Analyse af prognostiske og forudsigelige genomiske signaturer ved hjælp af arkiverede paraffinindlejrede tumorprøver i brystkræft

Hovedformål med studiet:

1. At skabe en genekspressionsbaseret prognostisk enhed, der komplementerer eller overgår den prognostiske nytte af konventionelle biomarkører for brystkræftudfald.
2. At identificere en eller flere kliniske undergrupper af patienter, for hvilke den prognostiske enhed udkonkurrerer eller væsentligt øger den prognostiske ydeevne af konventionelle markører, som i øjeblikket bestemmer terapeutiske strategier.

Undersøgelsens delmål:

1. Vurder den prognostiske værdi af de multiple genekspressionssignaturer, alene og i kombination, ved hjælp af en stor kohorte af brystkræftpatienter, for hvilke patologi, behandling og udfald er tilgængelig. Der foreslås et "trænings"- og "test"-design.
2. Evaluer anvendeligheden af ​​en prognostisk enhed, der måler genekspressionsniveauer fra formalinfikserede paraffinindlejrede prøver (FFPE'er) af primære resekerede tumorer. Efterforskerne vil bruge Affymetrix Quantigene 2.0-analysen og/eller Illumina BeadXpress VeraCode DASL-genekspressionsanalysen (FDA-godkendt IVDMIA.)
3. For specifikke kliniske undergrupper af patienter/tumorer vil efterforskerne matematisk identificere additive eller synergistiske prognostiske forhold mellem gener og gensignaturer, der i kombination vil give maksimal risikoforudsigelse (fjernmetastaserfri overlevelse) for patienter.
4. Sammenlign den prognostiske nytte af efterforskerens enhed med den for de konventionelle prognostiske variabler, der i øjeblikket bruges til at bestemme terapeutisk strategi.
5. Inkorporer de prognostiske signaturer i en praktisk prognosealgoritme, der søger at inkludere konventionelle mål for udfaldet såsom tumorstørrelse, histologisk karakter, nodalstatus, patientalder eller Nottingham-indeks osv.

Efterforskerne antager, at tilstrækkelig kvalitet og kvantitet af tumor-RNA kan udvindes fra arkivparaffinindlejrede tumorprøver til genekspressionsprofilering, og at arkivtumor-afledte genomiske signaturer kan bruges som prognostatorer eller forudsigere i brystkræft.