Nieuwe doelen vinden door proteomische benaderingen (InnovRT1) (InnovRT1)

Context: Rhaboïde tumoren (RT) zijn agressieve kankers van jonge zuigelingen, die worden blootgesteld aan de toxiciteit van zware behandelingen die vaak niet effectief zijn, wat de noodzaak rechtvaardigt om nieuwe behandelingsstrategieën te identificeren. Deze tumoren worden gekenmerkt door de biallelische wijziging van het SMARCB1-gen, dat codeert voor een van de subeenheden van het SWI/SNF-complex, een chromatine-remodeler. Deze mutaties zijn de enige die worden gevonden in deze zeer stabiele kankers, die weinig therapeutische doelen bieden die kunnen worden geïdentificeerd door genomische technieken. Ze zijn morfologisch ongedifferentieerd en pluriphenotypisch, wat duidt op het bestaan ​​van een nog slecht beschreven cellulaire diversiteit. Om deze vragen te beantwoorden, heeft het laboratorium van de onderzoekers een model ontwikkeld van een genetisch gemanipuleerd muismodel dat spontaan RT ontwikkelt, biologisch zeer vergelijkbaar met hun menselijke tegenhangers.

Doelstellingen en methoden: Het project van de onderzoekers heeft tot doel de proteomische en fosfoproteomische kenmerken van deze tumoren te beschrijven, tot nu toe beschreven op genoom- en transcriptoomniveau; een integratie van deze pangenomische / pan-proteomische studies zal de meest relevante kenmerken aan het licht brengen. De onderzoekers zullen het proteomische en fosfoproteomische landschap volledig karakteriseren met behulp van massaspectrometrie op een cohort van klinisch, radiologisch en histopathologisch geannoteerde ATRT, waarvoor ook methylome- en RNAseq-profilering zal worden gedaan. De onderzoekers zullen de proteomische kenmerken van elke moleculair gedefinieerde subgroep beschrijven en ernaar streven RNAseq-veranderingen te correleren met proteomische kenmerken.

Patiënten worden opgenomen als zij of hun wettelijke vertegenwoordiger toestemming hebben gegeven voor een dergelijke studie en als bevroren materiaal wordt opgeslagen in het Necker-ziekenhuis.

Verwachte resultaten: Deze analyse helpt bij het identificeren van verschillende innovatieve therapeutische benaderingen, rekening houdend met zowel de diversiteit van de te behandelen cellen als de echte doelen, eiwitten, om te remmen of te herstellen.