Analiza prognostycznych i predykcyjnych sygnatur genomowych przy użyciu archiwalnych próbek guzów zatopionych w parafinie w raku piersi

Główne cele studiów:

1. Stworzenie urządzenia prognostycznego opartego na ekspresji genów, które uzupełnia lub przewyższa przydatność prognostyczną konwencjonalnych biomarkerów wyniku raka piersi.
2. Aby zidentyfikować jedną lub więcej podgrup klinicznych pacjentów, dla których urządzenie prognostyczne przewyższa lub znacznie zwiększa skuteczność prognostyczną konwencjonalnych markerów, które obecnie określają strategie terapeutyczne.

Cele cząstkowe studiów:

1. Oceń wartość prognostyczną sygnatur ekspresji wielu genów, pojedynczo iw połączeniu, używając dużej kohorty pacjentów z rakiem piersi, dla których dostępna jest patologia, leczenie i wyniki. Zaproponowano projekt „szkolenia” i „testowania”.
2. Ocenić użyteczność urządzenia prognostycznego, które mierzy poziomy ekspresji genów z utrwalonych w formalinie próbek zatopionych w parafinie (FFPE) pierwotnych wyciętych guzów. Badacze wykorzystają test Affymetrix Quantigene 2.0 i/lub test Illumina BeadXpress VeraCode DASL Gene Expression Assay (zatwierdzony przez FDA IVDMIA).
3. W przypadku określonych klinicznych podgrup pacjentów/nowotworów badacze matematycznie zidentyfikują addytywne lub synergistyczne prognostyczne relacje między genami i sygnaturami genów, które w połączeniu zapewnią maksymalne przewidywanie ryzyka (przeżycie bez odległych przerzutów) dla pacjentów.
4. Porównaj użyteczność prognostyczną urządzenia badacza z konwencjonalnymi zmiennymi prognostycznymi, które są obecnie wykorzystywane do określenia strategii terapeutycznej.
5. Włącz sygnatury prognostyczne do praktycznego algorytmu prognostycznego, który stara się uwzględnić konwencjonalne miary wyniku, takie jak rozmiar guza, stopień histologiczny, stan węzłów chłonnych, wiek pacjenta lub wskaźnik Nottingham itp.

Badacze stawiają hipotezę, że odpowiednią jakość i ilość RNA guza można wyekstrahować z archiwalnych próbek guza zatopionych w parafinie w celu profilowania ekspresji genów, a archiwalne sygnatury genomowe pochodzące z guza można wykorzystać jako prognostyki lub czynniki predykcyjne w raku piersi.