Prognostisten ja ennustavien genomisten allekirjoitusten analyysi käyttämällä arkistoituja parafiiniin upotettuja kasvainnäytteitä rintasyövässä

Opintojen tärkeimmät tavoitteet:

1. Luoda geeniekspressioon perustuva ennustelaite, joka täydentää tai ylittää rintasyövän tulosten perinteisten biomarkkerien prognostisen hyödyn.
2. Tunnistaa yksi tai useampi kliininen potilaiden alaryhmä, joille ennustelaite ylittää tai lisää merkittävästi terapeuttisia strategioita tällä hetkellä määrittävien tavanomaisten markkerien ennustekykyä.

Opintojen alatavoitteet:

1. Arvioi useiden geeniekspressiosignaatuurien prognostinen arvo, yksin ja yhdistelmänä, käyttämällä suurta ryhmää rintasyöpäpotilaita, joille on saatavilla patologia, hoito ja tulos. Ehdotetaan "koulutus"- ja "testaus"-mallia.
2. Arvioi sellaisen prognostisen laitteen käyttökelpoisuus, joka mittaa geenin ilmentymistasoja primaaristen resektoitujen kasvainten formaliinilla kiinnitetyistä parafiiniin upotetuista näytteistä (FFPE). Tutkijat käyttävät Affymetrix Quantigene 2.0 -määritystä ja/tai Illumina BeadXpress VeraCode DASL Gene Expression Assay -määritystä (FDA:n hyväksymä IVDMIA).
3. Tietyille potilaiden/kasvainten kliinisille alaryhmille tutkijat tunnistavat matemaattisesti additiiviset tai synergistiset prognostiset suhteet geenien ja geenien allekirjoitusten välillä, jotka yhdessä antavat potilaille maksimaalisen riskiennusteen (etämetastaasseista vapaa eloonjääminen).
4. Vertaa tutkijan laitteen ennustettavuutta tavanomaisiin ennustemuuttujiin, joita tällä hetkellä käytetään terapeuttisen strategian määrittämiseen.
5. Sisällytä prognostiset allekirjoitukset käytännölliseen ennustealgoritmiin, joka pyrkii sisällyttämään tavanomaiset tulosmittaukset, kuten kasvaimen koon, histologisen asteen, solmukohdan tilan, potilaan iän tai Nottingham-indeksin jne.

Tutkijat olettavat, että riittävä laatu ja määrä kasvain-RNA:ta voidaan erottaa arkistoiduista parafiiniin upotetuista kasvainnäytteistä geeniekspression profilointia varten ja että arkistoituja kasvainperäisiä genomisia allekirjoituksia voidaan käyttää rintasyövän ennustajina tai ennustajina.