Hledání nových cílů pomocí proteomických přístupů (InnovRT1) (InnovRT1)

Kontext: Rhaboidní tumory (RT) jsou agresivní rakoviny malých kojenců, vystavené toxicitě těžké léčby často neúčinné, což ospravedlňuje potřebu identifikovat nové léčebné strategie. Tyto nádory jsou charakterizovány bialelickou alterací genu SMARCB1, kódujícího jednu z podjednotek komplexu SWI/SNF, remodelátor chromatinu. Tyto mutace jsou jediné nalezené u těchto velmi stabilních rakovin, které nabízejí jen málo terapeutických cílů, které lze identifikovat genomickými technikami. Jsou morfologicky nediferencované a plurifenotypické, což naznačuje existenci buněčné diverzity, která je stále špatně popsána. Aby se v těchto otázkách pokročilo, vyvinula laboratoř výzkumníků model geneticky upraveného myšího modelu spontánně se vyvíjejícího RT, biologicky velmi podobného jejich lidským protějškům.

Cíle a metody: Projekt řešitelů si klade za cíl popsat proteomické a fosfoproteomické signatury těchto nádorů, dosud popsaných na úrovni genomu a transkriptomu; integrace těchto pangenomických / pan-proteomických studií odhalí nejdůležitější rysy, na které se lze zaměřit. Řešitelé plně charakterizují proteomickou a fosfoproteomickou krajinu pomocí hmotnostní spektrometrie na kohortě klinicky, radiologicky a histopatologicky anotovaných ATRT, pro které bude také provedeno profilování methylomu a RNAseq. Výzkumníci popíší proteomické rysy každé molekulárně definované podskupiny a zaměří se na korelaci změn RNAseq s proteomickými rysy.

Pacienti budou zahrnuti, pokud oni nebo jejich zákonní zástupci dali souhlas s takovou studií a pokud je zmrazený materiál skladován v nemocnici Necker.

Očekávané výsledky: Tato analýza pomáhá identifikovat, jak formulovat několik inovativních terapeutických přístupů, přičemž bere v úvahu jak rozmanitost buněk, které mají být léčeny, tak skutečné cíle, proteiny, které mají být inhibovány nebo obnoveny.