Analys av prognostiska och prediktiva genomiska signaturer med hjälp av arkiverade paraffininbäddade tumörprover i bröstcancer

Huvudmål för studien:

1. Att skapa en genuttrycksbaserad prognostisk enhet som kompletterar eller överträffar den prognostiska användbarheten av konventionella biomarkörer för bröstcancerutfall.
2. Att identifiera en eller flera kliniska undergrupper av patienter för vilka den prognostiska enheten överträffar, eller väsentligt ökar, den prognostiska prestandan för konventionella markörer som för närvarande bestämmer terapeutiska strategier.

Delmål för studien:

1. Bedöm det prognostiska värdet av de multipla genuttryckssignaturerna, ensamma och i kombination, med hjälp av en stor kohort av bröstcancerpatienter för vilka patologi, behandling och resultat är tillgängligt. En "tränings"- och "testning"-design föreslås.
2. Utvärdera användbarheten av en prognostisk enhet som mäter genuttrycksnivåer från formalinfixerade paraffininbäddade prover (FFPE) från primära resekerade tumörer. Utredarna kommer att använda Affymetrix Quantigene 2.0-analysen och/eller Illumina BeadXpress VeraCode DASL-genuttrycksanalysen (FDA-godkänd IVDMIA.)
3. För specifika kliniska undergrupper av patienter/tumörer kommer utredarna matematiskt att identifiera additiva eller synergistiska prognostiska samband mellan gener och gensignaturer som i kombination kommer att ge maximal riskförutsägelse (överlevnad utan metastaser på avstånd) för patienter.
4. Jämför den prognostiska användbarheten av utredarens enhet med den för de konventionella prognostiska variablerna som för närvarande används för att bestämma terapeutisk strategi.
5. Införliva de prognostiska signaturerna i en praktisk prognosalgoritm som strävar efter att inkludera konventionella resultatmått såsom tumörstorlek, histologisk grad, nodalstatus, patientålder eller Nottingham-index, etc.

Utredarna antar att adekvat kvalitet och kvantitet av tumör-RNA kan extraheras från arkivala paraffininbäddade tumörprover för genuttrycksprofilering, och att arkivtumörhärledda genomiska signaturer kan användas som prognostatorer eller prediktorer vid bröstcancer.