Hitta nya mål genom proteomiska tillvägagångssätt (InnovRT1) (InnovRT1)

Sammanhang: Raboida tumörer (RT) är aggressiva cancerformer hos unga spädbarn, utsatta för toxiciteten av tunga behandlingar ofta ineffektiva, vilket motiverar behovet av att identifiera nya behandlingsstrategier. Dessa tumörer kännetecknas av den bialleliska förändringen av SMARCB1-genen, som kodar för en av subenheterna i SWI/SNF-komplexet, en kromatinremodellerare. Dessa mutationer är de enda som finns i dessa mycket stabila cancerformer, som erbjuder få terapeutiska mål som kan identifieras med genomiska tekniker. De är morfologiskt odifferentierade och plurifenotypiska, vilket tyder på att det finns en cellulär mångfald som fortfarande är dåligt beskriven. För att komma vidare på dessa frågor har utredarnas laboratorium utvecklat en modell av genetiskt modifierad musmodell som spontant utvecklar RT, biologiskt mycket lik deras mänskliga motsvarigheter.

Mål och metoder: Utredarnas projekt syftar till att beskriva de proteomiska och fosfoproteomiska signaturerna för dessa tumörer, hittills beskrivna på genom- och transkriptomnivå; en integration av dessa pangenomiska / pan-proteomiska studier kommer att avslöja de mest relevanta egenskaperna att rikta in sig på. Utredarna kommer att helt karakterisera det proteomiska och fosfoproteomiska landskapet med hjälp av masspektrometri på en kohort av kliniskt, radiologiskt och histopatologiskt annoterad ATRT, för vilken metylom- och RNAseq-profilering också kommer att göras. Utredarna kommer att beskriva de proteomiska egenskaperna för varje molekylärt definierad undergrupp och syfta till att korrelera RNAseq-förändringar med proteomiska egenskaper.

Patienter kommer att inkluderas om de eller deras juridiska ombud har gett sitt samtycke till en sådan studie och om fryst material förvaras på Necker sjukhus.

Förväntade resultat: Denna analys hjälper till att identifiera hur man kan formulera flera innovativa terapeutiska tillvägagångssätt, med hänsyn till både mångfalden av cellerna som ska behandlas och de verkliga målen, proteinerna, som ska hämmas eller återställas.