Kiertävän kasvainsolun molekyylidiagnostiikan kehittäminen uuden mikrofluidilaitteen avulla

Tavoitetta 1 varten otetaan kaksi 5 ml:n esikäsittelyverinäytettä ja vastaavat kasvainnäytettä NSCLC-potilailta National University Health System:stä. Näytteenotto järjestetään siten, että verinäytteet eivät ole ensimmäinen näyte ihopunktion jälkeen, jotta minimoidaan ihon epiteelisolujen kontaminaatio. Ensimmäistä verinäytettä varten CTC:t eristetään ja haetaan käyttämällä NUS:n kehittämää CTC-biosirua aiemmin kuvattujen menetelmien mukaisesti.21 Toisesta verinäytteestä CTC:t eristetään, kiinnitetään sirulle ja värjätään EpCAM:lle, CD45:lle ja DAPI:lle solujen puhtauden ja määrän arvioimiseksi. DNA uutetaan haetuista CTC:istä ja kasvainnäytteistä ja analysoidaan eksonin 19 deleetio, L858R ja T790M mutaatiot digitaalisella PCR:llä Fluidigm Biomarkilla aiemmin kuvattujen menetelmien mukaisesti.23 EGFR-mutaatiostatusta veri- ja kasvainnäytteissä verrataan sitten niiden yhteensopivuuden suhteen.

Tavoitteen 2 osalta lähestytään gefitnibillä hoidettavia NSCLC-potilaita. Kaksi 5 ml:n verinäytettä otetaan ennen hoitoa (perusarvo) ja sen jälkeen 4 viikon välein (yksi gefitinibisykli) NSCLC-potilailta National University Health Systemissä.

CTC:t hankitaan ja analysoidaan myös potilailta, jotka noudattavat toista protokollaa, jotka saavat gefitinibi/hydroksiklorokiinia. (B/08/196. Vaihe II, joka johtaa vaiheen I tutkimukseen, jossa tutkitaan hydroksiklorokiinin ja gefitinibin siedettävyyttä, turvallisuusprofiilia ja tehoa edenneen ei-pienisoluisen keuhkosyövän hoidossa.) Tässä tutkimuksessa CTC:itä kerätään jo. Tästä syystä tutkijat aikovat käyttää näytteitä B/08/196:sta CTC-analyysiin käyttämällä CTC-biosirualustaa.

Jokaista aikapistettä varten CTC:t eristetään, haetaan ja analysoidaan EGFR-mutaatiostatuksen suhteen edellä kuvatulla tavalla. Kliininen vaste määritetään käyttämällä RECIST-kriteerejä.34 Esikäsittelyä edeltävien EGFR-mutaatiotyyppien määrien ja parhaan kliinisen vasteen väliset yhteydet arvioidaan Fisherin tarkalla testillä. EGFR-mutaatiotyyppien määrien trendien ja kasvaimen koon välinen yhteys kaikkien hoitojaksojen aikana arvioidaan havainnolla Maheswaranin et al.9:n tutkimuksessa.

Tutkijat suunnittelevat analysoivansa 30 potilasta vuoden aikana tämän tutkimuksen molempien tavoitteiden saavuttamiseksi. Joissakin tapauksissa on asiaankuuluvat näytteet (verisarjanäytteet ja vastaava kasvain) molempiin tarkoituksiin. Otoskoko perustuu Maheshwaranin et al.9:n tutkimukseen ja myös sopivien koehenkilöiden todennäköiseen määrään vuoden aikana NUHS:ssä. Muutoin otoskoon arvioimiseen tarvittavat tiedot puuttuvat. Erityisesti T790M-mutaatioiden esiintymistiheys asiaankuuluvasta potilaspopulaatiosta puuttuu, mikä korostaa riittävien analyyttisten järjestelmien puutetta sen arvioimiseksi, kuten tässä tutkimuksessa ehdotettu.