Osteosarkoomapotilaiden verinäytteiden tutkimus
tiistai 17. toukokuuta 2016 päivittänyt: Children's Oncology Group
Osteosarkooman geneettisten riskitekijöiden retrospektiivinen tutkimus
Tämä tutkimustutkimus tutkii verinäytteitä potilailta, joilla on osteosarkooma.
Osteosarkoomapotilaiden verinäytteistä löydettyjen geenien tutkiminen voi auttaa lääkäreitä tunnistamaan sairauteen liittyviä biomarkkereita.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Valmis
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
ENSISIJAINEN TAVOITE:
I. Suorita laajamittainen ehdokasgeeniassosiaatiotutkimus osteosarkoomassa (OS) käyttämällä kansallisen Children's Oncology Groupin (COG) OS-biologian tutkimuksen (P9851 ja jatkotutkimus AOST06B1) tapauksia.
TOISSIJAISET TAVOITTEET:
I. Suorita OS:n genominlaajuinen assosiaatiotutkimus (GWAS). II. Tarkenna käyttöjärjestelmään liittyvät genomialueet tunnistaaksesi oletetut toiminnalliset lokukset.
III. Suorita ituradan OS-deoksiribonukleiinihappo (DNA) -näytteiden koko eksomin sekvensointi.
IV. Tutki käyttöjärjestelmään liittyvien lupaavien geneettisten varianttien toiminnallisia vaikutuksia.
YHTEENVETO:
Verinäytteille tehdään yleisten yhden nukleotidin polymorfismien ja haplotyyppien polymorfismianalyysi geneettisen variaation, geeni-geenivuorovaikutusten ja populaatiorakenteen tutkimiseksi.
Opintotyyppi
Havainnollistava
Ilmoittautuminen (Todellinen)
1000
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskelupaikat
-
-
California
-
Arcadia, California, Yhdysvallat, 91006-3776
- Children's Oncology Group
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Lapsi
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Ei
Sukupuolet, jotka voivat opiskella
Kaikki
Näytteenottomenetelmä
Todennäköisyysnäyte
Tutkimusväestö
Kaikki COG-laitoksissa havaitut osteosarkoomapotilaat ovat kelvollisia
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Verinäytteet, jotka on kerätty kliinisistä tutkimuksista COG-P9851 ja COG-AOST06B1
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Liitännäiskorrelatiivinen (osteosarkooman geneettinen riski)
Verinäytteille tehdään yleisten yhden nukleotidin polymorfismien ja haplotyyppien polymorfismianalyysi geneettisen variaation, geeni-geenivuorovaikutusten ja populaatiorakenteen tutkimiseksi.
|
Korrelatiiviset tutkimukset
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Hardy-Weinbergin tasapaino kaikilla SNP:illä
Aikaikkuna: Perustaso
|
Määritetty kaikilla SNP:illä khin neliötesteillä.
|
Perustaso
|
|
Käyttöjärjestelmään liittyvät SNP:t
Aikaikkuna: Perustaso
|
Logistista regressiota käytetään arvioimaan todennäköisyyssuhteita ja 95 %:n luottamusväliä kunkin SNP:n ja OS:n väliselle yhteydelle yhteisdominanteissa, dominanteissa ja resessiivisissä geneettisissä malleissa.
Sukupuolen, kasvaimen alatyypin ja tuloserojen tutkimiseksi tehdään ositettuja analyysejä.
|
Perustaso
|
|
Geeni-geeni vuorovaikutus
Aikaikkuna: Perustaso
|
Arvioitu multiplikatiivisella mallilla.
Haplotyyppejä konstruoidaan käyttäen sekä Bayesin algoritmeja että odotusten maksimointialgoritmeja.
Tapausten ja kontrollien väliset erot arvioidaan HaploStatsilla, joka käyttää haplotyypin posteriorisia todennäköisyyksiä painoina päivittämään regressiokertoimet iteratiivisesti.
|
Perustaso
|
|
Selviytymistulokset
Aikaikkuna: Perustaso
|
Kaplan-Meierin eloonjäämiskäyriä käytetään määrittämään lopputulos suhteessa genotyyppiin.
|
Perustaso
|
|
Koko eksomin muunnelma loci
Aikaikkuna: Perustaso
|
Jokaisen koko eksomin muunnelman lokuksen huomautukset ja suodatus suoritetaan käyttämällä mukautettua ohjelmistoputkistoa.
Vaihtoehdot >= 2 käyttöjärjestelmätapauksessa validoidaan ja sitten kopioidaan muissa käyttöjärjestelmätapauksissa (kansainvälisiltä yhteistyökumppaneilta aiemmin saadut näytteet GWAS:lle).
Varianttien esiintyminen tunnetuissa biologisesti uskottavissa reiteissä ja geeneissä arvioidaan myös.
|
Perustaso
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Sponsori
Yhteistyökumppanit
Tutkijat
- Päätutkija: Sharon Savage, MD, Children's Oncology Group
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus
Torstai 1. tammikuuta 2009
Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)
Sunnuntai 1. toukokuuta 2016
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Torstai 6. elokuuta 2009
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Torstai 6. elokuuta 2009
Ensimmäinen Lähetetty (Arvio)
Perjantai 7. elokuuta 2009
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Arvio)
Torstai 19. toukokuuta 2016
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Tiistai 17. toukokuuta 2016
Viimeksi vahvistettu
Sunnuntai 1. toukokuuta 2016
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- AOST08B1 (Muu tunniste: CTEP)
- U10CA098543 (Yhdysvaltain NIH-apuraha/sopimus)
- NCI-2011-02192 (Rekisterin tunniste: CTRP (Clinical Trial Reporting Program))
- COG-AOST08B1 (Muu tunniste: Children's Oncology Group)
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .