Sieni-infektiot potilailla, joilla on hematologisia pahanlaatuisia kasvaimia

Hematologisia pahanlaatuisia kasvaimia sairastavilla potilailla on lisääntynyt infektioriski, ei pelkästään pahanlaatuisen kasvaimen takia, vaan myös intensiivisen kemoterapian aiheuttaman neutropenian ja sen sytotoksisen vaikutuksen vuoksi ruoansulatuskanavan soluihin [1].

Invasiivinen sieni-infektio (IFI) aiheuttaa sairastuvuutta ja kuolleisuutta potilailla, joilla on hematologinen maligniteetti.

IFI:n ilmaantuvuus on lisääntynyt maailmanlaajuisesti viimeisen kahden vuosikymmenen aikana[2]. Tärkeitä IFI:n riskitekijöitä ovat neutropenia <500 neutrofiilejä/ml yli 10 päivää, luuytimensiirto, pitkittynyt (> 4 vk) kortikosteroidihoito; pitkittynyt (> 7 päivää) oleskelu tehohoidossa, kemoterapiassa, HIV-infektiossa, invasiivisissa lääketieteellisissä toimenpiteissä ja uudemmissa immuunivastetta heikentävissä lääkkeissä. Muita riskitekijöitä ovat aliravitsemus, kiinteä elinsiirto, vakavat palovammat ja suuret leikkaukset [3].

Invasiivinen aspergilloosi (IA) ja invasiivinen kandidiaasi ovat tärkeimmät verenkierron infektioihin liittyvät invasiiviset sienitaudit. Vaikka invasiiviset hiivat, kuten Candida spp., ja homeet, kuten Aspergillus spp., ovat vallitsevia IFI:n patogeenejä, muita harvinaisia ​​ja vaikeasti hoidettavia homeita, kuten Mucorales, Fusarium spp. ja phaeohyphomycetes, on ilmaantunut potilaat, joilla on hematologisia pahanlaatuisia kasvaimia [4].

Oikean antifungaalisen hoidon varhaisella aloituksella on osoitettu olevan suora vaikutus potilaan lopputulokseen[5]. Sienilääkkeiden lisääntynyt käyttö on aiheuttanut suurempaa selektiivistä painetta sienikannoille, ja resistenssiä on syntynyt kahdella tavalla: useat lajit ovat kehittäneet sekundaariresistenssiä ja herkät lajit on korvattu vastustuskykyisillä, mikä on muuttanut sieni-infektioiden epidemiologiaa[6]. Yleisimpiä sienilääkeresistenssin mekanismeja ovat muutokset biosynteesireiteissä, joihin lääkkeet kohdistuvat [7]. Genomitekniikka ja DNA-mikrosirujen käyttö ovat helpottaneet uusien sienilääkkeiden kohteiden tunnistamista[8]. Resistenssimekanismien molekyylien ymmärtäminen voi tunnistaa sienigeenit, joissa on resistenssiin liittyviä mutaatioita. Erg11/Cyp51:n (atsolikohteet) muutosten välittämää resistenssiä on dokumentoitu laajasti, mikä sisältää joko mutaatioita tai niiden geenien lisääntymistä Candida- tai Aspergillus-lajeissa [9]. CDR1:n, CDR2:n ja MDR1:n lisääntyvä säätely on osoitettu atsoliresistentissä C. albicansissa [10]. Genomisekvensointi voi kirjoittaa tunnettuja lääkeresistenssimutaatioita, joissakin tapauksissa viittaamalla siihen, eivätkö tietyt lääkkeet pysty hallitsemaan infektiota. Koko genomivariantteja voitaisiin seuloa pistemutaatioiden varalta tietyissä lääkekohteissa, jotka korreloivat voimakkaasti resistenssin kanssa. esimerkiksi spesifiset mutaatiot atsolilääkkeiden kohteissa [11] tai transkriptiotekijöissä, jotka säätelevät lääkkeen ulosvirtauksen kuljettajien ilmentymistä [12], voidaan tunnistaa koko genomisekvenssitiedoista vain isolaateissa, jotka osoittavat lääkeresistenssiä [13]. Sienipatogeenien genomianalyysiin on olemassa kaksi yleistä lähestymistapaa. Yksi sisältää genomikokoonpanon luomisen de novo, kuten lajille, jota ei ole aiemmin sekvensoitu ja koottu. Toisessa lähestymistavassa, jota yleisesti kutsutaan uudelleensekvensoimiseksi, variantit tunnistetaan olemassa olevan vertailukokoonpanon ja sekvensoidun isolaatin välillä kohdistamalla sekvenssilukemat referenssiin. Sekä valittu lähestymistapa että tutkimuksen tavoitteet vaikuttavat kuitenkin sekvenssin luomiseen valitun teknologian valintaan.[14]