Uusien kohteiden löytäminen proteomisten lähestymistapojen avulla (InnovRT1) (InnovRT1)

Konteksti: Rhaboid-kasvaimet (RT) ovat nuorten imeväisten aggressiivisia syöpiä, jotka altistuvat raskaiden hoitojen myrkyllisyydelle, jotka usein ovat tehottomia, mikä oikeuttaa uusien hoitostrategioiden tunnistamisen. Näille kasvaimille on tunnusomaista SMARCB1-geenin kaksialleelinen muutos, joka koodaa yhtä SWI/SNF-kompleksin alayksiköistä, kromatiinin remodelleria. Nämä mutaatiot ovat ainoita, jotka löytyvät näistä erittäin stabiileista syövistä, jotka tarjoavat vain vähän terapeuttisia kohteita, jotka voidaan tunnistaa genomisella tekniikalla. Ne ovat morfologisesti erilaistumattomia ja plurifenotyyppisiä, mikä viittaa siihen, että solujen monimuotoisuus on edelleen huonosti kuvattu. Edistääkseen näitä kysymyksiä tutkijoiden laboratorio on kehittänyt mallin geneettisesti muunnetusta hiirimallista, joka kehittää spontaanisti RT:tä, joka on biologisesti hyvin samanlainen kuin heidän ihmisperäiset vastineensa.

Tavoitteet ja menetelmät: Tutkijoiden projekti pyrkii kuvaamaan näiden kasvaimien proteomisia ja fosfoproteomisia allekirjoituksia, jotka on tähän mennessä kuvattu genomin ja transkription tasolla; näiden pangenomisten / yleisproteomisten tutkimusten integrointi paljastaa tärkeimmät kohdennettavat ominaisuudet. Tutkijat karakterisoivat proteomisen ja fosfoproteomisen maiseman täysin käyttämällä massaspektrometriaa kliinisesti, radiologisesti ja histopatologisesti merkittyjen ATRT:n kohortilla, jolle tehdään myös metylomi- ja RNAseq-profilointi. Tutkijat kuvaavat kunkin molekyylisesti määritellyn alaryhmän proteomisia piirteitä ja pyrkivät korreloimaan RNAseq-muutoksia proteomisten ominaisuuksien kanssa.

Potilaat otetaan mukaan, jos he tai heidän laillinen edustajansa ovat antaneet suostumuksensa tällaiseen tutkimukseen ja jos pakastemateriaalia säilytetään Neckerin sairaalassa.

Odotetut tulokset: Tämä analyysi auttaa tunnistamaan, kuinka muotoilla useita innovatiivisia terapeuttisia lähestymistapoja ottaen huomioon sekä hoidettavien solujen monimuotoisuus että todelliset kohteet, proteiinit, joita estetään tai palautetaan.