SynapDx Autism Gene Expression Analysis Study (STORY) (STORY)
SynapDx autismispektrihäiriön geeniekspressioanalyysitutkimus
Tähän tutkimukseen otetaan mahdollisesti mukaan noin 880 vähintään 18 kuukauden ja alle 60 kuukauden ikäistä lasta, jotka on lähetetty lasten kehityksen arviointikeskukseen. Ilmoittautuneilta lapsilta otetaan verikoe RNA-geenin ilmentymisanalyysiä ja valinnaisesti metaboliitti-, lipidi- ja DNA-analyysiä varten, ja heille tehdään kliininen arviointi ASD-diagnoosin olemassaolon tai puuttumisen määrittämiseksi.
Tämän tutkimuksen ensisijainen tavoite on:
- Kehittää algoritmi veren RNA-geenin ilmentymismallien luokittelemiseksi maksimoimaan luokituksen ja autismispektrihäiriöiden (ASD) olemassaolon tai puuttumisen kliinisen arvioinnin välillä.
Tämän tutkimuksen toissijaiset tavoitteet ovat:
- Kehittää algoritmi plasmametaboliitin ja/tai lipidiprofiilien luokittelemiseksi siten, että luokituksen ja ASD:n esiintymisen tai puuttumisen kliinisen arvioinnin välinen yhteensopivuus maksimoidaan.
- Plasman metaboliitin ja/tai lipidiprofiilin luokittelualgoritmin kliinisen herkkyyden ja spesifisyyden arvioiminen prospektiivisesti erillisessä populaatiossa, joka koostuu lapsista, jotka on lähetetty kehitysarviointiklinikalle mahdollisen kehityshäiriön (DD) vuoksi.
- Arvioida kliinistä herkkyyttä ja spesifisyyttä erilaisten geenien ilmentymisen allekirjoitusten, metaboliittien ja/tai lipidien allekirjoitusten yhdistelmien sekä kromosomaalisella mikrosiruanalyysillä (CMA) tai genomin proteiinia koodaavien alueiden sekvensoinnilla havaitun ASD:hen liittyvän geneettisen variaation esiintymisen.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Ehdot
Yksityiskohtainen kuvaus
Tämän tutkimuksen ensisijaisena tavoitteena on määrittää ASD:tä osoittava geeniekspression allekirjoitus ja määrittää sen kliininen herkkyys ja spesifisyys. Kliinikon ASD-diagnoosi tehdään käyttämällä DSM-5:tä vertailustandardina. Laajalti käytetty diagnostinen instrumentti Autism Diagnostic Observation Schedule (ADOS-2) on ASD-diagnoosin saaneen lapsen kliinisen arvioinnin tyypillinen osa, ja tämä arviointi suoritetaan kaikille tutkimuksen osallistujille. Tämän tutkimuksen toissijaiset tavoitteet ovat (1) määrittää ASD:tä osoittavat metaboliitti- ja lipidisignatuurit ja määrittää niiden kliininen herkkyys ja spesifisyys ja (2) määrittää geenin ilmentymisen allekirjoituksen, metaboliitin ja/tai lipidien allekirjoitusten eri yhdistelmien kliininen herkkyys ja spesifisyys, ja CMA:n havaitseman ASD:hen liittyvän geneettisen variaation esiintyminen ja genomin proteiinia koodaavien alueiden sekvensointi
Analyysit: Analyysin yksityiskohdat määritellään tilastollisessa analyysisuunnitelmassa (SAP), joka sisältää menettelyt poikkeavien, puuttuvien tietojen ja eri toimipaikkojen erojen käsittelemiseksi. Päätutkijoista koostuva komitea (PI) tarkistaa ja hyväksyy SAP:n ennen validointisarjan sokeuden poistamista.
Ensisijaiset analyysit: Tutkimuksen ensisijaiset tulokset ovat arviot SDX-002-testin kliinisestä herkkyydestä ja spesifisyydestä koehenkilöiden luokittelemiseksi DSM-5 ASD-diagnoosin mukaan ja niihin liittyvät 95 %:n luottamusvälit. Herkkyys ja spesifisyys arvioidaan validointivaiheen populaatiossa DSM-5:n (julkaistu toukokuussa 2013) autismispektrihäiriön olemassaolon tai puuttumisen kliinisen diagnoosin perusteella.
Geenin ilmentymisallekirjoitus opetetaan 500 kohteen kehitysvaihesarjassa käyttämällä 5-kertaista ristiinvalidointia useiden koneoppimisalgoritmien tuloksiin, mukaan lukien osittaiset pienimmän neliösummat, tukivektorikoneet ja tehostetut päätöspuut. Harjoitusmenettely luo arvioidut ROC-käyrät kullekin menetelmälle sekä luottamusvälit käyrän alla olevalle alueelle (AUC). Lopullinen koneoppimisalgoritmin valinta perustuu AUC-arvoon sekä arvioituun suorituskykyyn valitussa ROC-käyrän toimintapisteessä. Toimintapiste valitaan tarjoamaan korkea herkkyys hyväksyttävällä spesifisyydellä.
Toissijaiset analyysit: Suurin osa tähän mennessä ilmoittautuneista potilaista sai suostumuksen valinnaisen biovarastonäytteen keräämiseen. Biovaraston näytteiden suunniteltu analyysi on nyt vahvistettu (katso myös edellä luetellut toissijaiset tavoitteet). Metaboliset ja lipomiset allekirjoitukset arvioidaan samalla tavalla kehitysvaiheen joukon 500 koehenkilön alajoukossa, jotka suostuvat biovarastonäytteeseen. Geeniekspressiosignatuurin lisäksi metaboliitti- ja/tai lipidisignatuurit ja DNA-analyysi yhdistetään geenin ilmentymissignatuuriin eri konfiguraatioissa ja näiden lisätoimenpiteiden vaikutus kliiniseen herkkyyteen ja spesifisyyteen arvioidaan. Jos nämä lisämetaboliset/lipomiset allekirjoitukset ja/tai DNA-analyysit parantavat testin suorituskykyä, nämä elementit voidaan sisällyttää SDX-002-määritykseen.
Lopullisen SDX-002-määrityksen herkkyys ja spesifisyys arvioidaan myös alapopulaatioiden kesken demografisten tietojen ja kehitystestien tulosten perusteella. Monissa näistä alapopulaatioista on todennäköisesti vähän koehenkilöitä, ja tulosten tulkinnassa noudatetaan varovaisuutta. Suunnitellut alapopulaatioanalyysit sisältävät sukupuolen, iän, etnisen taustan, ASD DSM-IV-TR -diagnostiikan alakategorian, DSM-5 ASD:n vakavuustason (sosiaalinen viestintä ja rajoitetut kiinnostuksen kohteet/toistuva käyttäytyminen) ja ADOS-2-pisteet.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Odotettu)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskelupaikat
-
-
Alberta
-
Edmonton, Alberta, Kanada, T5G 0B7
- Glenrose Rehabilitation Hospital
-
-
Ontario
-
Toronto, Ontario, Kanada, M4G 1R8
- Holland Bloorview Kids Rehabilitation Hospital
-
-
-
-
Arizona
-
Scottsdale, Arizona, Yhdysvallat, 85254
- Melmed Center
-
-
California
-
Long Beach, California, Yhdysvallat, 90806
- Miller Children's Hospital
-
Sacramento, California, Yhdysvallat, 95817
- UC Davis MIND Institute
-
-
Georgia
-
Decatur, Georgia, Yhdysvallat, 30033
- Emory University
-
-
Illinois
-
Chicago, Illinois, Yhdysvallat, 60612
- Rush Medical Center
-
-
Indiana
-
Indianapolis, Indiana, Yhdysvallat, 46202
- Riley Hospital for Children
-
-
Massachusetts
-
Boston, Massachusetts, Yhdysvallat, 02115
- Children's Hospital Boston
-
Lexington, Massachusetts, Yhdysvallat, 02421
- Lurie Center Massachusetts General Hospital
-
-
New York
-
New York, New York, Yhdysvallat, 10029
- Mount Sinai School of Medicine/Seaver Center
-
Staten Island, New York, Yhdysvallat, 10314
- Institute for Behavioral Research on Staten Island
-
-
North Carolina
-
Chapel Hill, North Carolina, Yhdysvallat, 27517
- University of North Carolina at Chapel Hill
-
-
Ohio
-
Cincinnati, Ohio, Yhdysvallat, 45229
- Cincinnati Children's Hospital Medical Center
-
Columbus, Ohio, Yhdysvallat, 43205
- Nationwide Children's Hospital
-
-
Pennsylvania
-
Philadelphia, Pennsylvania, Yhdysvallat, 19104
- Children's Hospital of Philadelphia
-
-
South Carolina
-
Charleston, South Carolina, Yhdysvallat, 29425
- Medical University of South Carolina
-
-
Tennessee
-
Nashville, Tennessee, Yhdysvallat, 37212
- Vanderbilt University
-
-
Texas
-
Houston, Texas, Yhdysvallat, 77054
- Baylor College of Medicine/Texas Children's Hospital
-
-
Washington
-
Seattle, Washington, Yhdysvallat, 98121
- Seattle Children's
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Sukupuolet, jotka voivat opiskella
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Lähetetty kehitysarviointikeskukseen mahdollisen kehityshäiriön arvioimiseksi, lukuun ottamatta yksittäisiä motorisia ongelmia.
- Vähintään 18 kuukautta ja alle 60 kuukautta.
- Vanhempalle/huoltajalle on ilmoitettu tutkimuksesta ja hän on allekirjoittanut tietoisen suostumuslomakkeen.
Poissulkemiskriteerit:
- Aiempi luotettava autismispektrihäiriön diagnoosi (esim. Monitieteisen ryhmän suorittama ennakkoarviointi on jo luotettavasti määrittänyt autismispektrihäiriön diagnoosin).
- Ei pysty tai halua suorittaa opintoja.
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
|---|
|
Kehitysryhmä
Kehitysvaiheessa analyyseja tehdään, kunnes luokitusalgoritmi on valmis.
|
|
Validointiryhmä
Validointivaiheessa arvioidaan lopullisen luokittelualgoritmin suorituskykyä 300 koehenkilössä.
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Aikaikkuna |
|---|---|
|
RNA-geenin ilmentyminen ääreisveressä
Aikaikkuna: 30 päivän sisällä keräyksestä
|
30 päivän sisällä keräyksestä
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Aikaikkuna |
|---|---|
|
Metaboliitit, lipidit ja DNA:n vaihtelut ääreisveressä
Aikaikkuna: 30 päivän sisällä keräyksestä
|
30 päivän sisällä keräyksestä
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Tutkijat
- Opintojohtaja: Barbara Rathmell, MD, SynapDx Corp
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus
Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)
Opintojen valmistuminen (Todellinen)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Arvio)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Arvio)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- 12002 (Rekisterin tunniste: DAIDS-ES)
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .