Anaerobisten bakteerien epidemiologia kystisen fibroosin potilailla: kuvaava ja ei-interventiivinen tutkimus (ANA-MUCO)

Kystinen fibroosi (CF) on tappava geneettinen sairaus, jonka ennuste riippuu potilaan hengitysvajauksesta. Itse asiassa hengitysteiden mikrobien krooninen kolonisaatio, erityisesti Pseudomonas aeruginosa, johtaa infektioiden pahenemiseen ja huomattavaan hengitystoiminnan heikkenemiseen ja on pääasiallinen sairastuvuuden ja kuolleisuuden syy. Nykyään antibioterapia on tärkein terapeuttinen ratkaisu bakteerien kehityksen estämiseksi ja hengitystoiminnan hajoamisen hidastamiseksi. Kuitenkin taudin etenemisen aikana tätä terapeuttista lähestymistapaa rajoittaa bakteerien mukautuminen ja antibioottiresistenssin kehittyminen.

Korkean suorituskyvyn sekvensointimenetelmien kehityksen ansiosta CF-potilaiden hengitysteiden mikrobiota on pääosin kuvattu ja osoittaa tietä uusille terapeuttisille lähestymistavoille. On todettu, että i) CF-lasten hengitysteiden mikrobiota on varhaisesta iästä lähtien muuttunut terveisiin verrattuna, ii) bakteerien monimuotoisuus vähenee asteittain taudin evoluution aikana, iii) anaerobit ovat tärkeä osa terveitä. ja CF hengitysteiden mikrobiota. Siten keuhkojen mikrobiston koostumus voisi olla parempi taudin etenemisen indikaattori kuin ainoa havaittu P. aeruginosa CF-hengitysnäytteissä. Lisäksi hengitysteiden mikrobiota voi vaikuttaa patogeneesiin mikro-organismin/mikro-organismin tai mikro-organismin/isännän välisten suorien vuorovaikutusten kautta. Äskettäin CF-potilaiden kohortin hengitysteiden mikrobiotan karakterisoinnin (MUCOBIOME-tutkimus, 2012-2015) ansiosta anaerobien (ja erityisesti Porphyromonas-sukuun kuuluvien lajien) mahdollinen rooli on korostunut ensimmäisessä P. aeruginosan kolonisaatiossa. Itse asiassa 34 CF-potilaan hengityselimistön mikrobiotatutkimus on paljastanut, että jos potilaat ovat puutteellisia tai heikosti kolonisoituneita Porphyromonas spp.:sta, suhteellinen riski P. aeruginosan kolonisaatiolle on 3,7 kertaa suurempi. Sitä vastoin Porphyromonas spp. Ivacaftor-hoitoa saavilla CF-potilailla korreloi hengitystoiminnan paranemisen kanssa. Siten tutkijat spekuloivat biomarkkerina käytön lisäksi, että jotkin tiukat anaerobiset lajit, kuten Porphyromonas spp., voisivat toimia CF-patogeenien (kuten P. aeruginosa) kilpailijoina ja rajoittaa niiden muodostumista hengitysteihin.

Tutkijat näkevät tässä täydentävien tutkimusten tarpeellisuuden hengitysteiden anaerobisten bakteerien kuvaamiseksi paremmin. ANA-MUCO-tutkimuksen tavoitteena on tunnistaa ja kuvata CF-potilaiden kohortin ysköksessä olevia anaerobisia bakteereja, karakterisoida eristettyjen anaerobisten lajien antibioottiresistenssiprofiileja, tutkia anaerobien jakautumista CF-populaatiossa ja arvioida vuorovaikutuksia. anaerobien ja CF-patogeenien välillä (P. aeruginosa, S. aureus, H. influenzae, …). Jotta anaerobikuvaus olisi mahdollisimman kattava, tämän tutkimuksen innovatiivinen puoli on sellaisen näytesarjan suunnittelu ja käyttö, joka säilyttää anaerobiset olosuhteet ysköksessä kansainvälisten ihmisen mikrobiomistandardien (IHMS) suositusten mukaisesti. . Sitten suoritetaan laajennetun viljelyn ja molekyylitason lähestymistapoja sellaisten anaerobisten bakteerien tunnistamiseksi, jotka voivat olla osallisena keuhkojen homeostaasissa CF-hengitysnäytteissä.