Analyse prognostischer und prädiktiver genomischer Signaturen unter Verwendung archivierter, in Paraffin eingebetteter Tumorproben bei Brustkrebs

Hauptziele des Studiums:

1. Entwicklung eines auf Genexpression basierenden Prognosegeräts, das den prognostischen Nutzen herkömmlicher Biomarker für den Ausgang von Brustkrebs ergänzt oder übertrifft.
2. Ziel ist es, eine oder mehrere klinische Untergruppen von Patienten zu identifizieren, bei denen das Prognosegerät die Prognoseleistung herkömmlicher Marker, die derzeit die Therapiestrategien bestimmen, übertrifft oder diese wesentlich steigert.

Unterziele des Studiums:

1. Bewerten Sie den prognostischen Wert der multiplen Genexpressionssignaturen, allein und in Kombination, anhand einer großen Kohorte von Brustkrebspatientinnen, für die Pathologie, Behandlung und Ergebnis verfügbar sind. Es wird ein „Trainings-“ und „Test“-Design vorgeschlagen.
2. Bewerten Sie den Nutzen eines Prognosegeräts, das die Genexpressionsniveaus von formalinfixierten, in Paraffin eingebetteten Proben (FFPEs) von primär resezierten Tumoren misst. Die Forscher werden den Affymetrix Quantigene 2.0 Assay und/oder den Illumina BeadXpress VeraCode DASL Gene Expression Assay (FDA-zugelassener IVDMIA) verwenden.
3. Für bestimmte klinische Untergruppen von Patienten/Tumoren werden die Forscher mathematisch additive oder synergistische prognostische Beziehungen zwischen Genen und Gensignaturen identifizieren, die in Kombination eine maximale Risikovorhersage (Überleben ohne Fernmetastasen) für Patienten ergeben.
4. Vergleichen Sie den prognostischen Nutzen des Prüfgeräts mit dem der herkömmlichen Prognosevariablen, die derzeit zur Festlegung der Therapiestrategie verwendet werden.
5. Integrieren Sie die prognostischen Signaturen in einen praktischen Prognosealgorithmus, der herkömmliche Ergebnismaße wie Tumorgröße, histologischen Grad, Knotenstatus, Patientenalter oder Nottingham-Index usw. einbeziehen soll.

Die Forscher gehen davon aus, dass Tumor-RNA in ausreichender Qualität und Quantität aus archivierten, in Paraffin eingebetteten Tumorproben für die Genexpressionsprofilierung extrahiert werden kann und dass archivierte, von Tumoren abgeleitete genomische Signaturen als Prognostiker oder Prädiktoren bei Brustkrebs verwendet werden können.