskimäärin noin 18 kuukautta, ennen kuin alun perin hoidetuilla potilailla, joilla on myöhäisen vaiheen HR+-rintasyöpä, kehittyy hankittu resistenssi. Vain arviolta 40 prosentilla uusiutuneista tapauksista biopsiat ovat onnistuneet suostumuksen puutteen tai vaikeasti operoitavien biopsioiden, kuten pelkän luumetastaasien, vuoksi. Tästä syystä tutkijat aikovat tallettaa noin 100 potilaasta esikäsittelyä edeltävät biopsiat ja verinäytteet vuoden 2018 toiseen neljännekseen mennessä kerätäkseen 40 etenemisen jälkeistä biopsiaa yhteensopivina pareina kahden vuoden aikana. FFPE-levyt tehdään kaikista kasvainbiopsioista, mukaan lukien 100 tapausta lähtötilanteessa, ja niihin tehdään H&E-värjäys. Tutkijat havaitsevat ja määrittävät TIL:t koneoppimisen ja H&E-tietojen digitaalisen kuvantamisen avulla.