Finne nye mål ved hjelp av proteomiske tilnærminger (InnovRT1) (InnovRT1)

Kontekst: Raboide svulster (RT) er aggressive kreftformer hos små spedbarn, utsatt for toksisiteten av tunge behandlinger ofte ineffektive, noe som rettferdiggjør behovet for å identifisere nye behandlingsstrategier. Disse svulstene er preget av den bialleliske endringen av SMARCB1-genet, som koder for en av underenhetene til SWI/SNF-komplekset, en kromatinremodeller. Disse mutasjonene er de eneste som finnes i disse svært stabile kreftformene, som tilbyr få terapeutiske mål som kan identifiseres med genomiske teknikker. De er morfologisk udifferensierte og plurifenotypiske, noe som antyder eksistensen av et cellulært mangfold som fortsatt er dårlig beskrevet. For å komme videre på disse spørsmålene har etterforskernes laboratorium utviklet en modell av genetisk konstruert musemodell som spontant utvikler RT, biologisk svært lik deres menneskelige kolleger.

Mål og metoder: Etterforskernes prosjekt tar sikte på å beskrive de proteomiske og fosfoproteomiske signaturene til disse svulstene, så langt beskrevet på genom- og transkriptomnivå; en integrasjon av disse pangenomiske / pan-proteomiske studiene vil avsløre de mest relevante funksjonene å målrette mot. Etterforskerne vil fullt ut karakterisere det proteomiske og fosfoproteomiske landskapet ved hjelp av massespektrometri på en kohort av klinisk, radiologisk og histopatologisk annotert ATRT, for hvilke methylome og RNAseq-profilering også vil bli gjort. Etterforskerne vil beskrive de proteomiske egenskapene til hver molekylært definerte undergruppe, og tar sikte på å korrelere RNAseq-endringer med proteomiske egenskaper.

Pasienter vil inkluderes dersom de eller deres juridiske representant har gitt samtykke til en slik studie, og dersom frossen materiale oppbevares ved Necker sykehus.

Forventede resultater: Denne analysen hjelper til med å identifisere hvordan man artikulerer flere innovative terapeutiske tilnærminger, tar hensyn til både mangfoldet av cellene som skal behandles, og de virkelige målene, proteinene, som skal hemmes eller gjenopprettes.