Trouver de nouvelles cibles par des approches protéomiques (InnovRT1) (InnovRT1)

Contexte : Les tumeurs rhaboïdes (RT) sont des cancers agressifs du jeune nourrisson, exposés à la toxicité de traitements lourds souvent inefficaces, ce qui justifie la nécessité d'identifier de nouvelles stratégies thérapeutiques. Ces tumeurs sont caractérisées par l'altération biallélique du gène SMARCB1, codant pour l'une des sous-unités du complexe SWI/SNF, un remodeleur de la chromatine. Ces mutations sont les seules retrouvées dans ces cancers très stables, qui offrent peu de cibles thérapeutiques identifiables par les techniques de génomique. Ils sont morphologiquement indifférenciés et pluriphénotypiques, suggérant l'existence d'une diversité cellulaire encore mal décrite. Pour avancer sur ces questions, le laboratoire des investigateurs a mis au point un modèle de modèle de souris génétiquement modifiées développant spontanément des RT, biologiquement très similaires à leurs homologues humains.

Objectifs et méthodes : Le projet des investigateurs vise à décrire les signatures protéomiques et phosphoprotéomiques de ces tumeurs, jusqu'ici décrites au niveau du génome et du transcriptome ; une intégration de ces études pangénomiques / pan-protéomiques révélera les caractéristiques les plus pertinentes à cibler. Les chercheurs caractériseront entièrement le paysage protéomique et phosphoprotéomique à l'aide de la spectrométrie de masse sur une cohorte d'ATRT annotées cliniquement, radiologiquement et histopathologiquement, pour lesquelles un profilage du méthylome et de l'ARNseq sera également effectué. Les chercheurs décriront les caractéristiques protéomiques de chaque sous-groupe défini moléculairement et viseront à corréler les changements de RNAseq avec les caractéristiques protéomiques.

Les patients seront inclus s'ils ou leur représentant légal ont donné leur consentement à une telle étude, et si du matériel congelé est conservé à l'hôpital Necker.

Résultats attendus : Cette analyse permet d'identifier comment articuler plusieurs approches thérapeutiques innovantes, en tenant compte à la fois de la diversité des cellules à traiter, et des véritables cibles, protéines, à inhiber ou à restaurer.