Разработка молекулярной диагностики циркулирующих опухолевых клеток с использованием нового микрожидкостного устройства

Для цели 1 у пациентов с НМРЛ в системе здравоохранения Национального университета будут получены два образца крови до лечения по 5 мл и соответствующие образцы опухоли. Отбор проб будет организован таким образом, чтобы образцы крови не брались первыми после прокола кожи, чтобы свести к минимуму загрязнение эпителиальными клетками кожи. Для первого образца крови ЦОК будут выделены и извлечены с помощью биочипа ЦОК, разработанного NUS, в соответствии с методами, описанными ранее.21 Из второго образца крови будут выделены ЦОК, зафиксированы на чипе и окрашены на EpCAM, CD45 и DAPI для оценки чистоты и количества клеток. ДНК будет извлечена из извлеченных ЦОК и образцов опухоли и проанализирована делеция экзона 19, мутации L858R и T790M с помощью цифровой ПЦР на Fluidigm Biomark в соответствии с методами, описанными ранее.23 Статус мутации EGFR в образцах крови и опухоли затем будет сравниваться на предмет их соответствия.

Для Цели 2 будут предложены пациенты с НМРЛ, получающие лечение гефитнибом. Два образца крови по 5 мл будут получены перед лечением (исходный уровень), а затем каждые 4 недели лечения (один цикл гефитиниба) у пациентов с НМРЛ в системе здравоохранения Национального университета.

ЦОК также будут получены и проанализированы у пациентов по другому протоколу, получающих гефитиниб/гидроксихлорохин. (В/08/196. Фаза II с ведущим исследованием фазы I для изучения переносимости, профиля безопасности и эффективности гидроксихлорохина и гефитиниба при распространенном немелкоклеточном раке легкого.) В этом исследовании ЦОК уже собираются. Следовательно, исследователи намерены использовать образцы из B/08/196 для анализа ЦОК с использованием биочиповой платформы ЦОК.

Для каждой временной точки ЦОК будут выделять, извлекать и анализировать на статус мутации EGFR, как описано выше. Клинический ответ будет определяться с использованием критериев RECIST.34 Связь между количеством типов мутаций EGFR до лечения и лучшим клиническим ответом будет оцениваться с помощью точного теста Фишера. Связь между тенденциями количества типов мутаций EGFR и размером опухоли на протяжении всех циклов лечения будет оцениваться путем наблюдения, как это было сделано в исследовании Maheswaran et al.9

Исследователи планируют проанализировать 30 пациентов в течение одного года для обеих целей этого исследования. В некоторых случаях будут соответствующие образцы (серийные образцы крови и соответствующая опухоль) для обеих целей. Размер выборки основан на исследовании Maheshwaran et al.9, а также на вероятном количестве подходящих субъектов в течение 1 года в NUHS. В противном случае соответствующие данные для оценки размера выборки отсутствуют. В частности, отсутствует частота мутаций T790M в соответствующей популяции пациентов, что подчеркивает отсутствие адекватных аналитических систем для ее оценки, таких как предложенная в этом исследовании.