Análise de assinaturas genômicas prognósticas e preditivas usando amostras de tumor embebidas em parafina de arquivo no câncer de mama

Objetivos principais do estudo:

1. Criar um dispositivo prognóstico baseado na expressão gênica que complemente ou exceda a utilidade prognóstica dos biomarcadores convencionais do resultado do câncer de mama.
2. Identificar um ou mais subgrupos clínicos de pacientes para os quais o dispositivo prognóstico supera ou aumenta substancialmente o desempenho prognóstico de marcadores convencionais que atualmente determinam as estratégias terapêuticas.

Sub-objetivos do estudo:

1. Avalie o valor prognóstico das múltiplas assinaturas de expressão gênica, sozinhas e em combinação, usando uma grande coorte de pacientes com câncer de mama para as quais a patologia, o tratamento e o resultado estão disponíveis. Um design de "treinamento" e "teste" é proposto.
2. Avalie a utilidade de um dispositivo prognóstico que mede os níveis de expressão gênica de espécimes fixados em formalina e embebidos em parafina (FFPEs) de tumores primários ressecados. Os investigadores utilizarão o ensaio Affymetrix Quantigene 2.0 e/ou o ensaio de expressão gênica Illumina BeadXpress VeraCode DASL (IVDMIA aprovado pela FDA).
3. Para subgrupos clínicos específicos de pacientes/tumores, os investigadores identificarão matematicamente relações prognósticas aditivas ou sinérgicas entre genes e assinaturas de genes que, em combinação, produzirão previsão de risco máximo (sobrevida livre de metástases à distância) para os pacientes.
4. Compare a utilidade prognóstica do dispositivo do investigador com as variáveis ​​prognósticas convencionais que são usadas atualmente para determinar a estratégia terapêutica.
5. Incorpore as assinaturas de prognóstico em um algoritmo de prognóstico prático que procura incluir medidas convencionais de resultado, como tamanho do tumor, grau histológico, estado nodal, idade do paciente ou índice de Nottingham, etc.

Os investigadores levantam a hipótese de que qualidade e quantidade adequadas de RNA tumoral podem ser extraídas de espécimes de tumor embebidos em parafina para criação de perfil de expressão gênica, e que assinaturas genômicas derivadas de tumores de arquivo podem ser usadas como prognósticos ou preditores no câncer de mama.