Badanie próbek krwi od pacjentów z kostniakomięsakiem
Retrospektywne badanie genetycznych czynników ryzyka dla kostniakomięsaka
Przegląd badań
Status
Interwencja / Leczenie
Szczegółowy opis
PODSTAWOWY CEL:
I. Przeprowadzić zakrojone na szeroką skalę badanie asocjacji genów kandydujących w przypadku kostniakomięsaka (OS) z wykorzystaniem przypadków z badania biologicznego OS prowadzonego przez National Children's Oncology Group (COG) (P9851 i następne badanie AOST06B1).
CELE DODATKOWE:
I. Przeprowadzić badanie asocjacyjne całego genomu (GWAS) OS. II. Dokładne odwzorowanie regionów genomowych związanych z OS w celu zidentyfikowania domniemanych funkcjonalnych loci.
III. Przeprowadź sekwencjonowanie całego eksomu próbek kwasu dezoksyrybonukleinowego (DNA) linii zarodkowej OS.
IV. Zbadaj funkcjonalne implikacje obiecujących wariantów genetycznych związanych z OS.
ZARYS:
Próbki krwi poddawane są analizie polimorfizmu powszechnych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów i haplotypów w celu zbadania zmienności genetycznej, interakcji gen-gen oraz struktury populacji.
Typ studiów
Zapisy (Rzeczywisty)
Kontakty i lokalizacje
Lokalizacje studiów
-
-
California
-
Arcadia, California, Stany Zjednoczone, 91006-3776
- Children's Oncology Group
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
- Dziecko
- Dorosły
- Starszy dorosły
Akceptuje zdrowych ochotników
Płeć kwalifikująca się do nauki
Metoda próbkowania
Badana populacja
Opis
Kryteria przyjęcia:
- Próbki krwi pobrane z badań klinicznych COG-P9851 i COG-AOST06B1
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
Kohorty i interwencje
Grupa / Kohorta |
Interwencja / Leczenie |
|---|---|
|
Korelacja pomocnicza (ryzyko genetyczne kostniakomięsaka)
Próbki krwi poddawane są analizie polimorfizmu powszechnych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów i haplotypów w celu zbadania zmienności genetycznej, interakcji gen-gen oraz struktury populacji.
|
Badania korelacyjne
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Równowaga Hardy'ego-Weinberga na wszystkich SNP
Ramy czasowe: Linia bazowa
|
Określono na wszystkich SNP za pomocą testów chi-kwadrat.
|
Linia bazowa
|
|
SNP związane z OS
Ramy czasowe: Linia bazowa
|
Regresja logistyczna zostanie wykorzystana do oszacowania ilorazów szans i 95% przedziałów ufności dla związku między każdym SNP a OS w ramach współdominujących, dominujących i recesywnych modeli genetycznych.
Przeprowadzone zostaną analizy warstwowe w celu zbadania płci, podtypu guza i różnic w wynikach.
|
Linia bazowa
|
|
Interakcje gen-gen
Ramy czasowe: Linia bazowa
|
Ocenione za pomocą modelu multiplikatywnego.
Haplotypy zostaną skonstruowane przy użyciu zarówno algorytmów bayesowskich, jak i algorytmów maksymalizacji oczekiwań.
Różnice między przypadkami a kontrolami zostaną ocenione za pomocą HaploStats, które wykorzystuje późniejsze prawdopodobieństwa haplotypów jako wagi do aktualizowania współczynników regresji w sposób iteracyjny.
|
Linia bazowa
|
|
Wyniki przeżycia
Ramy czasowe: Linia bazowa
|
Krzywe przeżycia Kaplana-Meiera zostaną wykorzystane do określenia wyniku w stosunku do genotypu.
|
Linia bazowa
|
|
Loci wariantu całego egzomu
Ramy czasowe: Linia bazowa
|
Adnotacja i filtrowanie każdego locus wariantu całego egzomu zostanie przeprowadzone przy użyciu niestandardowego potoku oprogramowania.
Warianty w >= 2 przypadkach OS zostaną zweryfikowane, a następnie replikowane w dodatkowych przypadkach OS (próbki otrzymane wcześniej do GWAS od międzynarodowych współpracowników).
Warianty zostaną również ocenione pod kątem obecności w znanych biologicznie prawdopodobnych szlakach i genach.
|
Linia bazowa
|
Współpracownicy i badacze
Sponsor
Współpracownicy
Śledczy
- Główny śledczy: Sharon Savage, MD, Children's Oncology Group
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów
Zakończenie podstawowe (Rzeczywisty)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Oszacować)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Oszacować)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- AOST08B1 (Inny identyfikator: CTEP)
- U10CA098543 (Grant/umowa NIH USA)
- NCI-2011-02192 (Identyfikator rejestru: CTRP (Clinical Trial Reporting Program))
- COG-AOST08B1 (Inny identyfikator: Children's Oncology Group)
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .