Поиск новых целей с помощью протеомных подходов (InnovRT1) (InnovRT1)

Контекст: Рабоидные опухоли (RT) представляют собой агрессивные виды рака у детей раннего возраста, подверженные токсичности тяжелых методов лечения, часто неэффективных, что оправдывает необходимость определения новых стратегий лечения. Для этих опухолей характерно биаллельное изменение гена SMARCB1, кодирующего одну из субъединиц комплекса SWI/SNF, ремоделирующий хроматин. Эти мутации - единственные, обнаруженные в этих очень стабильных формах рака, которые предлагают несколько терапевтических мишеней, которые можно идентифицировать с помощью геномных методов. Они морфологически недифференцированы и плюрифенотипичны, что указывает на существование клеточного разнообразия, которое еще плохо описано. Чтобы продвинуться в решении этих вопросов, исследовательская лаборатория разработала модель генно-инженерной мышиной модели, спонтанно развивающей RT, биологически очень похожую на своих человеческих собратьев.

Цели и методы: проект исследователей направлен на описание протеомных и фосфопротеомных сигнатур этих опухолей, описанных до сих пор на уровне генома и транскриптома; интеграция этих пангеномных/панпротеомных исследований выявит наиболее релевантные целевые функции. Исследователи полностью охарактеризуют протеомный и фосфопротеомный ландшафт, используя масс-спектрометрию когорты клинически, рентгенологически и гистопатологически аннотированных ATRT, для которых также будет выполнено профилирование метилома и РНКсек. Исследователи опишут протеомные особенности каждой молекулярно определенной подгруппы и постараются сопоставить изменения RNAseq с протеомными характеристиками.

Пациенты будут включены, если они или их законные представители дали согласие на такое исследование и если замороженный материал хранится в больнице Неккер.

Ожидаемые результаты: Этот анализ помогает определить, как сформулировать несколько инновационных терапевтических подходов, принимая во внимание как разнообразие клеток, подлежащих лечению, так и реальные мишени, белки, которые необходимо ингибировать или восстанавливать.