Estudio de análisis de la expresión génica del autismo SynapDx (STORY) (STORY)

El objetivo principal de este estudio es definir una firma de expresión génica indicativa de TEA y establecer su sensibilidad y especificidad clínicas. El diagnóstico clínico de TEA se realizará utilizando el DSM-5 como instrumento estándar de referencia. El instrumento de diagnóstico ampliamente utilizado Programa de observación de diagnóstico de autismo (ADOS-2) es un componente típico de la evaluación clínica para un niño diagnosticado con ASD y esta evaluación se realizará en todos los participantes del estudio. Los objetivos secundarios de este estudio son (1) definir firmas de metabolitos y lípidos indicativas de TEA y establecer su sensibilidad y especificidad clínica y (2) determinar la sensibilidad y especificidad clínicas de varias combinaciones de firmas de expresión génica, firmas de metabolitos y/o lípidos, y presencia de variación genética asociada a ASD detectada por CMA y secuenciación de regiones codificantes de proteínas del genoma

Análisis: Los detalles del análisis se especificarán en un Plan de análisis estadístico (SAP), que incluirá procedimientos para manejar valores atípicos, datos faltantes y diferencias entre sitios. El SAP será revisado y aprobado por un comité de investigadores principales (PI) antes de revelar el conjunto de validación.

Análisis primarios: los resultados primarios del estudio serán las estimaciones de la sensibilidad clínica y la especificidad de la prueba SDX-002 para clasificar a los sujetos según el diagnóstico de TEA del DSM-5, con intervalos de confianza del 95 % asociados. La sensibilidad y la especificidad se evaluarán en la población de la fase de validación en función del acuerdo con el diagnóstico clínico de presencia o ausencia de trastorno del espectro autista según el DSM-5 (publicado en mayo de 2013).

La firma de expresión génica se entrenará en el conjunto de fase de desarrollo de 500 sujetos, utilizando una validación cruzada de 5 veces sobre los resultados de varios algoritmos de aprendizaje automático, incluidos mínimos cuadrados parciales, máquinas de vectores de soporte y árboles de decisión potenciados. El procedimiento de entrenamiento generará curvas ROC estimadas para cada método, así como intervalos de confianza para el área bajo la curva (AUC). La elección final de un algoritmo de aprendizaje automático se basará en el AUC, así como en el rendimiento estimado en el punto operativo elegido en la curva ROC. El punto de operación se elegirá para proporcionar una alta sensibilidad con una especificidad aceptable.

Análisis secundarios: en la mayoría de los pacientes inscritos hasta la fecha, se obtuvo el consentimiento para la recolección de una muestra de biorrepositorio opcional. Ahora se ha establecido el análisis previsto de las muestras del biorrepositorio (consulte también los objetivos secundarios enumerados anteriormente). Las firmas metabolómicas y lipómicas se evaluarán de manera similar en el subconjunto de los 500 sujetos en el conjunto de la Fase de desarrollo que consientan en una muestra de biorrepositorio. Además de la firma de expresión génica, las firmas de metabolitos y/o lípidos y el análisis de ADN se combinarán con la firma de expresión génica en varias configuraciones y se evaluará el impacto de estas medidas adicionales en la sensibilidad y especificidad clínicas. Si estas firmas metabolómicas/lipómicas y/o análisis de ADN adicionales mejoran el rendimiento de la prueba, estos elementos pueden incluirse en el ensayo SDX-002.

La sensibilidad y la especificidad del ensayo SDX-002 final también se evaluarán entre las subpoblaciones utilizando información demográfica y los resultados de las pruebas de desarrollo. Es probable que haya pocos sujetos en muchas de estas subpoblaciones y se utilizará precaución al interpretar los resultados. Los análisis de subpoblación planificados incluyen género, edad, etnia, subcategoría diagnóstica de TEA DSM-IV-TR, nivel de gravedad de TEA DSM-5 (comunicación social e intereses restringidos/comportamientos repetitivos) y puntajes ADOS-2.