Analyse av prognostiske og prediktive genomiske signaturer ved bruk av arkivparafininnstøpte tumorprøver i brystkreft

Hovedmål med studiet:

1. Å lage en genekspresjonsbasert prognostisk enhet som utfyller eller overgår den prognostiske nytten til konvensjonelle biomarkører for brystkreftutfall.
2. Å identifisere en eller flere kliniske undergrupper av pasienter der den prognostiske enheten overgår, eller vesentlig øker, den prognostiske ytelsen til konvensjonelle markører som for tiden bestemmer terapeutiske strategier.

Delmål for studiet:

1. Vurder den prognostiske verdien av de multiple genekspresjonssignaturene, alene og i kombinasjon, ved å bruke en stor kohort av brystkreftpasienter som patologi, behandling og utfall er tilgjengelig for. Det foreslås en "trenings"- og "testing"-design.
2. Evaluer nytten av en prognostisk enhet som måler genekspresjonsnivåer fra formalinfikserte parafininnstøpte prøver (FFPEs) av primære resekerte svulster. Etterforskerne vil bruke Affymetrix Quantigene 2.0-analysen og/eller Illumina BeadXpress VeraCode DASL-genekspresjonsanalysen (FDA-godkjent IVDMIA.)
3. For spesifikke kliniske undergrupper av pasienter/svulster, vil etterforskerne matematisk identifisere additive eller synergistiske prognostiske forhold mellom gener og gensignaturer som i kombinasjon vil gi maksimal risikoprediksjon (fjernmetastaserfri overlevelse) for pasienter.
4. Sammenlign den prognostiske nytten av etterforskerens enhet med den til de konvensjonelle prognostiske variablene som for tiden brukes til å bestemme terapeutisk strategi.
5. Inkorporer de prognostiske signaturene i en praktisk prognosealgoritme som søker å inkludere konvensjonelle mål for utfall som tumorstørrelse, histologisk karakter, nodalstatus, pasientalder eller Nottingham-indeks, etc.

Etterforskerne antar at tilstrekkelig kvalitet og mengde av tumor-RNA kan ekstraheres fra arkivparafininnstøpte tumorprøver for genuttrykksprofilering, og at arkivsvulstavledede genomiske signaturer kan brukes som prognostatorer eller prediktorer ved brystkreft.