Analisi delle firme genomiche prognostiche e predittive utilizzando campioni tumorali inclusi in paraffina d'archivio nel carcinoma mammario

Principali obiettivi di studio:

1. Creare un dispositivo prognostico basato sull'espressione genica che integri o superi l'utilità prognostica dei biomarcatori convenzionali dell'esito del cancro al seno.
2. Identificare uno o più sottogruppi clinici di pazienti per i quali il dispositivo prognostico supera, o si aggiunge sostanzialmente, alle prestazioni prognostiche dei marcatori convenzionali che attualmente determinano le strategie terapeutiche.

Sotto-obiettivi di studio:

1. Valutare il valore prognostico delle molteplici firme di espressione genica, da sole e in combinazione, utilizzando un'ampia coorte di pazienti con carcinoma mammario per le quali sono disponibili patologia, trattamento ed esito. Viene proposto un progetto di "formazione" e "sperimentazione".
2. Valutare l'utilità di un dispositivo prognostico che misura i livelli di espressione genica da campioni inclusi in paraffina fissati in formalina (FFPE) di tumori resecati primari. Gli investigatori utilizzeranno il saggio Affymetrix Quantigene 2.0 e/o il saggio di espressione genica DASL Illumina BeadXpress VeraCode (approvato dalla FDA IVDMIA).
3. Per specifici sottogruppi clinici di pazienti/tumori, i ricercatori identificheranno matematicamente relazioni prognostiche additive o sinergiche tra geni e firme geniche che, in combinazione, produrranno la massima previsione del rischio (sopravvivenza libera da metastasi a distanza) per i pazienti.
4. Confrontare l'utilità prognostica del dispositivo dei ricercatori con quella delle variabili prognostiche convenzionali attualmente utilizzate per determinare la strategia terapeutica.
5. Incorporare le firme prognostiche in un algoritmo di prognosi pratico che cerchi di includere misure convenzionali di esito come dimensioni del tumore, grado istologico, stato linfonodale, età del paziente o indice di Nottingham, ecc.

I ricercatori ipotizzano che un'adeguata qualità e quantità di RNA tumorale possano essere estratte da campioni di tumore inclusi in paraffina d'archivio per la profilazione dell'espressione genica e che le firme genomiche derivate dal tumore d'archivio possano essere utilizzate come pronostici o predittori nel cancro al seno.