Infections fongiques chez les patients atteints d'hémopathies malignes

Les patients atteints d'hémopathies malignes présentent un risque accru d'infections, non seulement à cause de la malignité elle-même, mais aussi à cause de la neutropénie induite par une chimiothérapie intensive et son effet cytotoxique sur les cellules qui tapissent le tractus gastro-intestinal [1].

L'infection fongique invasive (IFI) entraîne la morbidité et la mortalité chez les patients atteints d'hémopathie maligne.

L'incidence des IFI a augmenté dans le monde au cours des deux dernières décennies[2]. Les principaux facteurs de risque d'IFI comprennent la neutropénie < 500 neutrophiles/ml pendant plus de 10 jours, la greffe de moelle osseuse, un traitement prolongé (> 4 semaines) avec des corticostéroïdes ; les séjours prolongés (>7 jours) en soins intensifs, la chimiothérapie, l'infection par le VIH, les procédures médicales invasives et les nouveaux agents immunosuppresseurs. Les autres facteurs de risque sont la malnutrition, la transplantation d'organe solide, les brûlures graves et la chirurgie lourde [3].

L'aspergillose invasive (AI) et la candidose invasive sont les principales maladies fongiques invasives associées aux infections du sang. Bien que les levures envahissantes, telles que Candida spp., et les moisissures, telles que Aspergillus spp., soient les agents pathogènes prédominants des IFI, d'autres moisissures rares et difficiles à traiter, telles que Mucorales, Fusarium spp. et les phaeohyphomycètes, sont apparues dans patients atteints d'hémopathies malignes [4].

Il a été démontré que l'initiation précoce du traitement antifongique approprié a un impact direct sur le devenir du patient[5]. L'utilisation accrue d'antifongiques a induit une pression sélective plus élevée sur les souches fongiques et la résistance est apparue de deux manières principales : plusieurs espèces ont développé une résistance secondaire et des espèces sensibles ont été remplacées par des résistantes, modifiant l'épidémiologie des infections fongiques[6]. Parmi les mécanismes les plus courants de résistance aux médicaments antifongiques figurent les modifications des voies de biosynthèse ciblées par les médicaments [7]. La technologie génomique et l'utilisation de puces à ADN ont facilité l'identification des cibles de nouveaux médicaments antifongiques[8]. la compréhension moléculaire des mécanismes de résistance peut identifier des gènes fongiques avec des mutations associées à la résistance. La résistance médiée par des altérations dans Erg11/Cyp51 (cibles des azoles) a été largement documentée, impliquant soit des mutations, soit une régulation positive de leurs gènes chez les espèces Candida ou Aspergillus [9]. Une régulation positive de CDR1, CDR2 et MDR1 a été démontrée chez C. albicans résistant aux azoles [10]. Le séquençage du génome peut typer des mutations connues de résistance aux médicaments , suggérant dans certains cas si des médicaments particuliers ne parviendront pas à contrôler une infection . Des variantes du génome entier pourraient être criblées pour des mutations ponctuelles dans des cibles médicamenteuses spécifiques qui sont fortement corrélées à la résistance . par exemple, des mutations spécifiques dans la cible des médicaments azolés [11]. ou dans les facteurs de transcription qui contrôlent l'expression des transporteurs d'efflux de médicaments [12] peuvent être identifiées à partir des données de séquence du génome entier uniquement dans les isolats qui présentent une résistance aux médicaments [13]. Il existe deux approches générales pour l'analyse génomique des pathogènes fongiques. L'une implique la génération d'un assemblage de génome de novo, comme pour une espèce qui n'a pas été préalablement séquencée et assemblée. Dans l'autre approche, communément appelée re-séquençage, les variants sont identifiés entre un assemblage de référence existant et un isolat séquencé via l'alignement des lectures de séquence sur la référence. Cependant, le choix de la technologie choisie pour générer la séquence est influencé à la fois par l'approche choisie et par les objectifs de l'étude.[14]