At finde nye mål ved hjælp af proteomiske tilgange (InnovRT1) (InnovRT1)

Kontekst: Rhaboid tumorer (RT) er aggressive kræftformer hos små spædbørn, udsat for toksiciteten af ​​tunge behandlinger, ofte ineffektive, hvilket retfærdiggør behovet for at identificere nye behandlingsstrategier. Disse tumorer er karakteriseret ved den bialleliske ændring af SMARCB1-genet, der koder for en af ​​underenhederne af SWI/SNF-komplekset, en kromatin-remodeler. Disse mutationer er de eneste, der findes i disse meget stabile kræftformer, som tilbyder få terapeutiske mål, der kan identificeres ved genomiske teknikker. De er morfologisk udifferentierede og plurifænotypiske, hvilket tyder på eksistensen af ​​en cellulær diversitet, der stadig er dårligt beskrevet. For at komme videre på disse spørgsmål har efterforskernes laboratorium udviklet en model af genetisk manipuleret musemodel, der spontant udvikler RT, biologisk meget lig deres menneskelige modstykker.

Mål og metoder: Efterforskernes projekt har til formål at beskrive de proteomiske og phosphoproteomiske signaturer af disse tumorer, indtil videre beskrevet på genom- og transkriptomniveau; en integration af disse pangenomiske / pan-proteomiske undersøgelser vil afsløre de mest relevante funktioner at målrette mod. Forskerne vil fuldt ud karakterisere det proteomiske og phosphoproteomiske landskab ved hjælp af massespektrometri på en kohorte af klinisk, radiologisk og histopatologisk annoteret ATRT, for hvilken methylom- og RNAseq-profilering også vil blive udført. Forskerne vil beskrive de proteomiske træk i hver molekylært definerede undergruppe og sigte mod at korrelere RNAseq-ændringer med proteomiske træk.

Patienter vil blive inkluderet, hvis de eller deres juridiske repræsentant har givet samtykke til en sådan undersøgelse, og hvis frosset materiale opbevares på Necker Hospital.

Forventede resultater: Denne analyse hjælper med at identificere, hvordan man formulerer flere innovative terapeutiske tilgange under hensyntagen til både mangfoldigheden af ​​de celler, der skal behandles, og de virkelige mål, proteiner, der skal hæmmes eller genoprettes.