Encontrando novos alvos por abordagens proteômicas (InnovRT1) (InnovRT1)

Contexto: Os tumores rabóides (RT) são cancros agressivos de lactentes jovens, expostos à toxicidade de tratamentos pesados ​​muitas vezes ineficazes, o que justifica a necessidade de identificar novas estratégias de tratamento. Esses tumores são caracterizados pela alteração bialélica do gene SMARCB1, que codifica uma das subunidades do complexo SWI/SNF, um remodelador da cromatina. Essas mutações são as únicas encontradas nesses cânceres muito estáveis, que oferecem poucos alvos terapêuticos que podem ser identificados por técnicas genômicas. São morfologicamente indiferenciados e plurifenotípicos, sugerindo a existência de uma diversidade celular ainda pouco descrita. Para avançar nessas questões, o laboratório dos pesquisadores desenvolveu um modelo de camundongo geneticamente modificado que desenvolve RT espontaneamente, biologicamente muito semelhante aos seus homólogos humanos.

Objectivos e métodos: O projecto dos investigadores visa descrever as assinaturas proteómicas e fosfoproteómicas destes tumores, até agora descritas ao nível do genoma e do transcriptoma; uma integração desses estudos pangenômicos/pan-proteômicos revelará os recursos mais relevantes para o alvo. Os investigadores irão caracterizar totalmente a paisagem proteômica e fosfoproteômica usando espectrometria de massa em uma coorte de ATRT com anotação clínica, radiológica e histopatológica, para a qual também serão feitos perfis de metiloma e RNAseq. Os investigadores descreverão as características proteômicas de cada subgrupo definido molecularmente e terão como objetivo correlacionar as mudanças de RNAseq com as características proteômicas.

Os pacientes serão incluídos se eles ou seus representantes legais tiverem dado consentimento para tal estudo e se o material congelado for armazenado no Hospital Necker.

Resultados esperados: Esta análise ajuda a identificar como articular várias abordagens terapêuticas inovadoras, tendo em conta quer a diversidade das células a tratar, quer os reais alvos, proteínas, a inibir ou restaurar.