Trovare nuovi bersagli mediante approcci proteomici (InnovRT1) (InnovRT1)

Contesto: I tumori raboid (RT) sono tumori aggressivi dei bambini piccoli, esposti alla tossicità di trattamenti pesanti spesso inefficaci, il che giustifica la necessità di identificare nuove strategie di trattamento. Questi tumori sono caratterizzati dall'alterazione biallelica del gene SMARCB1, che codifica per una delle subunità del complesso SWI/SNF, un rimodellatore della cromatina. Queste mutazioni sono le uniche trovate in questi tumori molto stabili, che offrono pochi bersagli terapeutici che possono essere identificati con tecniche genomiche. Sono morfologicamente indifferenziate e plurifenotipiche, suggerendo l'esistenza di una diversità cellulare ancora poco descritta. Per avanzare su queste domande, il laboratorio dei ricercatori ha sviluppato un modello di topo geneticamente modificato che sviluppa spontaneamente RT, biologicamente molto simile alle loro controparti umane.

Obiettivi e metodi: Il progetto dei ricercatori mira a descrivere le firme proteomiche e fosfoproteomiche di questi tumori, finora descritte a livello del genoma e del trascrittoma; un'integrazione di questi studi pangenomici/pan-proteomici rivelerà le caratteristiche più rilevanti da individuare. Gli investigatori caratterizzeranno completamente il panorama proteomico e fosfoproteomico utilizzando la spettrometria di massa su una coorte di ATRT annotato clinicamente, radiologicamente e istopatologicamente, per il quale verrà eseguita anche la profilazione del metiloma e dell'RNAseq. Gli investigatori descriveranno le caratteristiche proteomiche di ciascun sottogruppo definito molecolarmente e mireranno a correlare i cambiamenti di RNAseq con le caratteristiche proteomiche.

I pazienti saranno inclusi se loro o il loro rappresentante legale hanno dato il consenso a tale studio e se il materiale congelato è conservato presso il Necker Hospital.

Risultati attesi: questa analisi aiuta a identificare come articolare diversi approcci terapeutici innovativi, tenendo conto sia della diversità delle cellule da trattare, sia dei veri bersagli, proteine, da inibire o ripristinare.