Análisis de firmas genómicas pronósticas y predictivas utilizando muestras tumorales incluidas en parafina de archivo en cáncer de mama

Principales objetivos de estudio:

1. Crear un dispositivo de pronóstico basado en la expresión génica que complemente o supere la utilidad de pronóstico de los biomarcadores convencionales del resultado del cáncer de mama.
2. Identificar uno o más subgrupos clínicos de pacientes para los que el dispositivo de pronóstico supera, o aumenta sustancialmente, el rendimiento de pronóstico de los marcadores convencionales que actualmente determinan las estrategias terapéuticas.

Subobjetivos de estudio:

1. Evaluar el valor pronóstico de las múltiples firmas de expresión génica, solas y en combinación, utilizando una gran cohorte de pacientes con cáncer de mama para las que se dispone de patología, tratamiento y resultado. Se propone un diseño de "entrenamiento" y "prueba".
2. Evaluar la utilidad de un dispositivo de pronóstico que mide los niveles de expresión génica de muestras incluidas en parafina fijadas con formalina (FFPE) de tumores primarios resecados. Los investigadores utilizarán el ensayo Affymetrix Quantigene 2.0 y/o el ensayo de expresión génica Illumina BeadXpress VeraCode DASL (IVDMIA aprobado por la FDA).
3. Para subgrupos clínicos específicos de pacientes/tumores, los investigadores identificarán matemáticamente las relaciones de pronóstico aditivas o sinérgicas entre los genes y las firmas genéticas que, en combinación, producirán la máxima predicción del riesgo (supervivencia sin metástasis a distancia) para los pacientes.
4. Compare la utilidad pronóstica del dispositivo de los investigadores con la de las variables pronósticas convencionales que se utilizan actualmente para determinar la estrategia terapéutica.
5. Incorpore las firmas de pronóstico en un algoritmo de pronóstico práctico que busque incluir medidas convencionales de resultado, como el tamaño del tumor, el grado histológico, el estado de los ganglios, la edad del paciente o el índice de Nottingham, etc.

Los investigadores plantean la hipótesis de que la calidad y la cantidad adecuadas de ARN tumoral pueden extraerse de muestras tumorales incrustadas en parafina de archivo para el perfil de expresión génica, y que las firmas genómicas derivadas de tumores de archivo pueden usarse como pronosticadores o predictores en el cáncer de mama.